Иоанн задержался в Праге ненадолго. Он выступил с войсками в Моравию. Там он собирался соединиться с королями Венгрии и Польши, которые вели ему подкрепления. Он встретился с ними в Мархегге, в Нижней Австрии. Там они выработали план операций. Иоанн осадил замок Зеефельд близ Лаа и сумел его взять. Но там он получил весть, не позволившую выполнять мархеггский план далее: на помощь Габсбургам решил прийти Людовик Баварский. Виттельсбахско-габсбургский альянс, обязанный своим существованием долгим усилиям Иоанна по водворению мира в империи, еще раз обратился против своего создателя.
Император не напал на Чехию. Он бросил армию против своего кузена Генриха Нижне-Баварского, сохранившего верность тестю. Противниками оба кузена стали из-за несогласия по поводу наследства еще одного баварского князя. Иоанн, узнав, что император разоряет земли его зятя, покинул со своей армией австрийские рубежи, оставив там венгров и поляков, и форсированным маршем, «как хищный и рыкающий лев и как орел», двинулся на помощь Генриху. На полной скорости он прошел Будеевице, пересек Чешский Лес и подошел к Штраубингу. Соединившись с зятем, Иоанн поднялся вверх по Изару и установил там укрепленный лагерь. Однако он не смог помешать Людовику Баварскому соединиться с австрийцами Оттона, а последним — также разбить укрепленный лагерь чуть восточнее лагеря Иоанна.
Пока обе армии следили друг за другом, Карл Моравский попытался соединиться с отцом, спустившись по долине Инна. Но он был вынужден остановиться перед крепостью Куфштейн, которая перекрывала ему проход и которую защищал маркграф Бранденбургский, сын императора.
Дойдет ли дело до схватки между обеими армиями, стоящими лицом к лицу между Изаром и Дунаем? Один только Людовик Баварский командовал пятью с половиной тысячами рыцарей, тогда как у Иоанна и его зятя насчитывалось от силы четыре тысячи четыреста. Но у чехов был выше моральный дух. Двенадцать дней обе армии не трогались с места. Несмотря на численное превосходство, Людовик опасался умелой тактики своего противника.
Эту ситуацию разрядил Оттон Австрийский, предложив Людовику Баварскому вторгнуться в Чехию, пока он сам будет следить за Иоанном. Восемнадцатого августа 1336 г. Людовик решил спуститься по Дунаю в направлении Линца. Прежде чем принять тот или иной стратегический план, Иоанн выжидал, уточняя намерения Людовика. Поняв, что император хочет вторгнуться в Чехию через Австрию, он повел свои войска по другому берегу Дуная, чтобы не дать баварцу форсировать реку.
В те времена преимущество всегда было у того, кто сумел дольше сохранить в своей армии рыцарей, а вопрос выплаты жалованья доминировал в любой войне. Людовик Баварский начал приходить к мысли, что кампания затягивается и дорого ему обойдется. Он предложил австрийским герцогам следующую сделку: «Или вы предоставляете мне четыре укрепленных крепости в залог жалованья моим рыцарям, или я возвращаюсь домой». Габсбурги сочли эти условия слишком обременительными и отказались. Тогда Людовик вернулся к себе в Баварское герцогство — не очень достойный императора способ заканчивать войну. Впрочем, возможно, Людовик Баварский не остался глух к увещеваниям короля Франции, который был дядей его жены, Маргариты де Эно.
Герцоги Альбрехт и Оттон Австрийские, вынужденные обходиться собственными силами, запросили у Иоанна, на каких условиях он согласится подписать с ними договор. Иоанн пожелал получить для своего сына Иоанна-Генриха все наследство Генриха Каринтийского; но Габсбурги не хотели отказываться от герцогства Каринтия. Они предпочитали продолжить борьбу, пусть неравную. Весь сентябрь ушел на переговоры. Иоанн понял, что Габсбурги никогда не уступят в вопросе, жизненно важном для них, — о Каринтии. Он решил от имени сына отказаться от последней в обмен на некоторые компенсации.
Чешский король направился в Энс и там заключил мир с обоими австрийскими герцогами. Габсбурги признавали графство Тироль и верховья Дравы владениями Иоанна-Генриха. Они возвращали Чехии город Зноймо, составлявший приданое принцессы Анны Чешской, когда она выходила замуж за Генриха Каринтийского. Они уступали также некоторые замки на моравской границе и в залог выплаты десяти тысяч марок, которой обязались Иоанну, передавали ему города Лаа и Вайдхофен. Наконец, увенчать Энский договор должен был наступательный и оборонительный союз между Люксембургами, Габсбургами и венгерским королем.