Великая Сюнийская пýстынь восстановила былые религиозные правила и порядки, нарушенные вследствие неблагоприятных политических условий. Одновременно было внесено новое вредное клерикальное направление, столь чуждое духу армянской церкви, а именно: всякий член братства отрекался от своего «я» и целиком отдавал себя в распоряжение настоятеля: ежедневно, утром и вечером, он обязан был каяться пред игуменом в своих грехах и помыслах; отрекался от всякой собственности, все принадлежало братии и т. д. Не буду рассказывать о формах религиозного культа и подвижничества, о строгости монастырского устава и о невыносимой одежде, посредством которых иноки истязали, изнашивали себя.
За короткое время пýстынь превратилась в мощную организацию, приобрела громадную известность: сюда стали стекаться известные монахи; пустынь стала центром, школой, откуда выходили обученные иноки и, расходясь во все концы нашей страны, основывали новые пустыни на тех же началах и по тому же уставу. Назовем лишь некоторых из них.
Из великой Сюнийской обители вышел иеромонах Погос-чудотворец, который, как новый апостол, обходил страну из края в край со своими учениками, проповедовал учение Христа, убеждал строить храмы, монастыри, обители и всюду утверждал духовные братства.
Еще не успела просохнуть пролитая османами и персами кровь, еще полчища Шах-Абаса находились в Карабахе, в местности Котуклу, как сей рьяный проповедник отправился в лагерь Шах-Абаса, предстал пред ним и, низко кланяясь владыке, выпрашивал разрешения строить монастыри и обители. Шах-Абас отнесся милостиво к его просьбам и велел тут же написать грамоту. Хорошо знал шах слабые стороны армян: не трогай лишь их церквей и монастырей — и они отдадут врагу всё: и свою землю и самих себя. И с царской грамотой Погос стал обходить всю страну: побывал в Персии, где обновил Тавризский храм, оттуда прошел в область Гохтан, чудом открыл давно запертые двери монастыря апостола Фомы и учредил там духовное братство. Затем отправился в Астапат, основал монастырь во имя первомученика Стефана и другие храмы. Его энергия и симпатии, какими он пользовался среди суеверных почитателей, возбудили зависть католикоса Меликсета; последний заявил протест царскому наместнику Амиргуну, пребывавшему в Ереване, и потребовал, чтоб Погосу было запрещено учреждать святые места. После долгих пререканий с трудом удалось обуздать фанатика-чудотворца.
Из великой Сюнийской обители вышел иеромонах Аристакес Баргушатский, основавший пýстынь Тандзапарах.
Из великой Сюнийской обители вышел епископ Давид Шамхорский, основавший в Шамхорском же ущелье пустынь Чарекагет и братство схимников-«бессребреников».
Из великой Сюнийской обители вышел Карапет, епископ Вагаршапатский, основавший монастырь на острове Севан.
Из великой Сюнийской обители вышел Томас, епископ Татевский, и тер Киракос Трапезундский, основавшие пýстынь в Кштахе, в деревне Гочанц.
Из великой Сюнийской обители вышел знаменитый Мовсес, епископ Сюнийский, основавший в городе Ереване пустынь апостола Анании, впоследствии, став католикосом, он реставрировал превращенный в развалины Эчмиадзин.
Из великой Сюнийской обители вышел Филипп, иеромонах Агбакский, избранный после Мовсеса католикосом. Подобно своему предшественнику, он многое реставрировал, построил прекрасную колокольню в Эчмиадзине, восстановил монастыри св. Гаяне и Рипсиме, храм в деревне Ошакан, усыпальницу св. Месропа и церковь пресвятой Богородицы в селе Биджни.
При упомянутом католикосе Мовсесе и, особенно, при Филиппе было построено и восстановлено множество монастырей и церквей. Иеромонах Акоп Джульфинский, избранный католикосом после Филиппа, обновил монастырь во имя Стефана-первомученика в Дарашамбе. Иеромонах Исай Мегрийский (ученик католикоса Мовсеса) восстановил монастырь св. Карапета в Ернджане. Иеромонах Захарий Вагаршапатский (также ученик католикоса Мовсеса) обновил монастырь св. Огана у подножья горы Арагац. Епископ Мкртыч обновил монастырь апостола Фаддея в области Артаз. Епископ Мартирос восстановил монастырь св. Георгия в селе Мугни возле Карби у подножья Арагаца. Иеромонах Воскан Ереванский восстановил монастырь св. Георгия Победоносца в деревне Уши, возле того же Карби у подножья Арагаца. Не говорю о множестве других монастырей, вновь построенных или восстановленных в различных местностях. И все это созидалось во время нашествия или вслед за нашествием Шах-Абаса.