От 1616 года сохранилось известие, что архангелогородцы, идя вдоль Мезенских и Пустозерских берегов, через Вайгачский пролив, в Карское море, дошли до реки Мутной (текущей поперек полуострова Ямал), шли по ней 5 дней до озера и, перетащив из него суда волоком в другое озеро, Зеленое, спустились в речку Зеленую и вошли в Обскую губу, а затем, повернув отсюда в Тазовскую губу, пошли вверх по реке Тазу и прибыли в Мангазею, проложив таким образом морской путь из Архангельска до этого города, — путь, торговля по которому была, однако, из-за фискальных целей запрещена в 1620 году.
В 1619 году Мангазея выгорела, и по одному известию (у Щеглова) город тогда же был перенесен в Туруханское зимовье, но по другим, более достоверным свидетельствам, оставление старой Мангазеи последовало много позже, именно не прежде пожара 1642 года.
По словам Миллера, в одной «летописи о мятежах» значится, что город Мангазея был поставлен по приказу царя Бориса, «а ставил город князь Василий Мосальский Рубец», но это известие не подтверждается другими источниками.
По словам Миллера, «в сибирских летописях упоминается, что еще в 7106 году из Москвы отправлен был для проведывания Мангазейской страны некто Федор Дьяков, который с двумя из Тобольска с ним отправленными целовальниками в тамошних местах был и первый там ясак в государеву казну собрал, с чем он в 7108 году в Москву возвратился».
В «Сибирской истории» Фишера (с. 390) сказано, что «претерпенный в 1642 году Мангазеей пожар способствовал к совершенному потом запустению сего места, которое, кроме того, для непрестанного приращения Туруханска пришло уже в нарочитый упадок. Натуральное положение последнего места было без сомнения гораздо способнее и выгоднее первого. Обыскания и завоевания на восток из Мангазеи не могли чинены быть инако, как через Туруханск; соболи скорее перевелись у Таза, нежели у Енисея, который для впадающих в него с востока рек беспрестанно подавал новые способы к обогащению. Ничто тягостнее не было, как возить съестные припасы из Тобольска Тазским морским заливом, на котором пути пропадали иногда суда с людьми и с товарами, или от самоеди претерпевали несчастье, которые по разграблении судов убивали людей. Напротив того, Туруханск лежал посреди Мангазейского уезда, и туда можно было способно возить всякие нужные потребности из Енисейска. Сия выгода и изобилие в хорошей мягкой рухляди побудили людей переселиться в сие место. В Туруханске по наступлении лета была почти всегда ярманка, понеже тогда казаки с собранным с язычников ясаком, а промышленные со своего промыслу туда приходили. Чего ради воеводы и таможенные надзиратели весною обыкновенно из Мангазеи туда отправлялись для сбору доходов, а осенью назад возвращались; по времени некоторые воеводы препровождали там по целому году, а таможенные надзиратели поступили еще далее и, оставя совсем Мангазею, утвердили свое постоянное жилище в Туруханске, несмотря что сие последнее место называлось токмо зимовьем, а Мангазея, напротив того, и тогда имела еще название города».
Из некоторых свидетельств можно заключить, что оставление Старой Мангазеи последовало еще позже, во второй половине XVII века. Так, в «Кратком показании о воеводах», изданном в 1791 году, сказано, что Мангазея была оставлена лишь в 1662 году, а Г.И. Спасский нашел известие, что она была перенесена на место Туруханского зимовья лишь в 1672 году, по указу царя Алексея Михайловича. Окончательное оставление Старой Мангазеи последовало, по-видимому, лишь в 1677 году, когда в новом городе были построены четыре башни, вооруженные пушками и снабженные каменьями на случай осады, и когда в него был переведен отряд из ста человек стрельцов.
Здесь мы приводим копию части одной карты в Атласе Ремезова. Она ориентирована так, что вверху приходится запад, вправо — север. Видно нижнее течение рек Таз и Енисей, область «юрацкой самоеди немирной» и города: Старая Мангазея — на реке Таз и Новая Мангазея на Енисее, обтекаемая протоком с находящимся на противоположном берегу Енисея монастырем Троицким. Русские надписи местами сопровождаются голландским переводом.
