Его ярость обрушивалась на Леонору. Иногда он применял к ней физическое насилие. Теперь, когда она была изолирована в замке Джезуальдо, вдали от своих братьев, которые могли встать на ее защиту, Джезуальдо еще больше стал ее унижать. У него был новый приятель, Кастельвьетро Модена, который грел ему спину в те ночи, когда он не разделял ложе с Аурелией д’Эррико. Леонора стала больной и истеричной и начала страдать эпилептическими припадками. Доктор Джезуальдо поставил ей диагноз: меланхолия, вызванная чрезмерным выделением черной желчи из печени, но на самом деле ее болезнь называлась Карло Джезуальдо. Единственным утешением Леоноры была ее постоянная переписка с братьями, которых все больше тревожило ее благополучие. Алессандро предложил обратиться к папе с просьбой разрешить развод. Но из-за своего сына, маленького Альфонсино, Элеонора отказалась от такого решительного шага.
Затем, в 1600 году, на супружескую чету обрушилась трагедия. Джезуальдо выразил свое горе в письме к брату Леоноры, Чезаре.
Богу было угодно призвать к себе моего дона Альфонсино, после того как он семнадцать дней страдал лихорадкой и кровавым поносом, и невозможно представить себе эти страдания. Однако моя скорбь несколько умеряется, когда я думаю, что, несомненно, он сейчас наслаждается великолепием небес.
К садомазохизму Джезуальдо и ужасу от собственной бисексуальности, которую он не мог в душе отрицать — а согласно доктринам его веры это был ужасный грех, — теперь добавились скорбь по Альфонсино и постоянная тревога о вполне реальной возможности, что прервется мужская линия рода Джезуальдо. Он возлагал все надежды на Эммануэле, своего наследника и сына от Марии д’Авалос, и хотя мальчику было всего тринадцать, начал строить планы, чтобы найти ему подходящую жену.
Воспоминание о ранах Марии и Фабрицио преследовало его; приступы астмы участились. Он изобрел еще один мазохистский ритуал: на виски и другие части тела Карло клали узел из тряпья и били по нему. Это успокаивало Карло.
Эти душевные и физические муки Джезуальдо выразил в мадригалах из книг V и VI с их взволнованным воскрешением в памяти смерти, их душераздирающими экстазами боли и наслаждения, их затрудненным дыханием и тяжелыми вздохами. В своих последних мадригалах бурную радость, ощущение полета и мрачную тему смерти он пропитывал эротизмом. В Resta di darmi noia от живости не осталось и следа — гармонии, исполненные муки. Эта музыка написана на стихи, которые Джезуальдо находил очень трогательными. Этот мадригал перекликается с автобиографической исповедью, проникнутой неотвязными воспоминаниями о Марии д’Авалос и осознанием Джезуальдо того, что, убив ее, он погубил свою жизнь:
Всех домочадцев Джезуальдо затронула трагедия его личной жизни. Эммануэле вырос с раздвоенной душой. Он чувствовал в детстве, что отец его любил, и выполнял свой долг перед ним, послушно усваивая уроки Карло по управлению имением и выполнению других обязанностей принца. Но он знал, что отец убил его мать, и не мог не чувствовать ненависти к нему за это. Наблюдая со стороны, как Карло обращается с Леонорой д’Эсте, он полагал, что и с его матерью отец обращался с такой же жестокостью и презрением. Те, кто мог бы разуверить его в этом, давно исчезли из его жизни. После того как Сильвия дала показания на суде над Карло, она вернулась в Мессину и нашла работу в доме мелкого сицилийского дворянина, за чьего кучера она, в конце концов, вышла замуж. Обезумевшая от горя Лаура пришла в палаццо Диомеде Карафа на следующий день после убийства, и Мадделена приняла ее в дом.
Смерть пятилетнего сына лишила Леонору желания жить. Братья возобновили попытки уговорить ее подать прошение папе о разводе. Чезаре, теперь герцог Модена, зашел так далеко, что даже составил документ. На этот раз Леонора рассмотрела его, но снова отказалась, поставив свою веру выше. Братья настаивали на том, чтобы обуздать Джезуальдо, обратившись к его дяде, архиепископу Неаполя. Леонора упросила их не делать этого. Ее несчастная жизнь с Джезуальдо скрашивалась лишь случайными визитами к братьям в Модену. Когда она бывала в отъезде, Карло жаждал ее возвращения и писал ей умоляющие письма. «Я вернусь домой добровольной мученицей, — написала она в одну из таких отлучек, — чтобы пройти через чистилище в этом мире, дабы наслаждаться раем в следующем». Когда она возвращалась, Карло почти не обращал на нее внимания.