Незадолго до смерти Федор Кузьмич побывал у старого знакомого казака Семена Сидорова, а затем вернулся в Томск, где прожил некоторое время, страдая от застарелой болезни. Перед смертью его исповедовал отец Рафаил из Алексеевского монастыря. На исповеди старец отказался назвать имя своего небесного покровителя («Это Бог знает»), а также имена своих родителей («Святая Церковь за них молится»). Сохранился известный со слов купца Хромова его разговор с Федором Кузьмичом накануне смерти старца:
— Благослови, батюшка, спросить тебя об одном важном деле, — обратился к нему Семен Хромов.
— Говори. Бог тебя благословит, — ответил старец.
— Есть молва, — продолжал Семен Феофанович, — что ты, батюшка, не кто иной, как Александр Благословенный… Правда ли это?..
Старец, услыша эти слова, стал креститься и проговорил:
— Чудны дела Твои, Господи… Нет тайны, которая бы не открылась.
Скончался Федор Кузьмич 20 января 1864 года, согласно метрической записи восьмидесяти лет от роду. В 1866 году по инициативе купца Хромова был написан карандашный портрет старца, имевшего схожие черты лица с императором Александром I. С него томский фотограф Ефимов сделал фотоснимки, которые пользовались популярностью среди горожан. Позднее Хромов заказал у неизвестного томского художника два портрета: императора Александра I (копия с известного портрета работы Д. Доу) и Федора Кузьмича, которые повесил в келии старца. Позднее портреты были помещены в часовню, построенную над его могилой.
После смерти Федора Кузьмича купец Хромов разобрал его личные вещи. Среди них им были обнаружены: документ о бракосочетании императора Александра I: «толстый лист синеватого цвета, где часть слов была отпечатана типографским способом, а часть написана от руки. Внизу листа находилась белая печать с изображением церкви»; небольшое резное распятие из слоновой кости; цепь ордена Андрея Первозванного; нарисованный вензель в виде буквы «А». Также были найдены короткие шифрованные записки, получившие название «тайна Федора Кузьмича».
Незадолго до своей смерти Федор Кузьмич указал Хромову на мешочек, висевший над его кроватью, и сказал: «В нем моя тайна». После кончины старца мешочек был вскрыт; в нем обнаружились две записки — узкие бумажные ленты, исписанные с обеих сторон. Кроме этих записок сохранились написанная Федором Кузьмичем выдержка из Священного Писания, датированная 2 июня 1849 года, и конверт с надписью «Милостивому государю Семиону Феофановичу Хромову».
Содержание записок было довольно туманным и при желании позволяло интерпретировать их как в качестве подтверждения легенды об императорском происхождении старца.
Попытки расшифровать данные записки предпринимались неоднократно.
Подлинные записки считаются исчезнувшими при неизвестных обстоятельствах в 1909 году. В настоящее время сохранились лишь их фотокопии, причем не очень хорошего качества, что значительно затрудняет возможность дальнейшей их идентификации и дешифровки.
Исследователь легенды о старце В. В. Барятинский предлагал в конце XIX века следующий вариант расшифровки текстов записок.
На лицевой стороне первой записки можно прочесть следующую фразу: «Видишь ли, на какое молчание вас обрекло ваше счастье и ваше слово».
Оборотная сторона первой записки гласит: «Но когда Александры молчат, Павлы не возвещают» (в значении — когда Александр хранит молчание, то его не терзают угрызения совести относительно Павла).
Текст на лицевой стороне второй записки: «Я скрываю тебя, Александр, как страус, прячущий свою голову под крыло».
Иван Петров, преподаватель Санкт-Петербургского театрального училища, заинтересовавшись записками, путем перестановки букв подобрал ключ для прочтения «тайны» старца. Данной расшифровкой заинтересовался великий князь Николай Михайлович и привел ее в своей работе про Федора Кузьмича.
Се Зевес И.Е.В. Николай Павлович
без совести сославший Александра
от его (чего) аз нынче так страдающь
брату вероломно вопию
Да возсия моя Держава
1837-го г. Мар. 26-го
Николай Михайлович пишет, что это — первая удачная попытка расшифровки записки.
Одна из легенд дома Романовых гласит, что Федор Кузьмич — это император Александр I, скоропостижная смерть которого в Таганроге породила в народе массу слухов (Н. К. Шильдер в составленной им биографии императора приводит мнения, возникшие в течение нескольких недель после смерти Александра). Вот, например, один из слухов: «государь бежал под скрытием в Киев и там будет жить о Христе с душею и станет давать советы, нужные теперешнему государю Николаю Павловичу для лучшего управления государством». Позднее, в 30—40-х годах XIX века, появилась легенда о том, что Александр, измученный угрызениями совести (как соучастник убийства своего отца, императора Павла), инсценировал свою смерть и начал скитальческую, отшельническую жизнь под именем Федора Кузьмича. Сторонники этой версии утверждали, что вместо императора в Петропавловском соборе был погребен другой человек (часто называется фельдъегерь Масков, в семье которого долго сохранялось предание, что их предок похоронен в императорской усыпальнице). Одним из первых, кто описал легенду о сибирском отшельнике, был князь Н. С. Голицын, который опубликовал ее в журнале «Русская старина» за ноябрь 1880 года.