В городах и местечках со значительным еврейским населением (главным образом в губерниях черты осёдлости — см. прим. 59) стали создаваться кружки самообороны, члены которых собирали деньги, закупали или изготавливали огнестрельное и холодное оружие, учились владеть им, формировали мобильные группы, патрулировавшие населенные пункты в случае угрозы погрома; действия таких групп координировали штабы, располагавшиеся в частных квартирах, где имелись телефоны. Многие руководители и рядовые участники вновь созданных кружков самообороны принадлежали к сионистским группировкам, особенно левой ориентации. Изменилось и отношение еврейской буржуазии к самообороне: если раньше представители имущих классов отказывались жертвовать деньги на самооборону, опасаясь, что эти средства попадут в руки революционеров, и надеясь на полицию и войска, то уже в 1903 г. и, в особенности, в 1904-1905 гг., самооборона финансировалась во многом богатыми евреями. Оружие для еврейских боевых групп в России закупали и еврейские организации других стран.
Быстрый рост самообороны встревожил власти: уже в конце апреля 1903 г. министр внутренних дел В.Плеве писал в циркуляре губернаторам: "Никакие кружки самообороны быть не должны". Участников самообороны арестовывали, конфискуя собранное ими оружие. Тем не менее, уже через несколько месяцев после Кишиневского погрома еврейская самооборона смогла приступить к активным действиям: в начале сентября 1903 г. ее отряды численностью в несколько сотен человек с оружием в руках выступили против погромщиков в Гомеле. Ядро этих отрядов, во главе которых стоял И.Ханкин, составила военизированная организация Гибборей Цион ("Герои Сиона") при местной секции Поалей Цион (см. прим. 14); самостоятельно действовала группа бундовцев (БУНД — Всеобщий союз еврейских рабочих в Литве, Польше и России — еврейская социалистическая партия в России, позже в Польше и США — см. в прим. 86). Силы самообороны имели возможность быстро подавить погром, однако прибывшие войска открыли по ним огонь, убив и ранив несколько человек. Под прикрытием солдат бесчинства продолжались, но всюду, где через армейские заслоны прорывались еврейские бойцы, они неизменно разгоняли погромщиков, нанося им потери.
Еврейская самооборона энергично действовала в период революции 1905-1907 гг. В апреле 1905 г. вооруженные группы еврейской молодежи разогнали погромщиков в Мелитополе и Симферополе, в июле — в Екатеринославе. В Керчи 31 июля 1905 г. по приказу градоначальника был обстрелян отряд самообороны, пытавшийся остановить погром, в который переросла патриотическая манифестация; погибли два бойца самообороны, один из них — русский гимназист П.Кирилленко.
В октябре 1905 г., когда кровавые погромы охватили многие губернии России как в черте осёдлости, так и за ее пределами, в 42 населенных пунктах действовали организации самообороны; 30 из них приняли непосредственное участие в борьбе с погромщиками.
В Одессе еврейская самооборона и студенческая милиция, в которую входили и евреи, и христиане, поначалу смогли приостановить антиеврейские беспорядки на целом ряде улиц; многие погромщики были убиты и ранены, свыше 200 человек разоружены и взяты под стражу в здании Новороссийского университета. Лишь после того, как генерал-губернатор города А.Каульбарс двинул против "революционеров" (к которым была отнесена и еврейская самооборона) войска, включая казачьи части, и приказал им использовать все виды оружия, вплоть до артиллерии, погром возобновился и продолжался несколько дней. Погибло свыше 400 евреев, в т. ч. немало участников самообороны.