Вскоре генерал Линевич пригласил Иосифа в свою ставку. На плацу были выстроены в парадном строю полки. Генерал Линевич вместе с Трумпельдором обошел войска и произнес краткую речь, в которой рассказал о подвиге воина, его деятельности в плену и сообщил, что вскоре Трумпельдор будет лично представлен государю императору. В ответ над плацем прогремело троекратное "Ура!".
Издававшаяся в Ростове газета "Приазовский край" 5 апреля 1906 года сообщала читателям: "С Дальнего Востока вернулся в Ростов один из настоящих героев русско-японской войны Иосиф Трумпельдор. Ростовец по рождению, сын фельдшера местной еврейской больницы, прослуживший верой и правдой родине в рядах войск, Трумпельдор был скромным зубным врачом, пока не был призван на действительную службу... Здесь молодой нижний чин совершает ряд подвигов. В одном из сражений Трумпельдор теряет руку. Искалеченный, он остается в строю. Героизм молодого ростовца обратил на себя внимание. Трумпельдор удостаивается ряда наград (между прочим, был удостоен производства в первый офицерский чин). Он также имеет все четыре георгиевских креста".
Встреча с Родиной произвела самое удручающее впечатление на еврейского солдата, сражавшегося за Россию: недавно прокатившаяся по всей России волна еврейских погромов тяжело ударила по ростовским евреям, еще не оправившимся от кровавого погрома, организованного местными черносотенцами в октябрьские дни 1905 года.
Ростовские евреи, как и евреи всего юга России, испытали три волны еврейских погромов (1881-1884, 1905-1906 и 1918-1920). Из них погромы в октябре 1905 года вызвали больше всего жертв. По числу убитых (176 человек) и раненых (около 500 избитых и изувеченных) он оказался одним из самых крупных еврейских погромов в России начала XX века. Городские власти не предпринимали никаких мер для прекращения продолжавшегося три дня погрома.
Во главе ростовских погромщиков стояли городской голова Е.Н.Хмельницкий, гласный городской Думы присяжный поверенный В.К.Севастьянов (впоследствии председатель Ростовского-на-Дону отделения Союза 17 октября), коллежский секретарь М.И. Кирьянов (в будущем председатель Ростовского-на-Дону отделения Союза Русского народа) и купец В.К. Чириков.
Когда утром 19 октября в Ростове начался поголовный еврейский погром, городской полицмейстер А.М. Прокопович бросил конных казаков против немногочисленных еврейско-русских дружин и групп самообороны, организованных членами еврейской социалистической партии "Поалей Цион" (Рабочие Сиона), студентами и рабочими Владикавказских железнодорожных мастерских.
Попытки немногочисленных бойцов еврейской самообороны остановить толпы погромщиков и спасти свои семьи были жестоко подавлены полицией и войсками, принявшими участие в погроме.
После расстрелов участников самообороны погром продолжился уже под охраной войск, полиции и казаков. Полицмейстер, "сидя в фаэтоне с револьвером в руках, кричал: "Жиды, сдавайтесь сию минуту, иначе всех вас сейчас перестреляем!"
Погромщиками было разграблено 514 еврейских лавок, две паровые мельницы, пять угольных складов, восемь частных квартир. В результате 25-и поджогов сгорело 311 строений.
Вернувшийся с войны Трумпельдор застал еврейскую общину своего родного города еще не пришедшей в себя после резни. Он предстал перед родителями, пережившими погром, с заколотым рукавом шинели вместо руки. Теперь предстояло начинать новую жизнь, но участь инвалида совсем не прельщала молодого воина, полного идей и планов по возрождению Еврейского государства.
Как пишет внучатая племянница Трумпельдора Софья Миндлин, через месяц после возвращения с войны Трумпельдор получил извещение из Петербурга: "Канцелярия Его Величества просит явиться для представления императору Николаю Второму".
По приезде в Петербург Трумпельдора в числе других Георгиевских кавалеров повезли в Царское Село. В приемный зал вошли император и императрица и стали обходить героев. Когда флигель-адъютант подвел монаршью чету к месту, где стоял Трумпельдор, на столик возле него положили два офицерских погона. Обращаясь к Трумпельдору, Николай Второй произнес: "Благодарю за службу и поздравляю с производством в первый офицерский чин". Осмотрев надпись на протезе, сделанную японским императором, царь предложил герою выбрать род дальнейшей деятельности, в том числе и возможность поступления в Военно-Медицинскую Академию, закрытую для евреев. Трумпельдор ответил, что хотел бы получить образование в Петербургском университете на юридическом факультете. Царь пожелал ему успехов.