К весне 1379 года распри в Церкви обострились до такой степени, что Климент и Урбан собрали войска в надежде решить вопрос силой. Сражение между двумя армиями произошло 30 апреля на окраине Рима. У Климента были бретонские наемники, а у Урбана — римское ополчение во главе с полководцем-ветераном, графом Кунео; ходили также слухи, что Хоквуд, находившийся поблизости, выступит на стороне Папы-итальянца. Опасаясь вмешательства Белой компании, некоторые бретонцы, удерживавшие для Климента замок Святого Ангела и его огромные сокровища, внезапно перешли на сторону Урбана. Хотя Хоквуд и его люди так и не появились, римским войскам удалось воспользоваться замешательством противника и нанести армии Климента такое сокрушительное поражение, что тот счел необходимым оставить в Фонди и бежать на юг, ко двору Иоанны, куда и прибыл 10 мая.
С прибытием французского понтифика в столицу королевства, Иоанна оказалась в совершенно новом для себя положении. Если раньше она стояла перед Папой Климентом VI, отстаивая свою корону и легитимность, то теперь Климент VII стоял перед ней, прося защиты для своей тиары и престола. Иоанна оказала ему эту услугу, полностью подтвердив свою веру и преданность его делу. Кастель-Нуово был немедленно предоставлен Папе и его свите, и королева торжественно преклонила колени, чтобы поцеловать туфлю Климента, во время церемонии столь пышной, роскошной и величественной, что не у кого не осталось сомнений в ее намерениях.
Но тут в дело вмешалось недовольство ее подданных. Во главе с Лодовико Боццуто, воинствующим клириком, который был назначен архиепископом Неаполя Урбаном VI, а затем лишен королевой своего поста при избрании Климента VII, на улицах столицы вспыхнули беспорядки. Дворец нового архиепископа Неаполя был атакован и разграблен толпой, как и соседний монастырь. Большая толпа, среди которой было некоторое количество вооруженных людей, зловеще собралась у Кастель-Нуово, скандируя лозунги, унижающие Климента, и требуя, чтобы королева признала Урбана истинным Папой.
В сложившихся обстоятельствах Климент, хотя и ценил поддержку Иоанны, посчитал, что Неаполь, возможно, не лучшее место для проживания его двора. К большой радости кардиналов-французов, было решено, что папский двор должен вернуться в Авиньон. Иоанна согласилась и пообещала предоставить корабли. Через три дня, 13 мая, Климент и его свита поспешно покинули Неаполь и вернулись в Фонди, чтобы дождаться обещанных кораблей, которые прибыли через несколько дней. 22 мая, к их явному облегчению, Климент и его двор погрузились на неаполитанскую галеру и отплыли в Прованс, навсегда покинув Италию. Они благополучно добрались до Марселя 10 июня 1379 года и вскоре снова поселились в своих великолепных дворцах в Авиньоне, среди роскоши, по которой так тосковали в Риме, и где в скором времени лишения и неудобства, которые им пришлось пережить в Италии, особенно ограничение количества блюд, которые могли быть поданы на стол, отошли на второй план.
К сожалению, беспорядки на улицах Неаполя, не прекратившиеся после отъезда Климента, грозили перерасти в бунт. Ситуация стала настолько критической, что королева, лишенная военной поддержки — ее муж, Оттон Брауншвейгский, находился в Северной Италии, контролируя пьемонтские владения, — была вынуждена прибегнуть к уловкам, чтобы умиротворить подданных. 18 мая королевским указом Иоанна внезапно изменила свою позицию и официально признала Урбана истинным Папой. Чтобы еще больше успокоить своих подданных, 30 июня, королева отправила посольство в Рим с поручением объявить Урбану свое повиновение.
Эта уловка сработала: беспорядки прекратились, и порядок в Неаполе был восстановлен. Но эта кратковременная внутренняя стабильность была куплена ценой доверия населения. В июле, когда Оттон вернулся с войсками, Иоанна немедленно отозвала своих послов из Рима и снова официально признала Папой Климента. Вслед за этим ее подданные, возмущенные таким наглым обманом, ополчились против королевы так, что она уже не могла с ними справиться. Иоанна никогда не делала ничего подобного в прошлом и, должно быть, чувствовала для себя серьезную угрозу, раз решилась на такую меру, но это была ошибка, которая в итоге дорого ей обошлась.
В Риме Урбан, зная о волнениях в Неаполе и разгневанный королевским приемом, который Иоанна оказала его конкуренту, готовился нанести королеве ответный удар. 17 июня он выпустил прокламацию, в которой обвинил Иоанну, "новую Иезавель и верх нечестия"[398], в преступлениях ереси и раскола. Затем, что в обычных условиях было бы просто очередной бессильной угрозой, Урбан официально отлучил Иоанну от церкви и сместил ее с Неаполитанского трона в пользу ее наследника Карла Дураццо и его жены Маргариты, племянницы королевы.