Если Реформация в Швеции была довольно поверхностной и в значительной степени служила целям монарха, формирующего новое государство, в Дании этот процесс был более глубоким и шел при искренней поддержке короля и торгового сословия [Grell 1995; Lausten 2002: 85–123; Asche, Schilding 2003]. Отчасти для того, чтобы ослабить власть крупных феодалов и Церкви, Кристиан II провел ряд экономических реформ в пользу городского торгового сословия, которое оказалось питательной средой для протестантских идей в Дании и во всей Европе. Его преемник, Фредерик I, не занимал четкой позиции по вопросам вероисповедания, тщетно ожидая, что Церковный собор разрешит продолжающиеся споры. Его личные взгляды по-прежнему остаются предметом дискуссий, но он не сделал ничего для того, чтобы замедлить распространение лютеранства. К концу его правления в королевстве фактически существовали две противоборствующие Церкви.
Реформировал Данию, согласно лютеранской доктрине, Кристиан III (1534–1559). В 1521 году, когда юный принц совершал путешествие по землям Священной Римской империи, Кристиан присутствовал при выступлении Лютера на Вормсском рейхстаге, когда тот защищал свое учение. Трудно сказать, было ли это событие или что-то другое причиной того, что король на всю жизнь стал преданным приверженцем лютеранства, но к середине 1520-х годов он ввел новое вероучение в землях, которыми правил как герцог Гольштейнский. Сначала он велел заменить части традиционной литургии подчеркнуто лютеранскими. В 1526–1527 годах он изгнал монахов-доминиканцев, а в начале 1528 года заставил всех священников в своих землях перейти в лютеранство под угрозой лишения сана. Папистская месса была запрещена, богатства Церкви конфискованы, а крестьяне освобождены от уплаты церковной десятины. Территориально его реформы касались лишь его герцогства, но всего за три года Кристиан создал первую Протестантскую церковь, сформированную лично правителем.
После смерти Фредерика I в 1533 году королевством правил консервативный Государственный совет, деятельность которого имела разрушительные последствия. В следующем году корону предложили герцогу Кристиану, и, взойдя на престол под именем Кристиана III, он ввел по всей стране еще более фундаментальные реформы. Ему не удалось добиться приезда самого Лютера, но он пригласил в Данию Иоганна Бугенхагена (1485–1558), профессора Виттенбергского университета и близкого последователя Лютера, который в период с 1537 по 1539 год курировал реструктуризацию государственных институтов. Он посвятил в сан семь новых лютеранских епископов, которые вместе с королем должны были управлять Церковью. Они должны были руководствоваться новым Церковным декретом, разработанным Бугенхагеном. Служители новой Церкви получали образование в Копенгагенском университете, который ввел новые программы, разработанные по образцу Виттенбергского университета. Наконец, и это стало более символичным жестом, Бугенхаген вел церемонию коронации нового короля, из которой были исключены многие прежние сакральные элементы. Все это произошло в августе – сентябре 1537 года. Однако между Кристианом и Бугенхагеном сохранились близкие связи, они поддерживали оживленную личную переписку, в которой теолог нередко высказывал практические соображения по поводу назначения людей на ключевые должности и т. п. [Lausten 2011].