По всем основным направлениям деятельности университета были разработаны программы развития, обсуждение и результаты которых регулярно представлялись на заседаниях ученого совета. Это были активные обсуждения. На многие новации университет оперативно откликался. Так было и с системой менеджмента качества ИСО 9001:2000. В рамках ее реализации много полезного было сделано в сфере электронного документооборота, проработки базовых бизнес-процессов, формализации процедур взаимодействия структурных подразделений университета до уровня матриц RACI и т. п. В системе управления кафедра позиционировалась как ведущее звено, определяющее качество образовательного и научного процессов через коллектив, материальную базу лабораторий, через связи с предприятиями. Сергей Антонович, прошедший все ступени управленца в вузе, прекрасно это понимал и поддерживал большинство начинаний по совершенствованию работы кафедр (модульный подход в фундаментальном образовании на первых двух курсах, широкое применение математического моделирования, оптимизационных подходов, теории систем, рассмотрение в блоках специальных дисциплин энергосберегающих технологий, альтернативных источников энергии, принципов работы электронных конструкторских бюро, внедрение в учебный процесс дистанционных образовательных технологий и т. п.), в том числе и через гранты КГТУ.
Второй срок ректорства Сергея Антоновича пришелся на небогатую, но относительно стабильную экономическую обстановку в университете. Узнаваемость университета на всех уровнях, сложившаяся команда позволили ежегодно выполнять по 5–7 проектов по федеральным и региональным программам, в т. ч. под непосредственным руководством ректора. Проекты были направлены на поиск путей инновационного развития региона, формирование устойчивой связи вузов с работодателями и рынком труда, на усиление роли вузов в инновационном сегменте экономики. Коллективный труд позволил сформулировать ряд перспективных подходов к развитию региона. Результаты исследований обсуждались на конференциях, в правительстве Красноярского края, администрации г. Красноярска, на предприятиях, на ученом совете университета. Предпринимались шаги по внедрению результатов исследований через создание совместных структур: городской бизнес-инкубатор, интегрированный учебно-научно-производственный комплекс с участием СО РАН, региональный Центр тестирования Минвуза РФ, региональный инновационный центр «Центр технологий National Instruments», региональный Центр энергоэффективности, Энергетический центр TACIS по программам Евросоюза. В этом процессе была также задействована инновационная структура университета: филиалы кафедры ЮНЕСКО «Новые материалы и технологии» в Томске и Барнауле, научно-производственный центр «Магнитная гидродинамика», НИИ «Радиотехника», молодежный инновационный центр, лаборатория по разработке мультимедийных электронных образовательных ресурсов, испытательный Центр в Системе добровольной сертификации средств и систем в сфере информатизации «РОСИНФОСЕРТ» в составе Сибирского регионального учебно-методического центра ВПО (СибРУМЦ), лаборатория энергосбережения в программе «Энергосбережение вузов РФ», виртуальный выставочный комплекс научно-технической продукции КГТУ и его стратегических партнеров и др. Было понимание, что университет должен быть примером для студентов и работников промышленных предприятий в части применения инноваций в учебной, научной и хозяйственной деятельности, своего рода центром компетенций. При этом в первую очередь университет позиционировался в регионе в качестве центра компетенции в области учебно-методической работы и управления образовательным процессом. В этом направлении большую роль играл СибРУМЦ. Сергей Антонович активно поддерживал многие инновации, предлагаемые по линии СибРУМЦа: разработка научных принципов и технологии сопровождения ГОС ВПО нового поколения; анализ зарубежных и российских учебных планов и содержания основных образовательных программ в области техники и технологий, разработка нормативной базы для электронных образовательных ресурсов; развитие сетевых систем лабораторных исследований с удаленным доступом; разработка электронных учебно-методических комплексов; сертификация электронных образовательных ресурсов и др.
Сергеем Антоновичем было поддержано предложение наряду с федеральными грантами выделять внебюджетные средства на формирование университетских грантов. В рамках таких грантов были разработаны первые прототипы инновационных электронных учебно-методических комплексов по ряду дисциплин, реализованы автоматизированные тепловые пункты в корпусах университета и геоинформационная система ZULU для внутренних и внешних инженерных сетей. Оба проекта дали реальный экономический эффект, что привело к уменьшению бюджетного финансирования на следующий год. Парадокс инновационной деятельности в бюджетной сфере: не на развитие, а на экономию.