Родители долгое время ходили в храм без Даниила. Через три года случилось так, что малыш сильно заболел. И одна верующая женщина, узнав, что Даниил не крещен, предупредила об ужасной участи для матери, которая не крестила своего ребенка, и страшной трагедии, которая ожидает некрещеного младенца, если он отойдет в мир иной. Эти слова оказались для матери Даниила решающими, и она решилась крестить ребенка. 31 октября 1977 года Даниил удостоился Таинства Святого Крещения в храме Живоначальной Троицы на Воробьевых горах. Священником, миропомазавшим ребенка, был о. Евгений.
Даниил всегда хотел стать священником. Мама Даниила рассказывала о том, что он вместо игр очень любил проповедовать. Даниил с родителями были постоянными прихожанами храма Св. Николая Чудотворца, что в Кузнецкой слободе, ходили также в малый Собор Донского монастыря, храм Ризоположения на Шаболовке. Когда отец служил алтарником в храме Усекновения Главы Иоанна Предтечи в с. Афинеево Московской области, Даниил помогал ему в алтаре и пел на клиросе.
Даниил очень любил слушать жития святых и рисовать. Впрочем, последнее неудивительно, поскольку родители его были художниками. Он рисовал прекрасные страны, где были горы, водопады, у подножия гор — деревни. В деревнях он рисовал много (пять и более) храмов, крестные ходы, в лесах — много зверей. В его картинах постоянно присутствовало небо, полное невероятным сверканием.
Учеба Даниилу давалась легко, он много читал. Школьные годы были отмечены событием, которое потребовало от семилетнего мальчика исповедования веры. Как-то Даниил заболел, и учителя пришли его проведать. Мать впустила неожиданных гостей. И вдруг вместо слов приветствия они стали выражать недовольство, поскольку увидели «домашний иконостас». После этого в школе началось официальное перевоспитание мальчика. Сначала к нему стали применять методы убеждений, какие, по их мнению, должны действовать «отрезвляюще». Даниил мужественно перенес публичный позор, утверждая перед классом: «Да, я хожу в храм, верю в Бога и знаю молитвы». Вот так ему дано было еще в первом классе исповедовать свою веру.
После окончания школы в 1991 году Даниил поступил в Московскую Духовную Семинарию. Во время учебы о. Даниилу было очень тяжело материально. Родители не могли помогать деньгами. К счастью, он нашел способ — стал приходить на помощь неуспевающим студентам. Ему же помогали его энциклопедические знания. Он очень много читал. Ничто не могло оторвать его от богословского познания, которое, как он считал, приводит человека к Богу. Он извлекал из недр библиотеки книги, которые, казалось, невозможно найти. Даниил много занимался переводами. Он был проникнут горячим убеждением, что только Православие содержит спасительную истину. Учась в Семинарии, Даниил нес послушание певца и уставщика смешанного хора Регентской школы.
19 декабря 1994 года Преосвященный Ростислав (Девятов), еп. Магаданский и Чукотский совершил хиротесию Даниила Сысоева во чтеца. В этом же году в сентябре Даниил Сысоев познакомился с Юлией Михайловной Брыкиной. 22 января 1995 года они венчались. Таинство Венчания было совершено в гимназическом храме ап. Иоанна Богослова священником Дионисием Поздняевым. В это время Даниил Сысоев учился в Семинарии, вместе с женой снимал квартиру в Сергиевом Посаде. После выпуска они переехали в Москву. Вскоре у них родилась дочь Иустина.
13 мая 1995 года Даниил был рукоположен Преосвященным Евгением епископом Верейским в священный сан диакона. Диаконское служение он проходил в Храме Успения Пресвятой Богородицы в Гончарах (Болгарское подворье). Там прослужил до января 2001 года, пока не был рукоположен в священники. В этом же году 14 июня Даниил окончил Московскую Духовную Семинарию и поступил на Заочный Сектор Московской Духовной Академии.
Послужной список о. Даниила впечатляет своими масштабами и разносторонностью. Отец Даниил служил в храме ап. Петра и Павла в Ясенево (Москва), был секретарем Миссионерско-просветительского центра «Шестодневъ», сотрудником центра реабилитации жертв тоталитарных культов и псевдорелигиозных движений во имя св. прав. Иоанна Кронштадтского. Будущий иерей — автор книги «Летопись начала» (М., 1999), редактор сборника «Шестоднев против эволюции» (М., 2000) и альманаха «Божественное Откровение и современная наука». Он опубликовал более десятка статей креационной и противосектантской направленности.
С сентября 1995 года о. Даниил преподавал Закон Божий в старших классах Православной Классической Гимназии «Ясенево», а начиная с августа 1996 года, по благословению Святейшего Патриарха, вел миссионерские библейские беседы с людьми, пострадавшими от деятельности сект и оккультистов на Крутицком Патриаршем Подворье. С 1997 года о. Даниил проводил по четвергам регулярные вечерние Библейские беседы (чтение Библии с толкованием) на Крутицком подворье.