В свою очередь, Сергей Антонович, кандидат технических наук, профессор, имея 10-летний опыт работы проректором по учебной работе и первым проректором, хорошо знал коллектив и проблемы университета, обладал громадной работоспособностью, активно взаимодействовал с профильным министерством. В должности и. о. ректора он сформулировал базовые разделы программы развития университета на ближайшие пять лет и привлек к ее разработке ректорат. На расширенном заседании ученого совета подготовленные программы развития университета представили все кандидаты на должность ректора. Программа Сергея Антоновича получилась целостной, а в процессе ее разработки сформировалось управленческое ядро университета, что и определило результат — избрание Сергея Антоновича ректором.
По итогам выборов было частично обновлено управленческое ядро университета, и начались трудовые будни по реализации программы. Процесс обновления команды проходил деликатно, путем консультаций с членами ректората, деканами. Не было такого — «Я принял решение», даже если были рабочие конфликты. На первом месте были деловые качества сотрудника — от проректора до преподавателя, тем более, что очереди высококвалифицированных сотрудников в университет ни тогда, ни в настоящее время нет.
Развал СССР и переход к «капитализму», хроническое недофинансирование требовали новых подходов к стратегии развития университета, реализация которых нуждалась в определенной перестройке фундамента университета, сформированного в предыдущие этапы его становления и развития. Вызовы внешней среды, характерные для 1990-х годов, предполагали разработку миссии и стратегии университета, в соответствии с которыми в вузе активно формировались инновационные структуры, велась организация деятельности по предоставлению платных услуг в сфере высшего образования, повышения квалификации, поддержки НИР и грантов различных уровней.
Все это в совокупности обеспечило развитие университета даже в те непростые годы, когда система высшего образования была вынуждена выживать в рыночных условиях, столь не характерных для нее прежде. Время показало, что в тот период коллектив сделал правильный выбор.
Исполняя обязанности ректора, Сергей Антонович детально разбирался во всех сферах деятельности университета — в учебном процессе, НИР, в инновационной и международной деятельности, в хозяйственных вопросах всех уровней — от кафедры до кампуса Студгородка, в различных аспектах корпоративной культуры и т. д. Нельзя не отметить системную работу Сергея Антоновича над развитием и укреплением таких функций корпоративной культуры университета, как развивающая и образовательная, адаптивная и управления качеством; трансформация стиля управления на различных уровнях на основе методов фасилитации.
В новых реалиях на первом месте были источники финансирования: госбюджет, внебюджетная деятельность (платное обучение, выполнение НИР, оказание образовательных услуг), федеральные целевые программы, работа с предприятиями, которым тоже было непросто выживать. Проблемы набора абитуриентов и поддержания высокого уровня подготовки студентов и аспирантов в тот период деградации отечественной промышленности и науки могли быть решены деканами и заведующими кафедрами только при самом активном участии ректората. Каждому руководителю хоздоговора по возможности оказывали содействие в реализации контракта. Выполнение федеральных целевых программ требовало непосредственного участия в них ректора и проректора по научной работе, а также команды, способной их реализовать. Эта команда окончательно сформировалась к концу первого срока ректорства Сергея Антоновича. Через публикации статей, подготовку докладов на конференциях, участие в совещаниях различного уровня, формирование инновационной инфраструктуры университета КГТУ стал узнаваем во внешней среде, в том числе и международной (проекты с КНР, Францией, Германией). Личное участие Сергея Антоновича во всех этих процессах и доверие к руководителям подразделений университета с его стороны позволили закрепить ряд основных ценностей в корпоративной культуре университета, а также обеспечили прорыв по основным направлениям деятельности университета. Полученные при реализации этих программ знания и опыт совместной творческой деятельности, ранее сформированные ценности корпоративной культуры позволили перейти к элементам системного подхода в вопросах управления университетом, формированию его миссии и стратегии развития.