Его дом на горе Сионе оставался центром христианской жизни в городе. Этот дом однажды пытались поджечь, а Иоанна с Богородицей забросали камнями на улице. Борьба правоверных иудеев против христиан велась долго и жестоко. Это была борьба за власть и влияние на верующих. В Иерусалиме в то время насчитывалось около двадцати тысяч священников, не считая левитов, которые прислуживали в храмах. Притом, что в городе проживало, по разным сведениям, от ста двадцати до ста пятидесяти тысяч человек. Но на праздники приходило до миллиона паломников. Фарисеям и саддукеям было что терять.
Несмотря на их могущество и поддержку Ирода, христианская община сумела выстоять. Те же христиане, которые покинули Иерусалим, принесли с собой свою веру в другие страны и земли. В этом была положительная сторона гонений.
Иоанн с Богородицей тоже могли укрыться на время в тихой Галилее или другой стране, где не преследовали христиан. Но Иоанн полагал, что именно в тяжелые времена проповедник должен оставаться со своей паствой. К тому же он занимал высокое положение в общине вместе с Петром и своим братком Иаковом. Но Петр и Иаков должны были часто отлучаться для устройства дел в других христианских общинах, которых становилось все больше. Поэтому Иоанн до 44 года оставался в Иерусалиме.
Этот год принес Иоанну новые испытания и скорби. На 72 году жизни почила Пресвятая Богородица. Ее погребли в Гефсимании у Елеонской горы. Словно Промысл Божий собрал в этот день почти всех апостолов в Иерусалиме, хотя обычно они отсутствовали, проповедуя во всех концах земли. Не было только Фомы.
Он вернулся на третий день и очень скорбел о своем опоздании. Фома уговорил апостолов открыть гроб Богородицы, чтобы попрощаться с Ней. Апостолы, жалея Фому, посовещались и открыли гроб. Но тела Божьей Матери в нем не оказалось! В тот же день после трапезы и молитвы апостолы увидели Пресвятую Богородицу в окружении ангелов в сиянии небесной славы, возносившуюся к небу. Господь взял Ее к Себе.
В том же 44 году незадолго до Пасхи по приказу Ирода Агриппы был обезглавлен старший брат Иоанна Иаков. Он стал первым мучеником из двенадцати апостолов. Начали сбываться предсказания Спасителя о будущем Его учеников: «Чашу мою будете пить и крещением моим будете креститься».
После Успения Богородицы настали не менее тяжелые годы для Иоанна. Преследования христиан продолжались. Петр ходил проповедовать в Антиохию, Коринф, Понт, другие апостолы — в Египет и Индию. Иоанн тоже благовествовал у парфян и в Антиохии. Это было время рассеяния для апостолов. Они уже не могли подолгу оставаться в Палестине, потому что христианские общины, возникающие по всему свету, требовали опеки и наставлений.
Об этом периоде жизни Иоанна мало сохранилось сведений в исторических источниках и апокрифах. Апостол Павел говорил об Иоанне: муж «знаменитый, особенно славнейший»1 Эта высокая оценка позволяет предполагать, что любимый ученик Христа к тому времени занимал очень высокое положение не только в иерусалимской общине. Он был известен как проповедник и устроитель церквей далеко за пределами Палестины. Возможно, в эти годы, в середине первого тысячелетия от Рождества Христова, Иоанн взялся за перо...
По преданию, на одном из собраний старейшин Церкви или на Апостольском Соборе, проходившем в 49 году, Иоанн встал и вдруг произнес, словно помимо своей воли, а только по Божественному вдохновению и произволению, первые слова своего Евангелия:
— В начале было Слово!
Иоанн Златоуст призывал верующих не слушать сына рыбака, а внимать Слову Божию, которое Господь вкладывал в уста Иоанна, «так как не он, а Сам Бог через него вещал роду человеческому». «Евангелие было не собственно его произведением, но делом божественной силы, которая действовала в душе его», — писал Иоанн Златоуст. Тогда «Откровение» тем более было Божиим пророчеством, которое Господь явил Иоанну Богослову.
Не так уж важно, написано ли четвертое Евангелие в конце шестидесятых или в начале девяностых годов, о чем продолжают спорить ученые. Важно, что Божественное вдохновение посещало Иоанна еще в пору его пребывания в Иерусалиме.
Невозможно с точностью установить, когда он навсегда покинул город своей юности, в котором произошли такие важные события его жизни. В 66 году началась римско-иудейская война, а вместе с ней на страну обрушились величайшие бедствия — голод, мор, разруха. Вскоре Иерусалим с его чудесными храмами и дворцами был разрушен дотла.