Из Баку Сталин ушел по этапу 9 ноября 1908 года, а на место ссылки, в город Сольвычегодск прибыл 27 февраля 1909 года. Здесь ему полагалось ежемесячное пособие в 7 рублей 40 копеек. Особо не разгуляешься, но на пропитание вполне хватит. Вот на побег из этой суммы, как ни старайся, никак не отложишь. А Сталин сразу же стал думать о побеге. С.Я. Аллилуев вспоминал, как весной 1909 года будущий зять писал ему в Петербург с просьбой сообщить ему точный домашний и рабочий адрес. 1 мая 1909 года один из тифлисских социал-демократов сообщал в Киев, что «Сосо (Коба) пишет из ссылки и просит прислать денег на обратное путешествие». Но денег ему так и не прислали. Пришлось прибегнуть к помощи своих ссыльных товарищей, которые, чтобы не быть потом привлеченными к ответственности за соучастие в побеге, передали ему деньги – 70 рублей под видом карточного выигрыша. В доме учительницы Мокрецовой, за городом, Коба переоделся в крестьянский сарафан. Учительница проводила его до берега, там Джугашвили сел в лодку и переправился через Вычегду до Котласа, проплыв 27 верст. Из-за слабости левой руки Сталину было сложно грести, поэтому гребли двое ссыльных, Сергей Шкарпеткин и Антон Богатырев. Побег был совершен вскоре после утренней поверки заключенных, 24 июня 1909 года, так что сопровождающие успели до темноты вернуться в Сольвычегодск. Беглеца хватились лишь следующим утром, когда он уже был в Вятке, а вечером 26 июня добрался до Петербурга. Здесь Сталин связался с С.Я. Аллилуевым, который устроил его на одну из конспиративных квартир. В Петербурге Коба успел поучаствовать в совещании по поводу издания центральной большевистской газеты, а уже около 7 июля выехал в Тифлис. Уже 12 июля Сталин оказался в поле зрения агентов Бакинского охранного отделения. Но жандармы не торопились установить подлинную фамилию Кобы. Только в августе они выяснили, что тот проживает по паспорту Оганеза Вартановича Тотомянца. Тем временем тот успел возобновить выпуск подпольной газеты «Бакинский пролетарий». А когда руководитель Бакинского комитета П.А. Джапаридзе вынужден был в конце августа покинуть Баку, руководство комитетом перешло к Джугашвили. В октябре Джапаридзе был арестован на своей квартире, а находившиеся там Джугашвили и Орджоникидзе сумели скрыться.
Между тем в Тифлисе 12 августа 1909 года, немного не дожив до 60 лет, тихо скончался от цирроза печени отец Сталина Бесо Джугашвили. Его похоронили на общественный счет, никого из родственников на похоронах не было. Коба о смерти отца тогда так и не узнал. Лишь через 20 лет ему рассказал об этом сапожник Ягор Незадзе.
Уже в феврале 1910 года Сталин был намечен в центральное руководство РСДРП. Тогда было создано Русское бюро партии. Туда намечалось включить В.П. Ногина, И.Ф. Дубровинского, Р.В. Малиновского, Сталина и В.П. Милютина. Как вспоминал М.И. Фрумкин, «Сталин был нам обоим известен как один из лучших и более активных бакинских работников. В.П. Ногин (приехавший из-за границы. – Б. С.) поехал в Баку договариваться с ним». Однако между Кобой и другим руководителем Бакинского комитета Кузьмой возник конфликт, поскольку Коба неосновательно обвинил ряд соратников в провокации. Кузьма – секретарь Союза нефтепромышленных рабочих Сергей Дмитриевич Сильдяков, год спустя эмигрировал в США. Но тогда он грозил расколом бакинской организации и грозился присвоить 150 рублей, данных ему на устройство типографии. В условиях острого конфликта с включением Сталина в состав Русского бюро решили повременить. А тут вопрос отпал сам собой благодаря жандармам.