Иоганн Себастьян отверг попытку подорвать его престиж музик-директора. Так возникла тяжба, мелкая, длительная. Это был первый конфликт, омрачивший надежды Себастьяна на покой и, надо сказать, омрачивший труд жизнеописателей великого композитора и музыканта. Тяжбы, препирательства между кантором и начальством шли в течение лет досадной чередой.
Уже первому столкновению с консисторией суждено было длиться годы... Впрочем, на повседневную деятельность музыканта и композитора, на жизнь его семьи эта тяжба существенного влияния не оказывала. Двенадцатилетннй сын Вильгельм Фридеман еще летом 1723 года был зачислен в третий (tertia) класс школы св. Фомы, Филипп Эммануель - в четвертый (quarta). В феврале будущего года родился первенец Анны Магдалены - сын Готфрид Генрих.
В эти годы завязались дружеские связи Баха с музыкантами Дрездена. Поскольку университетская церковь упорно отказывала кантору в уплате традиционных талеров, Иоганн Себастьян в сентябре 1725 года отправляет королю и курфюрсту прошение-жалобу. Через три дня из двора курфюрста пришло письмо в лейпцигскую консисторию с требованием принять решение по прошению директора музыки. Бах не дождался ответа консистории. И сам отправился в Дрезден.
Иоганн Себастьян дает концерт на прекрасном органе в церкви св. Софии. Его имя еще со времен состязаний с Маршаном было известно дрезденцам. Помнил виртуоза и сам курфюрст, его министры и приближенные. И вот новый успех артиста-виртуоза. Весть о его гастролях в столице достигает Лейпцига. Но университетское и консисторское начальство молчит. В начале ноября Бах снова обращается к королю. В канун нового, 1726 года отправляет еще одно прошение "великодержавному королю и курфюрсту" Фридриху-Августу I (как король польский, он именовался Августом II). Консистория сдается. 21 января получено предписание о выплате кантору, но не двадцати, как полагалось, а двенадцати талеров. Решение половинчатое: руководство музыкой университетской церкви осталось поделенным между Гернером и Бахом. Однако достоинство упрямого кантора было восстановлено. Мелкая тяжба длилась 2 года 4 месяца!
С магистратом у кантора сложились поначалу отношения вполне добропорядочные. Надо сказать ради истины, что Себастьян не прочь был воспользоваться противоречиями между магистратом и консисторией. Молодость многому уже его научила. Но нарастало недовольство учительской деятельностью Баха в стенах самой школы св. Фомы.
Тут проявилась непоследовательность в поступках - эта черта нередко сказывалась у него в обстоятельствах повседневности. При поступлении на службу он сначала счел лестным для себя преподавание латинского языка. Но вскоре эти уроки стали тяготить композитора. Тогда он передал преподавание латыни другому коллеге с удержанием соответствующей суммы из своего жалованья в пользу заместителя. Это было дозволено. Но заместителя стали упрекать в небрежности обучения школьников языку древних. Обвинения же приписали Баху. Опять попреки.
Магистрат требовал от кантора прежде всего педантичного соблюдения учительских обязанностей. До творчества знатного музыканта и композитора чиновникам магистрата было мало дела. А великий художник и педагог был как раз не лучшим "классным наставником".
Первое открытое столкновение с магистратом произошло весной 1729 года, на шестом году жизни Баха в Лейпциге, спустя лишь месяцев восемь после того, как стихла очередная распря с консисторией...
То была прекрасная и плодоносная весна в жизни великого Себастьяна. В феврале он на родине Анны Магдалены в день рождения герцога Саксен-Вейсенфельского исполняет, очевидно, в несколько измененной редакции, свою Охотничью кантату, сочиненную еще в веймарские времена. И получает титул капельмейстера сего двора, что пригодится в жизни служивому музыканту, укрепит его престиж в Лейпциге.
В начале этого же года Иоганн Себастьян сочиняет, репетирует, а 15 апреля уже исполняет в церкви св. Фомы ныне всемирно знаменитые "Страсти по Матфею". Этой же весной в новой, переработанной редакции прозвучали в Лейпциге "Страсти по Иоанну" - одних этих двух произведений было бы довольно для вечной славы немецкого композитора!
Но что до совершенства сочинений Томаскантора "их великолепиям", членам городского совета! Этот непокладистый, своенравный сочинитель, вопреки совету синдиков исполняющий в церкви что-то близкое опере, есть перво-наперво нерадивый и своевольный учитель. После очередного выпуска девяти окончивших школу учеников (в их числе был и старший сын учителя Вильгельм Фридеман) господин кантор самолично отобрал для приема в интернат девять мальчиков. И уверяет, что они весьма способны. Не произвол ли это? Синдики магистрата утверждают пятерых, а четырем отказывают, предлагая на эти места подростков, рекомендованных городским советом. Бах признал их лишенными способностей, чем, по суждению синдиков, он превышает власть. Придирки к кантору учащаются, мелкие и оскорбительные.
В октябре 1729 года скончался престарелый ректор Томасшуле Иоганн Генрих Эрнести.
Затянувшееся безвластие лишь усилило раздоры. Даже при обсуждении вопроса о замещении должности упокоившегося ректора "высокоблагородные и высокомудрые" советники из магистрата не преминули досадить Баху. В протоколе записано: "...будем надеяться, что выбор ректора окажется более удачным, нежели избрание кантора". Подобные выпады против "третьего коллеги" школы, конечно же, сразу становились известными городскому чиновничеству, церковным деятелям и семье самого кантора.
На заседании 2 августа 1730 года господа заседатели совета непогрешимые Nos - силой грубой власти обрушились на Ille, кантора и учителя. Протокол этого заседания неоднократно публиковался. Написанный сбивчиво, с малой последовательностью в мыслях, он содержал, однако, все нужное для унижения достоинства Баха.