С. А. Подлесный — действительный член нескольких общественных Академий: Академии проблем качества (1995 г.), Академии информатизации образования (1996 г.), Международной академии наук высшей школы (1997 г.), Международной академии информатизации (1999 г.), Академии экономической безопасности (2005 г.).
Сложно в полном объеме перечислить обширный перечень работ, в которых он принимал непосредственное участие как руководитель, участник, идеолог, методолог, консультант, эксперт.
Во многих научно-исследовательских работах, часть из которых ранее выполнялась по постановлениям Совмина СССР, Сергей Антонович являлся научным руководителем или ответственным исполнителем. В его научном багаже — разработки, связанные с высокоточными и помехоустойчивыми фазовыми радиотехническими системами для решения задач радиоуправления, навигации, геодезии, системами радиосвязи, медицинским приборостроением, микропроцессорными системами контроля параметров автономных объектов.
По итогам педагогической и научной деятельности опубликовано 324 работы. Он был одним из научных редакторов книги «Безопасность России. Правовые, социально-экономические и научно-технические аспекты. Региональные проблемы безопасности. Красноярский край» (2001 г.). Важные направления деятельности С. А. Подлесного: внедрение новых информационных технологий в учебный процесс, НИР и систему управления вузом; интеграция в мировое научно-образовательное пространство; гуманитаризация инженерного образования; улучшение здоровья студентов.
Для укрепления и сохранения индивидуального здоровья, привития здорового образа жизни, творческой активности студентов на базе кафедры валеологии КГТУ был организован межвузовский валеологический центр.
Университет, возглавляемый Сергеем Антоновичем, совместно с университетами Австрии, Великобритании, Германии и Франции реализовывал масштабные научные проекты. С. А. Подлесный активно взаимодействовал с коллегами из Швеции, Чехии, Китая, Монголии, США, был одним из руководителей международной программы совместно с Фондом им. К. Аденауэра (ФРГ), в рамках которой был создан научно-образовательный центр «Сибирь — Европа».
Совместно с Красноярским государственным институтом искусств в 2001 г. была организована Ассоциация «Интеллект и культура», в которую вошли 14 красноярских вузов. Благодаря поддержке С. А. Подлесного в марте 1999 г. появился первый номер литературного альманаха — приложения к газете «Политехник», в котором на 12 страницах впервые увидели свет произведения молодых литераторов — самодеятельных поэтов и писателей университета. Новое творческое сообщество — литературный клуб «Высокий берег» — получило возможность регулярно печататься. Публикация стала самой мощной поддержкой творческой активности студентов и преподавателей.
В непростых социально-экономических условиях, которые сложились в 1990-е годы в России, КГТУ не только выжил, но и продолжал развиваться благодаря гибкой политике руководства вуза.
В этот период при личном участии С. А. Подлесного:
• развита структура КГТУ и расширены его связи с научными организациями, вузами и промышленными предприятиями, в том числе созданы в дополнение к ранее существовавшему филиалу в г. Абакане еще три филиала КГТУ в разных городах: Железногорске, Зеленогорске и Усть-Илимске; открыты четыре представительства университета в городах Дудинке, Туре, Канске;
• приказом Министерства образования Российской Федерации при поддержке РАО «ЕЭС России», Правительства Республики Хакасия, руководства Красноярского государственного технического университета на базе ОАО «Саяно-Шушенская ГЭС имени П.С. Непорожнего» создан уникальный в своем роде Саяно-Шушенский филиал КГТУ (ныне филиал Сибирского федерального университета), расположенный в поселке Черёмушки;
• совместно с Институтом физики СО РАН, Красноярским государственным университетом, Сибирской аэрокосмической академией создан Красноярский научно-образовательный центр высоких технологий; совместно с Красноярским государственным университетом, Красноярским государственным аграрным университетом, Красноярской государственной академией цветных металлов и золота создан Консорциум красноярских образовательных учреждений для реализации федеральной программы по подготовке управленческих кадров с последующей зарубежной стажировкой слушателей;
• создан интегрированный учебно-научно-производственный комплекс Красноярского края в составе КГТУ, КГУ, Института физики СО РАН, Института вычислительного моделирования СО РАН, ФГУП НПО ПМ им. акад. М. Ф. Решетнева, ФГУП «НПП «Радиосвязь»», ФГУП «Красмашзавод», ОАО «СибНИИТМ», ГГ КрДЗ ГОСНИТИ, УНИК КГТУ, ООО «МГД-Мехатерм» и сформированы кластеры радиоэлектроники и космических технологий, информационно-коммуникационных технологий и машиностроительный;