17 декабря 1902 года состоялось торжественное освящение главного монастырского храма в честь св. Двенадцати Апостолов с приделами Казанской Божией Матери и св. Андрея Критского. К тому времени в монастыре уже жили монахини, большинство перешло из Сурской общины; тридцать бедных девиц подготовлено к монастырской жизни в Аеушинском монастыре игуменьей Таисией. В подвальном помещении храма находилась еще одна церковь, в честь пророка Илии и преподобной Феодоры, чьи имена носили родители отца Иоанна.
В январе 1909 года определением Святейшего Синода Иоанновский монастырь получил статус первоклассного. Еще при жизни батюшки его молитвами и трудами монастырь стал вполне благоустроенным и находился на полном самообеспечении. В обители проживало более 350 насельниц. В монастыре работали золотошвейная и белошвейная мастерские, типография, большая иконописная мастерская, лазарет на десять коек, просфорня с двумя печами. Перед монастырем с восточной стороны был разбит небольшой сад, а с западной находился образцовый огород, с которого сестры ежегодно снимали богатый урожай, несмотря на его небольшие размеры.
Со дня основания монастыря пошел счет последним годам жизни великого праведника России, все сильней обличал он своих соотечественников в отходе от веры, все грозней были его пророчества о судьбах России. В эти беспокойные годы отец Иоанн очень любил бывать в своей тихой обители на берегу реки Карповки, здесь он отдыхал душой...
Когда наступила предреченная батюшкой Иоанном эпоха «нечестивых правителей», монастырские здания были отобраны властями, и в 1923 году монахинь выселили. В эти трудные годы монашескую общину по-прежнему возглавляла духовная дочь отца Иоанна игуменья Ангелина, руководившая сестрами до своей смерти в 1927 году. В четырехэтажном здании монастыря размещалось более двадцати организаций. Соседствовали театр и вычислительный центр, ДОСААФ и бомбоубежище, общежитие и райтрест столовых. Вся структура помещения была нарушена. В этом хаосе уже невозможно было почувствовать гармонии, в которой изначально возводился монастырь.
Почитаемая всей Россией усыпальница чудотворца была осквернена, мраморное надгробие уничтожено. Само имя Иоанна Кронштадтского находилось под запретом, на протяжении десятилетий любые сведения о нем в официальной печати сопровождались официальным же ярлыком «реакционер и черносотенец». Но и во времена самых лютых гонений на Церковь верующие помнили отца Иоанна: переписывались и собирались рассказы о его чудесах; к стенам бывшей обители приходили богомольцы и обращались с молитвами к святому праведному Иоанну Кронштадтскому. Над окном усыпальницы, расположенном в метре от тротуара, был начертан православный крест; его много раз смывали, и тогда кто-то сумел высечь крест в гранитном цоколе над окном. Под ним возжигали свечи и клали цветы. Благодарная любовь народная никогда не иссякала и не была посрамлена.
В 1990 году отец Иоанн был причислен к лику святых Поместным Собором Русской Православной Церкви. Его молитвенным предстательством, трудами Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II в бытность его митрополитом Санкт-Петербургским и Новгородским здание монастыря в 1989 году было возвращено Церкви, и в нем возобновилась монашеская жизнь, первые искры которой возжег святой праведный Иоанн Кронштадтский.
Блаженны нищие духом, ибо их есть Царствие Небесное...» Нищие духом — это смиренные. «Смирение, что может ему противиться, какая злоба его победит, какая сила пойдет против него? Когда остановишься перед преградой и задашь себе вопрос, как сломить ее — силой или смиренной любовью, — всегда отвечай себе: «возьму смиренной любовью», — и победишь!» — писал Иоанн Кронштадтский.
Необыкновенное, вышеестественное смирение — вот тайна личности отца Иоанна. Никогда и ничем он не возгордился, за то и была дана ему благодать преодолевать самые серьезные препятствия. Более всего он сокрушался об отсутствии в людях смирения.