Слухи о планах императора дошли также до Иоанна Чешского и его сына Карла. Они встревожились и отправились в Тироль, чтобы предупредить Иоанна-Генриха и дать ему мудрые советы. Граф Тирольский, уверенный в жене и в преданности знати своего графства, вежливо посмеялся над братом и отцом и попросил их впредь не беспокоиться.
Он ошибался. Коварная Маргарита вошла в сговор с баварцами. Чтобы добиться расторжения брака с молодым Люксембургом, она обвинила его в бессилии — это утверждение хором подхватили хронисты, но оно не согласуется с тем фактом, что позже у Иоанна-Генриха от второй жены, Маргариты Опавской, было пятеро детей.
Найдя предлог, баварцы перешли к действиям. Однажды осенью 1341 г. графиня Маргарита заперлась в своем Тирольском замке с некоторым числом тирольцев, преданных ее делу. Когда явился Иоанн-Генрих и хотел войти, она не впустила его. Все чехи были изгнаны из графства. Перед Иоанном-Генрихом одна за другой закрыли ворота все крепости страны, и вскоре ему не осталось иного выхода, кроме как бежать. Слишком стыдясь своего легкомыслия, чтобы показаться в Чехии, он укрылся у своего друга — патриарха Аквилеи, где провел всю зиму. В феврале 1342 г. в Тироль приехал император и велел епископу Фрейзингенскому провозгласить расторжение первого брака Маргариты. Похоже, он окончательно перестал стремиться к примирению с Авиньоном, коль скоро беззастенчиво узурпировал папские прерогативы, самолично даруя сыну и Маргарите, находящимся в кровном родстве, разрешение на брак.
Поведение Людовика Баварского вызвало законное негодование во всей империи. Балдуин Трирский, подписавший его примирение с Францией, порвал с ним. Но важнее всего было изменение позиции Габсбургов. Император не удовольствовался тем, что отдал маркграфу, своему сыну, графство Тироль. Он одновременно пожаловал ему в лен и Каринтию. Это значило оттолкнуть австрийцев, владевших этой провинцией.
В декабре 1341 г., после изгнания Иоанна-Генриха из Тироля, его отец заключил с австрийцами оборонительный договор, направленный против баварца. В феврале 1342 г. он решил сделать этот союз еще теснее. Иоанн лично отправился в Вену, где встретился с Альбрехтом Габсбургом. Иоанн был слепым, Альбрехт — паралитиком. Иоанн Виктрингский рассказывает, что в конце их беседы чешский король встал, чтобы уйти. Он стал искать дверь, ощупывая стены руками, но не мог ее найти. Альбрехт же был не способен подняться со своего кресла, чтобы открыть ее. Пришлось звать людей снаружи, чтобы вызволить обоих монархов из комнаты, где они закрылись. Ведя переговоры с Габсбургами, Иоанн одновременно написал Папе, французскому королю и многим сеньорам — своим друзьям, прося помощи и правосудия.
Зима 1341–1342 гг. выдалась крайне суровой. Особенно она запомнилась катастрофическими заморозками в апреле: когда лед уже начал таять, на Европу обрушилась новая волна холода. По сути это была вторая зима, а за ней последовало резкое потепление, из-за которого Дунай, Рейн и другие реки вышли из берегов. В странах, через которые протекали эти реки, произошли крупные наводнения; вода разрушала мосты и уносила дома.
Когда начались эти бедствия, Иоанн находился в Люксембурге. Он здесь в апреле улаживал некоторые мелкие дела с епископом Льежским. Но в своем графстве он пробыл недолго, потому что в середине мая мы уже застаем его в Париже. Момент, чтобы просить Филиппа VI присоединиться к нему в борьбе против Людовика Баварского, был выбран неудачно. Король Франции был втянут в долгую и запутанную войну в Бретани и опасался нападения Эдуарда Английского со стороны Фландрии. Он не мог оказать серьезной помощи своему союзнику, чешскому королю, и, возможно, скорее сам просил его примкнуть к французской армии.
Однако весной 1342 г. до Иоанна дошла хорошая весть. Двадцать пятого апреля 1342 г. умер Бенедикт XII, и 7 мая кардиналы, принявшие участие в голосовании, единогласно избрали Папой Пьера Роже. Это был лучший выбор, на который только могли надеяться Люксембурги. Бенедикт XII вел борьбу против Людовика Баварского довольно вяло. При новом Папе, принявшем имя Климента VI, все должно было пойти иначе. Иоанн и его сын Карл хорошо узнали и оценили Пьера Роже, когда они и он бывали при дворе Филиппа VI Валуа. Нет никаких доказательств, чтобы Пьер Роже был, как утверждают, наставником юного Карла; более того, в реестрах казны фигурирует имя совсем другого человека, которому было доверено воспитание маленького Люксембурга. Тем не менее аббат Фекана, позже архиепископ Санский, затем Руанский и, наконец, с 1338 г. кардинал, Пьер Роже был при французском дворе самым популярным духовным лицом. Красноречивый, обаятельный, барственный, не лишенный благочестия, он станет вести себя на папском престоле совсем иначе, нежели его предшественник. Он возвратится к энергичной политике Иоанна XXII по отношению к отлученному схизматику, руководящему судьбами империи.