Но существует одна копия Liber pontificalis, содержащая информацию о правлении Иоанны. Более поздняя запись об этом периоде неумело вставлена в основной текст книги. Однако это не означает, что стоит сомневаться в подлинности той записи. Некий хронолог и исследователь, на основании менее политизированных хроник, возможно, счел себя морально обязанным внести дополнения в официальные записи. Блондель, протестантский историк, изучивший текст в 1647 году, пришел к заключению, что дополнение об Иоанне написано в XIV веке. Он положился на различие стиля и почерка, а это весьма субъективное суждение. Но еще остаются важные, вопросы, связанные с этим документом. Когда был написан этот отрывок? Кем? Повторное изучение текста с использованием современных методов датирования, не применявшихся прежде, не могут дать дополнительную информацию.
Отсутствие упоминаний об Иоанне в церковных документах тех времен вполне объяснимо. Римские священники, оскорбленные таким великим обманом, были готовы на все, чтобы скрыть письменные свидетельства об этом неприятном эпизоде. Возможно, они посчитали это своим долгом. Хинкмар, современник Иоанны, в своих письмах и хрониках часто утаивал информацию, способную повредить церкви. Даже великий богослов Алкуин допускал искажение фактов. В одном из своих писем он признается в уничтожении доклада о прелюбодеянии Папы Льва III и о торговле церковными должностями.
Есть основания подозревать, что современники Иоанны не желали признавать ее. Римские прелаты имели личные основания исказить правду. В редких случаях, когда папство признавалось недостойным, как это произошло с разоблаченной Иоанной, все ее назначения становились недействительными. Все кардиналы, архиепископы и священники, посвященные Папой в духовный сан, были лишены должностей. Поэтому, ведя записи или переписывая документы, эти люди не упоминали об Иоанне.
Нужно лишь взглянуть на недавний пример Никарагуа и Сальвадора, чтобы увидеть, насколько решительны и скоординированы усилия правительства при «уничтожении» свидетельств неприятных событий. Только по истечении времени обнаруживается правда, хранимая в памяти народа. В более поздние века документов с упоминанием о папском правлении Иоанны появилось предостаточно. Фредерик Шпангейм, известный германский историк, широко исследовавший этот вопрос, приводит не менее пятисот древних манускриптов, содержащих сведения о папстве Иоанны. Писали о ней и великие Петрарка и Боккаччо.
В настоящее Время церковь заняла такую позицию в отношении Иоанны, что, якобы, эту историю придумали протестантские реформаторы с целью разоблачения папской коррупции. Однако история Иоанны стала впервые известна за сотни лет до рождения Мартина Лютера. Большинство ее хроникеров были католиками, часто занимавшими высокое положение в церковной иерархии. Папство Иоанны признано даже в официальных исторических документах, посвященных римским Папам. Скульптурное изображение Иоанны стояло в одном ряду с такими же изображениями других Пап в кафедральном соборе в Сиене до 1601 года, когда по приказу Папы Клемента VIII, произошла внезапная «метаморфоза», и скульптура Иоанны превратилась в изображение Папы Захария. В 1276 году, после основательного изучения папских хроник, Папа Иоанн XX превратился в Папу Иоанна XXI, когда было официально признано правление Иоанны, как Папы Иоанна VIII. История Иоанны, включенная в официальный церковный справочник Рима, использовалась паломниками в течение трехсот лет.
Другое поразительное доказательство этого исторического факта было найдено в хорошо документированном протоколе суда над еретиком Яном Гусом в 1413 году. Гуса обвиняли в распространении еретической доктрины о возможной порочности Папы. В свою защиту Гус приводил многочисленные примеры, когда Папы грешили и совершали преступления против церкви. По каждому из его обвинений судьи (все они были священниками) подробно опровергали обвинения Гуса и называли их богохульством. И только одно заявление Гуса не было опровергнуто: «Много раз Папы грешили и совершали ошибки, например когда Папой был избран Иоанн, оказавшийся женщиной». Ни один из двадцати восьми кардиналов, четырех патриархов, тридцати митрополитов, двухсот шести епископов и четырехсот сорока богословов не выступил против этого заявления Гуса.