27 октября, накануне отъезда Кобы обратно в Петербург, Малиновский сообщил о нем в Московское охранное отделение: «Коба был задержан весной текущего года в Петербурге и административно выслан в Нарымский край, откуда бежал, съездил за границу (скорее всего, под поездкой за границу имеется в виду визит Сталина на Кавказ. Данных о том, что Коба после побега из Нарыма пересекал границы Российской империи, у нас нет. Если только на Кавказе он не заглянул ненадолго в Персию, граница которой с Россией была достаточно условна и легко проницаема – десятки тысяч персов работали на бакинских нефтепромыслах. – Б. С.) и, возвратившись в Петербург, в течение полутора месяцев работал при редакции газеты «Правда» по вопросам текущей избирательной кампании. В настоящее время ему поручено организовать поездку за границу попавших в члены Государственной думы выборщиков по рабочим куриям. Вопрос о поездке означенных депутатов от Петербургской губернии уже решен в положительном смысле. Костромских и владимирских депутатов по поручению Кобы отправится приглашать депутат от Московской губернии Малиновский, депутатов Харьковской и Екатеринославской на этих же днях по его же, Кобы, поручению едет приглашать Петр Петрович (рабочий Василий Григорьевич Шумкин)».
29 октября Сталин через Финляндию выехали в Краков для встречи с Лениным. Туда же отправились и большевики-думцы. Но из них до Кракова добрались только Р.В. Малиновский и М.К. Муранов. Здесь в 10-х числах ноября состоялось совещание их с В.И. Лениным и Г.Е. Зиновьевым. Обсуждались тактика поведения в Думе и вопрос о партийном единстве. Джугашвили стоял за объединение всех фракций, кроме ликвидаторов, и был противником культурно-национальной автономии. Вместо нее он выдвигал тезис о необходимости территориального единства как обязательного условия для существования нации. В дальнейшем, когда Сталин стал властителем Советского Союза, это определение нации самым пагубным образом сказалось на судьбе тех национальных меньшинств, которые не составляли большинства в основных районах своего проживания, особенно в случае, когда большинство данного этноса находилось в составе другого государства. В СССР наиболее угнетались и преследовались поляки, немцы, финны, евреи, латыши, эстонцы, литовцы, китайцы, корейцы, на них в первую очередь обрушивались репрессии и они же к концу сталинского правления имели меньше всего шансов сохранить свою национальную культуру. Их уделом становилась ассимиляция русскими, причем даже в ассимилированном состоянии они оставались гражданами второго сорта.
По возвращении в Петербург Сталин участвовал в выработке декларации социал-демократической фракции. В связи с ней возникла необходимость новой встречи Ленина, Сталина и депутатов-большевиков. Ленин возмущался, что в оглашенной Малиновским в Думе 7 декабря декларации социал-демократической фракции был поддержан тезис о культурно-национальной автономии. Выражая мнение Ленина, Крупская в письме Малиновскому и Сталину возмущалась, что «большинство кооператива водворило опять национально-культурную автономию в угоду еврейским националистам». В том же письме она настаивала на приезде депутатов-большевиков за границу. И вот в конце декабря, когда начались думские каникулы, Сталин опять отбыл в Краков через Финляндию. К месту назначения он прибыл в 20-х числах декабря. С 28 декабря по 1 января 1913 года прошло совещание, на котором был сформирован ЦК. Характерно, что, сообщая охранке о составе Центрального Комитета из 9 человек, Малиновский поставил Кобу на третье место – после Ленина и Зиновьева и перед членами Думы и Свердловым. Вероятно, это отражало реальный вес Сталина в руководстве партии к тому времени. Наряду с Я.М. Свердловым он возглавил Русское бюро ЦК, но при этом обладал большим опытом и связями, чем Яков Михайлович.
В тот момент партия переживала финансовый кризис. В начале 1913 года в партийной кассе была ничтожная сумма в 7500 франков. Резко сократились поступления от партийных спонсоров, прекратились экспроприации, поскольку немногочисленные, в сравнении с эсеровскими, большевистские боевики почти не имели оружия из-за тех же финансовых трудностей и были загнаны в глубокое подполье. Согласно одному из агентурных донесений, «выяснилось, что благодаря отсутствию средств в пределах России на партийном содержании может жить только один представитель ЦК. Таковым, несмотря на свои отказы по принципиальным соображениям, назначен «Коба», коему и ассигновано по 60 руб. в месяц. «Ленин» получает от «Правды» по 100 руб. в месяц; такую же сумму получает от редакции названной газеты и «Зиновьев». Получается, что и по зарплате Сталин занял в партии почетное третье место. И полиция пришла к выводу, что оставлять его на свободе слишком долго не стоит.