На Сибирском Чертеже Ремезова, 1701 года, показано положение как Старой, так и Новой Мангазеи: Старой — на реке Таз, Новой — на Енисее, причем новый город представлен в два с лишком раза большим против старого и расположенным на дугообразной протоке (шаре) в 1—2 верстах от реки Турухан. Оба города, как Старая, так и Новая Мангазея, показаны также на картах Штраленберга 1730 года, Hasii (Imperii Russici et Tatariae… tabula) 1720, Трускотта (в Архиве Министерства иностранных дел) и других. План Новой Мангазеи находится в бумагах Миллера, в Главном архиве Министерства иностранных дел; что же касается Старой Мангазеи, то некоторое понятие о ее виде и оставлении дают сведения, приведенные в «Сибирской Истории» Миллера (с. 391), и предание, слышанное Третьяковым от одного юрацкого старшины. По сведениям, собранным Миллером, «город был четырехугольный деревянный, внутри которого стояла соборная церковь Живоначальной Троицы. А в посаде, где обывательских домов немалое число было, находились еще две церкви: одна во имя Успения Пресвятой Богородицы, а другая Макария Желтоводско-го Чудотворца. Положение места само собою было безопасно и весело. Мимо города текла немалая речка, называемая Осетровка, а по-самоедски Сулей-Яга, которая выше города в Таз-реку впала. Ниже города в некотором расстоянии была другая речка, по-русски Ратилиха именуемая, а по-самоедски Тирма. От устья вверх по реке на лодках можно было к городу поспевать в 9 дней, а от города вниз вешнею прибылою водою плыли до устья в полтретья или три дни». По преданию, слышанному Третьяковым, в Мангазее было 4 улицы и до 200 домов, три церкви, пороховой и винный подвалы, два хлебных магазина, острог, гостиный двор с 20 лавками и два питейных дома. Хлеб доставлялся в Мангазею из Березовского округа, по рекам Таз и Пур, на небольших палубных лодках. Город был сожжен и ограблен юраками, раздраженными тем, что казаки, усмиряя распрю между двумя юрацкими родами, перебили до 130 человек и захватили в плен несколько юрацких князей. Юраки подкрались будто бы к городу ночью, в июне месяце, подожгли его в нескольких местах и истребили вполне со всеми жителями. Третьяков, однако, не без основания сомневается в полной справедливости этого рассказа, так как «не может быть, чтобы столь важное событие не было занесено в летописи». Ныне, по словам Третьякова, все место, где находился город, заросло березняком и «только в иной яме высунувшийся гнилой конец бревна да находимые человеческие и конские кости свидетельствуют о прошлом».
Мангазея продолжала сохранить свое название до восьмидесятых годов XVIII века, когда оно сменилось окончательно названием Туруханск. Уже в 1766 году Мангазейский уезд (на карте Штраленберга — provincia Mangaseia) был самым скуднонаселенным во всей Сибири: в нем числилось всего 625 душ, тогда как в Тобольском — 17 200, в Тюменском — 9850, даже в Нарымском — 1098. Впоследствии, с постепенным обеднением края, значение его все более и более падало. В 1822 году Туруханск был переименован из окружного в заштатный город (при этом были сожжены все старые дела присутственных мест). С тех пор строения города стали покидаться и разрушаться, народонаселение — уменьшаться, торговая деятельность почти прекратилась. В 1870 году в Туруханске было всего 47 домов, из коих большинство — жалкие лачужки, три бедные церкви и несколько лавок. В 40-х годах в городе насчитывалось 270 жителей обоего пола, в 1874 году— 181, а позднее, по данным в календаре Суворина, их числилось только 119.
Что касается названия «Мангазея», то оно объяснялось различно. В «Сибирской истории» Фишера (с. 206) происхождение этого названия объясняется так: «Понеже при реке Тазе жил самоядский род, Моказее называемый, то новому городу дано имя Мунгазей, которое после еще больше испорчено и переменено в Мангазею». В «Описании Сибирского царства» Миллера (с. 372) предание это передается иначе: «И понеже при реке Таз нашли некоторой род самояди, называемой Мокасе, то сие подало повод к названию тамошней страны по российскому произношению Мангазея. Сия страна наипаче была известна обывателям около рек Двины и Печоры живущим, как русским, так и зырянам, потому что они за соболиным промыслом и для торговли туда часто хаживали». Позже Г Н. Спасский высказал мнение, что «город Мангазея получил свое название от бывшего там, прежде его основания (?), хлебного запасного магазина для обмена на хлеб звериных шкур, от кочующих в тех местах остяков и самоедов». Но тот же Спасский три года спустя признал высказанное им ранее мнение неверным. «Несправедливо думают, писал он на этот раз, что город Мангазея получил имя свое по поводу устроенных хлебных магазинов на самом том месте, где он находился. Кроме новизны этого слова в нашем языке взамен житницы, служат тому опровержением, во-первых, сибирские летописи, в которых упоминается еще в 1597 году о принимаемых мерах для проведания Мангазейской страны до самого Енисея и обложения тамошних инородцев ясаком; во-вторых, в наказе 1601 года воеводам об устроении Мангазейского острога с двумя или тремя при нем житницами для хлеба предписывается: «распрашивати накрепко, сколько в Мангазее и в Енисее городков и волостей… и сколько по Оби и по всем Мангазейским и Енисейским рекам Мангазейские и Енисейские Самоеди живет». Спасский склонился на этот раз к мнению, высказанному Пестовым («Записки о Енисейской губернии». М. 1833, с. 197), что название «Мангазея» произошло от имени жившего здесь самоедского князца Маказея, «вероятно, значительного, если его имя, переделанное в Мангазею русскими поморцами и зырянами, издавна посещавшими тот край, распространилось на всю страну, а может быть, также и имя обитавшего там народа Мокасе, как утверждает Миллер, неизвестно, впрочем, на каком основании».