В 1603 году в городке Джезуальдо разгорелся скандал. Аурелия д’Эррико, чувствуя себя неуверенно в роли наложницы и ревнуя к Леоноре, пожелала иметь еще большую сексуальную власть над Карло. Ее единственным средством была магия. Она прибегла к помощи местной ведьмы, Полисандры, и мага-священника Антонио Паулелла. Ритуалы и предметы, которые эта парочка использовали для оживления угасающей страсти принца, были эксцентричными: заклинания, магические формулы, евхаристия, святая вода, распятие, фигурки из воска, ключ, замок и особый препарат. Ключ, замок и распятие вместе с большой буханкой хлеба зарыли под коридором, по которому часто проходил Карло. Другими средствами были две маленькие статуэтки Карло и Аурелии, которые пронзали булавками. Монеты и медальон, содержавший волосы и ногти с ноги покойников, спрятали в ниши в стенах замка. А дух, который вызывал маг Паулелла, был заключен в графин и отдан Аурелии, чтобы она могла знать о мыслях и делах принца. Аурелии дали также кусок хлеба, специально приготовленный Паулеллой и смазанный смесью из ее выделений из влагалища, менструальной крови и спермы Карло. Затем Аурелия дала его за столом Карло.
«С принцессой покончено, — хвасталась Аурелия перед деревней. — Принц будет моим, и только моим ниже талии. То, что выше талии, будет принадлежать принцессе, которой достанутся лишь поцелуи».
Эти слова Аурелии довели до сведения местного епископа, и скоро все открылось. Карло заболел лихорадкой после того, как съел тот кусок хлеба. В течение нескольких дней он был опасно болен, и его состояние ухудшилось от того, что проделки Аурелии стали общеизвестны. Его честь снова была серьезно скомпрометирована. Хотя на этот раз виновен был не он, семье д’Эсте, по-прежнему могущественной, было нанесено страшное оскорбление.
Честь требовала, чтобы Аурелия и Полисандра были приговорены к смерти. Судья должным образом назначил суд, и, если бы ответчики были признаны виновными, их ждала смерть через повешение. Это дело вылилось в яростный конфликт между церковью и государством. Вмешалась инквизиция в Риме: женщин следует передать для пыток местному епископальному суду, судье пригрозили отлучением от церкви, если он будет настаивать на повешении. Он предоставил вынести решение по делу вице-королю Неаполя. В ходе этих осложнений магу-священнику удалось под шумок ускользнуть. Виновными были признаны только две женщины.
На протяжении той осени Карло находился между жизнью и смертью. В конце концов, церковь и государство достигли компромисса. Ответчиц пытали, и они были признаны виновными феодальным судом Джезуальдо, но Карло отказался от мести посредством смертного приговора. Аурелия и Полисандра были подвергнуты пыткам и заточены в подвалах замка Джезуальдо, где и оставались до тех пор, пока не умерли от болезней и страданий.
Спустя два года, в возрасте семнадцати лет, Эммануэле женился на немецкой принцессе, Полиссене фон Фурстенберг. Хотя Карло и рассорился со склочной Полиссеной, он передал сыну управление своими имениями и целиком отдался музыке. С точки зрения семьи Джезуальдо, брак Эммануэле оказался бедствием: в этом браке не родилось ни одного сына, только две дочери.
В 1608 году, через восемнадцать лет после убийства Фабрицио, его жена, Мария Карафа, удалилась в доминиканский монастырь. Она молча страдала все эти годы, позаботившись о том, чтобы ее с Фабрицио сыновья получили высокие посты в церкви, а дочери выгодно вышли замуж. Сестры в монастыре скоро заметили «воспаленное состояние ее души». Ее постоянные вздохи и крики мешали другим обитателям монастыря, поэтому ей отвели личную келью. Наказывая себя с чрезвычайной суровостью, она прожила, терзаясь, еще семь лет, и скончалась в возрасте сорока девяти лет.
Думая о своей смерти, Карло проникался все большим страхом. Он жаждал искупления своей «бесконечной порочности». В 1609 году он заказал картину для алтаря часовни Санта-Мария делле Грацие, Pala per perdona, которая, являясь мольбой о небесном прощении, показывает терзания его души. Вместе со своим другом, художником Джованни Бальдуччи, он работал над выбором персонажей и композицией, и, как многие произведения искусства, созданием которых руководил Карло в течение своей жизни, это было глубоко личным выражением его чувств и самой сущности. Его дядя Карло Борромео — фигура которого была выдвинута в картине на первый план, — в бытность свою архиепископом Милана издал указ о четкости в изображении фигур на картине: ангелы должны быть с крыльями, святые — с нимбом и с конкретными атрибутами, а уж если их трудно было отличить, следовало писать под ними имена во избежание путаницы. Карло следовал этому предписанию: например, Магдалина была изображена с традиционным горшочком с благовониями, а имена всех святых — святого Франциска, святого Доминика и другие — были написаны внизу.