Растерянный, в полном отчаянии юноша рассказал обо всем случившемся Баху и разразился слезами.
Необычайная жестокость ректора поразила Баха не меньше самого «виновного». Он тут же отправился к Эрнести, пытаясь убедить его, что своим решением он подрывает авторитет всех учителей школы. Себастьян возмущался, просил, настаивал на помиловании юноши, пользовавшегося до сих пор безупречной репутацией. Говорил, что готов взять вину на себя. Но напрасно.
На следующую ночь, после того как Эрнести вторично отклонил просьбу Краузе об отставке, юноша сбежал.
Вскоре произошло еще одно событие, которое рассорило друзей окончательно.
Уволив Готфрида Краузе, ректор решил взять на место юноши его однофамильца — Иоганна Готлёбе Краузе. И так как по правилам школы назначать руководителя хора мог только кантор, Эрнести завел с Бахом разговор о новом префекте, когда оба они возвращались со свадьбы одного из педагогов школы. Поздно вечером они ехали в коляске, благодушно настроенные после весело проведенного ужина, и Эрнести решил воспользоваться случаем, чтобы добиться желаемого. После некоторого колебания Себастьян согласился испробовать молодого музыканта. Однако уже через несколько уроков он убедился, что тот не справляется со своими обязанностями. Краузе не слышал фальшивых звуков, и ученики пели кто во что горазд, наслаждаясь полной свободой и безнаказанностью.
Увидев, в какой упадок пришел хор, Бах, не задумываясь, понизил Краузе в должности, назначив его вторым руководителем хора, а место Краузе занял способный старательный юноша Самуэль Кютлер.
Как и полагалось, Бах доложил обо всем Эрнести, однако тот, движимый чувством болезненного самолюбия, вопреки правилам, восстановил Краузе. Так между ректором и кантором начался бой, который продолжался два года. Бах, являясь на репетиции вместе с Кютлером, прогонял Краузе, а ректор заявлял ученикам, что подвергнет жестокой порке всех, кто осмелится петь под руководством Кютлера. Баху пришлось самому дирижировать мотетами.
Оба, и ректор и кантор, обращались в Совет с жалобами. Бах справедливо утверждал, что поведение Эрнести подрывает его авторитет среди учеников, а Эрнести отвечал клеветой. Он даже осмеливался обвинять кантора во взяточничестве. Но не в характере Баха было сдаваться!
Как раз в это время из Дрездена пришел долгожданный декрет о назначении Иоганна Себастьяна Баха придворным композитором при капелле саксонского королевского двора, а в октябре 1738 года в Лейпциг приехал сам король. По случаю этого торжества была исполнена «Вечерняя музыка» Баха. Она очень понравилась всем слушателям.
Измученный борьбой с ректором, кантор решил обратиться с письмом к королю и добился своего. Однако его отношения с Эрнести уже не наладились никогда. Эрнести стал преследовать учеников, которые отдавали предпочтение музыке перед научными дисциплинами, и, встречая мальчика, занимавшегося на каком-нибудь инструменте, всякий раз ехидно спрашивал: «Вы хотите стать уличным музыкантом и играть в пивных?».
Правда, и Бах, уже уставший и ожесточившийся, недолюбливал тех, кто отдавал предпочтение латинскому языку. А так как все учителя школы стали на сторону своего начальника, то старый кантор почувствовал себя одиноким и никому не нужным. Постепенно он все больше замыкался в кругу своей семьи.
Трудно представить себе, сколько забот требовали от Баха его домочадцы. «Я добрый отец, принимающий близко к сердцу судьбу своих детей и старающийся всеми силами способствовать их благополучию», — говорил он в одном из писем. И все же частыми гостями в его семье были болезнь и смерть. Только шестеро его детей — три сына и три дочери — пережили отца.
Все старшие сыновья композитора учились в школе Св. Фомы, а потом закончили университет, и Бах стремился найти для них интересную работу. Так, когда в Дрездене умер органист церкви Св. Софии, Бах предложил на этот пост своего первенца, Вильгельма Фридемана, который уже в двадцать три года славился как законченный мастер. Вскоре Фридеман получил эту должность, и любящий отец сопровождал его в поездке.
В 1740 году Филипп Эмануэль стал придворным музыкантом в капелле прусского короля Фридриха Великого.
Радостным событием в жизни семьи Баха было и замужество его дочери Элизабет Юлианы Фридерики. Себастьян очень любил свою Лизхен, и, может быть, поэтому почти все героини его светских кантат носят это имя. Элизабет стала женой одного из лучших учеников Себастьяна, его преданного друга Иоганна Кристиана Альтниколя. По ходатайству Баха Кристиан получил место органиста в Наумбурге.