Зато известна иная его общественная инициатива. С конца 1815 года издавался «Виленский еженедельник», легальный журнал, который в течение нескольких лет, пока его еще не притесняла цензура, был органом прогрессивной общественности Литвы. Лелевель привлекал к сотрудничеству в журнале и своих коллег-профессоров, и наиболее способных студентов. Именно в «Виленском еженедельнике» увидели свет первые поэтические произведения Мицкевича. Лелевель публиковал в еженедельнике собственные научные работы, а также острые полемические статьи, направленные против лагеря классиков и против обскурантов из круга виленского духовенства. Сотрудничество Лелевеля в еженедельнике пошло на убыль после его переезда в Варшаву; несколько лет спустя журнал пришел в упадок и издание его прекратилось.
Конспиративное движение в Вильне было представлено Обществом филоматов, основанным в 1817 году группой единомышленников-студентов (Юзеф Ежовский, Томаш Зан, Адам Мицкевич, Францишек Малевский, Ян Чечот и др.). Филоматы ставили перед собой далеко идущие цели; благодаря развитой системе дочерних организаций они в течение нескольких лет подчинили своему влиянию все активные элементы студенчества, распространили влияние на средние школы в других городах Литвы и Белоруссии, установили контакты и среди «старших», в частности среди офицеров. В принципе они занимались самоусовершенствованием, считая, что в будущем, когда они вырастут и займут ключевые позиции, они подготовят общество к социальным реформам и к борьбе за независимость. Весьма обширная конфиденциальная переписка филоматов сохранилась почти полностью. Она позволяет утверждать, что они считали Лелевеля своим человеком, которому можно верить. Однако нет ни малейших данных о том, чтобы они обращались к нему когда-либо за советом в политических делах, как и о том, чтобы он сам пытался ими руководить.
В корреспонденции филоматов встречаются упоминания о тайных организациях «старших», в отношении которых эта самолюбивая молодежь ревниво охраняла свою самостоятельность. Как явствует из этого источника, в Вильне в начале 20-х годов существовал карбонарский «шатер». Карбонарии были международной революционной организацией, генетически связанной с масонством, но более радикальной и демократической. Главный их центр находился в Париже; их целью было низвержение монархических правительств путем вооруженного переворота. С карбонариями было связано Патриотическое общество в Варшаве. Существует гипотеза, что виленский «шатер» был главной движущей силой революционного подполья в Литве и что во главе его стоял Лелевель. Однако нет ни одного источника, подтверждающего принадлежность Лелевеля в эти годы к карбонариям (сам он впоследствии отрицал это, что само по себе еще ничего не доказывает), как и сообщающего (что более важно) о какой-либо деятельности этих виленских карбонариев. Строить какие-либо гипотезы на данных такого порядка невозможно.
В конце 1818 года в Вильне произошло событие, получившее широкий резонанс. На губернском шляхетском сеймике было выдвинуто предложение об отмене крепостной зависимости крестьян. Это предложение саботировала консервативная часть шляхты во главе с маршалком графом Плятером. Заседания завершились направлением царю мемориала об облегчении положения крестьян. Мемориал не имел последствий. Лелевель, как можно судить по тогдашним его высказываниям, был сторонником крестьянской реформы, но постановку этого вопроса на сеймике он считал несерьезной и не имел к ней отношения.
Следующие три года Лелевель, как нам уже известно, провел в Варшаве. Это было время деятельности Национального масонства — тайной организации, основанной главным образом офицерами, во главе которой стоял майор Лукасиньский. В мае 1821 года руководители Национального масонства преобразовали его в Патриотическое общество, чтобы закрыть доступ в организацию некоторым лицам, подозреваемым в связях с полицией. Одним из членов новой организации был брат Иоахима Лелевеля Прот, который писал в своих воспоминаниях: «Покидающего родной дом Иоахима я присоединил к обществу, дав ему поручение заниматься пропагандой». Из этого важного свидетельства следует, на наш взгляд, что до мая 1821 года Иоахим Лелевель не принадлежал к варшавской конспирации. Он вновь оказался в Вильне, однако нет никаких данных, чтобы он вел там конспиративную деятельность. Патриотическим обществом в Вильне руководили иные люди. Следовательно, либо Лелевель не относился всерьез к своему участию в конспирации, либо он настолько законспирировался, что его деятельности никто не замечал. На практике различие невелико.