На фронтах гражданской Сталин преданность Советской власти ценил выше военного профессионализма. Так, в декабре 1917 года он указывал командованию Оренбургского фронта, сражавшегося с казаками атамана Дутова: «Негодные элементы распускайте, годные сплачивайте в революционные отряды. Пусть будет меньше людей, но зато будут верные. Это путь верный, и можно идти по нему смело». Между прочим, этот принцип Сталин исповедовал и в политике – пусть рядом будет меньше соратников, но зато верные. Отсюда и широкомасштабные кровавые чистки – пусть людей будет меньше, но зато выйдут в расход все подозрительные.
В период жаркой дискуссии в руководстве, подписывать или не подписывать мир с немцами на тяжелых условиях, продиктованных Берлином, Сталин проявил колебания. Так, 23 февраля 1918 года, когда Ленин пригрозил подать в отставку, если большинство членов ЦК откажется подписать мир, Сталин заявил: «Мира можно не подписывать». На это Ленин горячо возразил: «Сталин неправ, когда он говорит, что можно не подписать. Эти условия надо подписать. Если вы их не подпишете, то вы подпишете смертный приговор Советской власти через три недели. Эти условия Советской власти не трогают. У меня нет ни малейшей тени колебания. Я ставлю ультиматум не для того, чтобы его снимать. Я не хочу революционной фразы». В итоге в вопросе о Брестском мире Сталин перешел на ленинскую позицию. В тот момент, да и позднее он не умел делать долгосрочные политические прогнозы и не ожидал, что «похабный мир» просуществует всего восемь месяцев. Сталин вообще всегда больше оставался мастером политической тактики, а не стратегии, и не был способен к нестандартным и неожиданным стратегическим решениям.
31 мая 1918 года Сталин был назначен руководителем продовольственного дела на юге России. Здесь центром влияния большевиков был Царицын, куда свозили изъятый по разверстке хлеб со всех южных губерний. Сталин стал одним из руководителей обороны Царицына от казачьей армии атамана П.Н. Краснова. При этом Иосиф Виссарионович нередко сносился по военным вопросам непосредственно с Лениным через голову председателя Реввоенсовета Троцкого. Тогда у них с Троцким возникли первые конфликты.
7 июля 1918 года Ленин известил находившегося в Царицыне Сталина об убийстве германского посла Мирбаха и о мятеже левых эсеров и потребовал: «Повсюду необходимо подавить беспощадно этих жалких и истеричных авантюристов, ставших орудием контрреволюционеров». Сталин ответил в тот же день: «Гоню и ругаю всех, кого нужно, надеюсь, скоро восстановим положение. Можете быть уверены, что не пощадим никого, ни себя, ни других, а хлеб все же дадим. Если бы наши военные «специалисты» (сапожники!) не спали и не бездельничали, линия не была бы прорвана, и если линия будет восстановлена, то не благодаря военным, а вопреки им. Что касается истеричных – будьте уверены, у нас рука не дрогнет. С врагами будем действовать по-вражески». Офицеров-«спецов», без всякого энтузиазма участвовавших в российской усобице на стороне красных, часто – только потому, что их семьи оставались в заложниках, Сталин не любил и им не доверял. И почти все бывшие царские офицеры были вычищены из Красной Армии в 1930 и в 1937–1938 годах, что никак не способствовало повышению ее боеспособности.
В Царицыне Сталин проявил выдающуюся жестокость, причем одним из главных объектов террора стали бывшие офицеры, работавшие в штабе фронта и Северо-Кавказского округа. 11 июля 1918 года он телеграфировал Ленину: «…Штаб Северо-Кавказского округа оказался совершенно неприспособленным к условиям борьбы с контрреволюцией. Дело не только в том, что наши «специалисты» психологически неспособны к решительной войне с контрреволюцией, но также в том, что они, как «штабные» работники, умеющие лишь «чертить чертежи» и давать планы переформировки, абсолютно равнодушны к оперативным действиям… и вообще чувствуют себя как посторонние люди, гости. Военкомы не смогли восполнить пробел… Смотреть на это равнодушно, когда фронт Калинина оторван от пунктов снабжения, а север – от хлебного района, считаю себя невправе. Я буду исправлять эти и многие другие недочеты на местах, я принимаю ряд мер и буду принимать вплоть до смещения губящих дело чинов и командиров, несмотря на формальные затруднения, которые при необходимости буду ломать. При этом понятно, что беру на себя всю ответственность перед всеми высшими учреждениями». 11 августа 1918 года в разговоре по прямому проводу с Васильевым, командиром одного из отрядов, оборонявших Царицын, Сталин утверждал: «Сегодня последний раз обращаюсь к Южному фронту с требованием незамедлительно перебросить на север необходимые части… Если эта переброска не произойдет сегодня же, Царицын будет отрезан, весь Юг останется без снарядов и патронов. Следует помнить что кадеты направляют все свои силы против Царицына… Никакие колебания недопустимы, колебания преступны, либо вы спасаете Царицын и тогда спасен весь Южный фронт, либо вы останетесь глухи к требованиям момента, и тогда неизбежно погибнет весь фронт. Торопитесь, не запаздывайте, ибо запоздать – все, значит, проиграть».