Вскоре после возвращения со съезда Джугашвили надолго перебрался из Тифлиса в Баку. Этому предшествовало одно важное событие, происшедшее при его деятельном участии. 13 июня 1907 года на Эриванской площади Тифлиса среди бела дня было совершено нападение на почтовую карету и похищено 250 тыс. рублей, перевозившихся в местное отделение государственного казначейства. В ходе перестрелки было убито более 10 человек, в основном – случайных прохожих. Непосредственным руководителем экспроприации был С.М. Тер-Петросян (Камо). Эта экспроприация была категорически осуждена меньшевиками, потребовавшими исключения из партии всех, к ней причастных. Ведь съезд только что постановил отказаться от эксов, а большевики на это решение демонстративно наплевали. В результате Коба вынужден был покинуть Тифлис, где в местной социал-демократической организации резко преобладали меньшевики. Он вынужден был вместе с женой и ребенком в июле 1907 года перебраться в Баку, где влияние большевиков, хотя они и не были в большинстве, оставалось гораздо более сильным. В Баку работа социал-демократов велась в основном легально, и полиция всех знала в лицо. Здесь Джугашвили издавал газеты «Гудок» и «Бакинский пролетарий». В первом номере «Бакинского пролетария», вышедшем 20 июня 1907 года, еще до переезда Сталина в Баку, была опубликована его статья «Лондонский съезд Российской социал-демократической партии (записки делегата)». Она была подписана псевдонимом Коба Иванович. Так партийный псевдоним Сталина впервые появился в печати.
Осенью 1907 года Сталин предложил возродить Бакинскую боевую дружину. К тому времени в руководстве Бакинского комитета уже преобладали большевики. Из меньшевиков эту идею поддержал Андрей Януарьевич Вышинский, предложивший «достать» оружие у полиции и жандармов (попросту – купить). По данным Бакинского охранного отделения, уже к 15 сентября 1907 года большевики потратили на эти цели около 80 тыс. рублей. С этого времени берет начало определенная близость Сталина и Вышинского, которой не помешала принадлежность к разным фракциям.
Одновременно Сталин не забывал и о легальных методах борьбы. Он руководит в Баку кампанией большевиков по выборам в III Государственную думу. 22 сентября 1907 года в Баку на собрании уполномоченных от рабочей курии был принят «Наказ социал-демократическим депутатам».
Вскоре Кобу постигла тяжелая утрата. 22 ноября 1907 года от брюшного тифа умерла его жена Като. Она скончалась в Тифлисе на руках у мужа. Екатерину Сванидзе похоронили на Кукийском кладбище святой Нины. Восьмимесячного Яшу забрала к себе сестра Като Сашико. Сталин горевал, но недолго. Любовь и семья всегда были подчинены у него интересам борьбы.
В начале 1908 года бакинские большевики стали готовить новую крупную экспроприацию. Им стало известно, что из центра в Баку Каспийским морем везут 4 млн рублей для последующей переправки в Туркестанский край. Чтобы раздобыть оружие, боевики устроили налет на флотский арсенал. Однако дом, где хранилось похищенное оружие, привлек внимание жандармов. Двое боевиков погибли при аресте, подготовка к эксу была сорвана. Сталин на время покинул Баку. Позднее, 15 марта 1908 года, ему только чудом удалось ускользнуть из рук жандармов, которые окружили Бакинский народный дом. Там должна была состояться конференция РСДРП. Делегатам удалось смешаться со зрителями, смотревшими спектакль, и избежать ареста. Но Коба уже догуливал на свободе последние недели.
Путешествия по ссылкам
Джугашвили-Кобу взяли в ночь на 25 марта 1908 года в одном из бакинских притонов с документами жителя селения Маквини Кутаисского уезда Кайоса Бесовича Нижерадзе. При нем обнаружили «нелегальную переписку» – документы Бакинского комитета РСДРП. Мнимый Нижерадзе утверждал, что служил конторщиком в Союзе нефтепромышленных рабочих и был корреспондентом газеты «Гудок». Но очень скоро, 1 апреля 1908 года, задержанный признался, что он – Иосиф Джугашвили, но что после побега из ссылки ничего дурного не делал: «В 1904 г., зимой, я скрылся из места ссылки, откуда я поехал в г. Лейпциг, где пробыл около 11 месяцев. Около восьми месяцев тому назад я приобрел паспорт на имя дворянина Кайоса Нижерадзе, по которому и проживал». То, что найденный у него при аресте номер «Гудка» действительно принадлежит ему, Джугашвили охотно признал – за это ему ничего сделать не могли. А вот от «резолюции представителей ЦК по делу о расколе в Бакинском комитете РСДРП», также найденной у него, категорически открещивался, заявляя, что она будто бы была прислана в Союз нефтепромышленных рабочих для редакции «Гудка». В позднейших показаниях Сосо уточнил, что вообще обретался в Лейпциге больше года – вплоть до Высочайшего манифеста 17 октября 1905 года, после которого была объявлена амнистия политическим преступникам. Значит, теперь побег из ссылки Джугашвили уже не могли поставить в вину. А до манифеста, мол, сидел себе мирно в Германии, прихлебывал пиво. Затем вернулся в Закавказье, стал потягивать родное кавказское вино, писать корреспонденции в «Гудок» да трудиться в профсоюзе конторщиком. Правда, не очень понятно, почему Джугашвили не сделал попытки легализоваться под своим настоящим именем, а потратился на покупку паспорта какого-то Нижерадзе. Такой вопрос наверняка возник и у жандармов, осведомленных по донесениям агентуры о роли Джугашвили в деятельности Бакинского комитета, а ранее – в Батуме и Тифлисе. Информация из Тифлисского жандармского управления доказывала, что в 1905 году Джугашвили находился в Закавказье, а не в Германии. Однако конкретных улик против Джугашвили, которые были бы весомы для суда, не было. Поэтому предлагалось выслать Джугашвили в Сибирь на три года под гласный надзор полиции. Особое совещание при МВД 26 сентября 1908 года сократило срок ссылки с 3 до 2 лет, причем, как и другим пяти клиентам Бакинского жандармского управления, одновременно с сокращением срока ссылки Тобольская губерния была заменена Вологодской, откуда не бежал только ленивый.