24 мая 2000 года за активную педагогическую деятельность о. Даниил Сысоев награжден благодарственной грамотой Отдела религиозного образования и катехизации.
В январе 2001 года Даниил Сысоев рукоположен в сан священника и назначен клириком храма Петра и Павла в Ясеневе, при настоятеле игумене Мелхиседеке (Артюхине). В этом же году родилась его вторая дочь — Дорофея.
Года с 2004 по 2009-й отмечены постоянными поездками и преподавательской деятельностью: о. Даниил преподавал в Перервинской Православной Духовной Семинарии при НиколоПерервинском монастыре сначала литургику, а потом миссиологию, совершил множество поездок (без миссионерской группы) по разным епархиям России и по зарубежным странам (например, в 2007 и 2008 годах две поездки в Македонию).
Отец Даниил приглашался мусульманской стороной на два открытых диспута по темам «Библия или Коран являются откровением Бога?» (декабрь 2006 года) и «Представление о Боге» (февраль 2007 года).
Батюшка регулярно участвовал в различных теле- и радиопередачах.
С 2006 года о. Даниил по четвергам проводил регулярные вечерние Библейские беседы (чтение Библии с толкованием) в храме апостола Фомы на Кантемировской. Читал сначала главу из Ветхого Завета и растолковывал практически каждый стих, опираясь на толкования свт. Ионна Златуостого и других святых отцов. Затем читалась глава или часть главы из Нового Завета, и вновь толкования о. Даниила.
В 2007 году иерей Даниил Сысоев возглавил поездку миссионерской группы по кряшенским селениям Татарстана. Под миссионерской деятельностью отец Даниил подразумевал в первую очередь проповедническое слово о Христе. На каждом Богослужении он обязательно произносил проповедь, говорил Слово на молебне, на панихиде и вообще при всяком случае.
В 2008 году была организована летняя поездка миссионерской группы в Республику Киргизия, в которой о. Даниил принял активное участие: провел несколько бесед как в местных православных приходах, так и с местными жителями, и совершил несколько крещений местных жителей. Часть миссионерской группы совершила поездку в мусульманский регион — в районе города Ош. Уже в 2009 году состоялась новая поездка миссионерской группы в город Заинск — административный центр Заинского района Татарстана. В том же году Даниил Сысоев многократно сообщал о неоднократных угрозах в его адрес за его высказывания об исламе.
Утром о. Даниил служил литургию в храме апостола Фомы на Кантемировской, причастился. Затем крестил младенца и присоединил к Православной Церкви человека, отступившего от православной веры в оккультизм. Через несколько часов о. Даниил начал вести библейские беседы, после которых беседовал допоздна со всеми желающими. Когда в храме почти никого не осталось, пошел исповедовать свое духовное чадо. В это время ворвался убийца, одетый в маску, который стал стрелять и кричать: «Где Сысоев?». Отец Даниил бесстрашно вышел из алтаря ему навстречу и был смертельно ранен. Через несколько часов, не приходя в сознание, о. Даниил скончался. Священнику Даниилу Сысоеву было 35 лет, остались без отца трое дочерей.
Отец Даниил неоднократно говорил о том, что получал угрозы со стороны мусульман. Однако проповедь Христа для него была важнее всего. Он был убит во время исполнения священнического служения, отойдя от исповеди, в епитрахили и с крестом.
В ночь на пятницу 20 ноября 2009 года в осиротевшем храме прошла панихида, на которой присутствовали друзья и родные Даниила Сысоева, миссионерская школа, а также местные жители.
В понедельник Москва простилась с новопреставленным о. Даниилом. Отпевание прошло в храме Петра и Павла в Ясеневе, где служил отец погибшего. Возглавил службу архиепископ Арсений (Епифанов). Проститься со священником пришли сотни православных.
В самом храме собрались около ста священнослужителей из московского духовенства. Все в белых одеждах, с зажженными свечами в руках. Среди белых ряс выделялись лишь родственники погибшего, одетые в траур. По окончании отпевания Патриарх Кирилл совершил у гроба почившего заупокойную литию и сказал Первосвятительское Слово. После трех часов молитв траурная процессия двинулась в сторону Кунцевского кладбища.