Широкий взгляд Папы на современное состояние человечества часто вызывало вопросы о том, что человек должен делать или изменить в себе, затрагивал вопросы морали. Это привело Папу к столкновению с теми теоретиками – демократами, для которых демократическая политика нейтральна по отношению к высшим ценностям и к человеческим ценностям вообще. Иоанн Павел II не уклонялся от этой конфронтации, заявляя о своей позиции совершенно не двусмысленно и даже с напористой прямотой.
Поскольку взгляд Иоанна Павла II на природу «холодной войны» отличался от большинства политиков и специалистов по международным отношениям, его представления о ситуации, сложившейся в мире после её окончания, тоже были другими. В представлении Папы фундаментальный кризис современности остался неразрешённым. После окончания «холодной войны» неотъемлемая ценность человеческой личности продолжала находиться под угрозой со стороны новых властей. Кроме этого оставался открытым вопрос о нравственном укладе свободного общества. Иоанн Павел II говорил, что Церковь уважат любую истину, которая имеется в мировых религиях и культурах. Он отмечал, что все истины указывают на единственную великую истину, проявленную Богом в Иисусе Христе.
1 марта 1990 году между Святым Престолом и СССР были установлены дипломатические отношения. А в 1991 году в СССР к власти пришёл Борис Ельцин, возглавив новое демократическое государство – Российскую Федерацию. Встречи папы Иоанна Павла II и Бориса Ельцина состоялись в 1991 и 1998 гг.
В сентябре 1992 года Святой Престол установил дипломатические отношения с Мексикой.
В конце этого года папа обратился к Международной конференции по проблемам питания, проходившей в штаб-квартире ООН по продовольствию и сельскому хозяйству (ФАО), расположенной в Риме. Хотя Иоанн Павел II не имел ввиду кризис, разразившейся в Сомали, куда были готовы высадиться подразделения американской армии, чтобы попытаться установить общественный порядок, необходимый для борьбы с голодом и смертью, ситуация в Сомали повлияла на общий тон выступлений. Голод, говорил Папа не может больше рассматривать как естественный процесс, ни как негативный результат перенаселения. Современная проблема касается не производства, а распределения продовольствия, которому препятствуют природные катаклизмы, коррупция, жесткая политика или протекционизм. Иоанн Павел II отмечал, что каждый день голод приводит к смерти тысячи детей, пожилых и наиболее уязвимых возрастных и социальных групп людей. Излечить эту болезнь – обязанность справедливости. Войны между нациями и внутренние конфликты не должны приговаривать беззащитных граждан к смерти от голода из-за чужих эгоистических или фанатичных убеждений. Принцип невмешательства во внутренние дела стран в подобных обстоятельствах неприменим. Папа настаивал, что совесть человека, поддерживаемая обеспечением международного гуманитарного права, требует, чтобы гуманитарная интервенция была обязательной там, где выживание населения и целых этнических групп поставлено под угрозу. Это диалог наций и международного сообщества.
Можно отметить высокую активность действий католической Церкви в Казахстане. После падения Советской «империи» и обретения Казахстаном независимости, католики данной страны пытались всеми силами возродить Церковь. Иоанн Павел II установил новые церковные структуры в Казахстане. Весной 1991 года была создана Апостольская Администратура Казахстана и Средней Азии. В её состав входило ещё четыре республики: Узбекистан, Таджикистан, Киргизия и Туркменистан. 13 апреля 1991 года апостольским администратором был назначен епископ Ян Павел Ленга. Город Караганда, являвшийся центром духовной жизни католиков и городом мучеников, стал столицей новой администратуры.
Немного позже были установлены официальные дипломатические отношения между Казахстаном и Святым престолом. Обмен нотами состоялся 17 октября 1992 года. А назначение архиепископа Марианна Олеся апостольским нунцием в Казахстане – 9 апреля 1994 года. В 1997 г. католики остальных четырёх республик Администратуры получили статус «sui iuris».
1998 год становится историческим для Казахстана – основывается первая Высшая духовная семинария. 24 сентября того же года подписывается договор о взаимном сотрудничестве между Республикой Казахстан и Святым престолом, что открывает Католической Церкви в Казахстане много перспектив. Казахстан является первой республикой бывшего Советского Союза, предпринявший подобный политический шаг.
В связи с ростом количества приходов были необходимые новые церковные структуры, и 6 августа 1999 года Апостольская Администратура Казахстана была преобразована папской буллой «Ad aptius consulendum» в Карагандинскую епархию, в которой епископское служение было вверено Его Преосвященству Яну Павлу Ленге, как епископу Карагандинскому (буллой «Romani est Pontificis»). Учреждены три новые апостольские администратуры: Астанинская (на севере страны), Атыраусская (на западе) и Алма-атинская (на юге Казахстана). Был организован также благотворительный общественный фонд «Каритас Казахстан».
Президент Н.А.Назорбаев отметил: «Мы казахстанцы, разделяем точку зрения многих людей мира, считающих Иоанна Павла II величайшим человеком, олицетворением настоящей нравственной силы.
Для Иоанна Павла II проблема абортов являлась главной проблемой для мировой культуры. Народонаселение и развитие являются серьёзными проблемами. За них нельзя взяться полностью без чувства священности жизни и понимания и понимания человеческой способности к любви и самопожертвованию. А это, по сути, было упущено в проекте Каирского документа. Святой Престол практически не нашёл сторонников по данному вопросу. Несмотря на сообщения прессы о поражении Ватикана, Святой Престол кое -чего достиг на Каирской конференции. Одно из основных положений заключительного доклада звучало: «…аборты ни в коем случае не могут пропагандироваться как метод планирования семьи».
Предложение, на котором так настаивали США – определение аборта по требованию как международного признанного права человека – было отклонено. Вряд ли Каирская конференция прошла бы таким образом, если бы не предшествующая ей наставительная кампания Иоанна Павла II и отказ папы уступить неприемлемым для Церкви положениям, которые определили весь ход конференции и её итоги.