Час расплаты приближается. Скоро они сами сознаются перед судом бедноты во всей своей лжи, как генерал Федоров сказал на допросе, что они борются за царскую власть. (Думаю, что при некоторых усилиях со стороны чекистов бедняга легко мог признаться, что они с Красновым действуют по поручению дьявола)».
Когда угроза захвата Царицына казаками Краснова миновала, Сталин был отозван в Москву. Но вскоре тяжелая ситуация сложилась на Восточном фронте. В декабре 1918 года, когда 3-я Красная армия сдала войскам Колчака Пермь, ЦК РКП(б) направил в штаб Восточного фронта в Вятку комиссию во главе со Сталиным и Дзержинским, чтобы разобраться в причинах катастрофы. Часть командиров и комиссаров посланцы центра предали суду трибунала, причем, как позднее решили в Москве, сделано это было с большим избытком, и впоследствии многих освободили из-под ареста.
Главным оппонентом Сталина по военным вопросам был Троцкий. Лев Давыдович при строительстве Красной Армии делал упор на использование бывших царских офицеров и генералов – выходцев из дворян и интеллигенции, тогда как Иосиф Виссарионович предпочитал им унтер-офицеров из рабоче-крестьянской среды, вроде того же Буденного. Унтер-офицеры умели говорить с солдатской массой, умели повести ее в бой, но по части планирования операций, вопросов организации и стратегии, а порой – и элементарной работы с картой без помощи специалистов оказывались как без рук. Сталин больше внимания уделял моральному фактору, надеялся, что коммунисты и рабочие сумеют перевоспитать «в духе коммунистической сознательности» и повести за собой солдатскую массу – вчерашних крестьян. На VIII съезде партии в марте 1919 года, где против Троцкого выступила «военная оппозиция», отвергавшая призыв в Красную Армию бывших офицеров, Сталин заявил, что «крестьяне не будут добровольно драться за социализм». Поэтому «их надо перевоспитать в духе железной дисциплины, повести их за пролетариатом не только в тылу, но и на фронтах, заставить воевать за наше общее социалистическое дело и в ходе войны завершить строительство настоящей регулярной армии». Троцкий же, понимая, что заставить воевать за идею мировой революции архангельских или калужских мужиков практически невозможно, предлагал упирать в пропаганде на патриотические мотивы, убеждая мужиков в том, что им приходится отражать натиск Антанты. В чем не расходились Ленин, Троцкий и Сталин, так это в том, что по-настоящему Советская власть может опереться на пролетариат и беднейшее крестьянство, из которых и состояли наиболее надежные части Красной Армии. Другой опорой советской власти являлись интернациональные части из латышей, китайцев и бывших военнопленных солдат германской и австро-венгерской армии. Их использовали, в частности, для подавления восстаний крестьян, недовольных продразверсткой.
Весной 1919 года Сталину пришлось еще раз выполнять функцию «пожарного для безнадежных положений». Под Петроградом войска Юденича подступили к городу, взяли Ямбург, Гдов и Псков. 19 мая в северную столицу прибыл Сталин. Он сразу же мобилизовал в армию 13 тыс. рабочих, а также провел широкие аресты в Петрограде офицеров и «буржуазных элементов, подозреваемых в принадлежности к белогвардейской организации «Национальный центр». Часть арестованных была расстреляна. 13 июня подняли мятеж гарнизоны фортов Красная Горка и Серая Лошадь. Через три дня с помощью корабельной артиллерии Сталину удалось принудить мятежников к капитуляции. А 21 июня Красная 7-я армия перешла в контрнаступление и оттеснила Юденича к Гдову.
На какой бы фронт ни попадал Сталин, он широко применял репрессии. В этом отношении он не был оригинален и ничем не отличался от других членов Реввоенсовета. Троцкий тоже утверждал: «Нельзя строить армию без репрессий. Нельзя вести массы людей на смерть, не имея в арсенале командования смертной казни». И Сталин, и Троцкий, и другие, не колеблясь, расстреливали трусов, паникеров и изменников (или тех, кто казался им изменниками), а также заложников из представителей имущих классов населения. Но Лев Давыдович еще и сам поднимал в атаку под огнем врага дрогнувший полк под Петроградом, произносил зажигательные речи на митингах. Сталин же работал преимущественно в штабах, канцеляриях, давал поручения другим, а сам не был мастером в общении с людьми.
Его соперничество с Троцким объяснялось старым как мир стремлением военачальников всех времен и народов стать единоличным отцом победы, а вину за поражение свалить на других. В ряде случаев при решении оперативных вопросов Сталин, минуя Троцкого, апеллировал непосредственно к Ленину. Будучи, как и Троцкий, с марта 1919 года членом Политбюро, он считал, что не обязан подчиняться главе военного ведомства. Разумеется, подобное своеволие одного из членов Реввоенсовета не могло радовать Льва Давыдовича. Однако такого рода конфликты случались у него по военным вопросам и с другими руководителями, и нельзя сказать, что у Сталина и Троцкого в то время был настоящий антагонизм, хотя впоследствии оба соперника именно так старались представить свои взаимоотношения в период гражданской войны.