По возвращении на родину Марджани предложили занять место имама мечети и преподавателя медресе в Первой махалле (мусульманском приходе) г. Казани. В 1850 г. молодой ученый приступил к исполнению своих обязанностей и занимал обе должности до конца жизни, хотя в 1854 и 1874 гг. его дважды временно отстраняли от службы. Признанием глубоких богословских познаний Марджани стало возложение на него в 1860 г. обязанности контролировать точность текста казанских изданий Священного Корана.
Религиозно-правовые взгляды учёного опирались на чёткое представление об основах и принципах исламского вероучения и Шариата, почерпнутое из трудов ранних мусульманских улемов. В связи с этим Марджани не мог удовлетвориться «застывшими» нормами догматического богословия, сторонники которого отрицали иджтихад — самостоятельное исследование религиозно-правовых вопросов на основе текстов Корана и Сунны. Он считал, что двери иджтихада открыты для каждого учёного, обладающего достаточными знаниями в области шариатских наук. В результате он постоянно подвергался критике и нападкам со стороны сторонников слепого следования традиции, которые не были готовы и не имели желания отвечать на вызовы времени.
Многие книги Марджани представляют собой полемические трактаты, содержащие ответы его оппонентам и разъяснение различных богословских вопросов. Большинство трудов учёного было написано на арабском языке. Особое место среди них занимает многотомный историографический труд «Достаточное о предках и приветствие потомкам», посвящённый биографиям мусульманских деятелей, который автор так и не успел завершить.
Прогрессивные идеи Шигабутдина Марджани дали толчок развитию исламской мысли во всех мусульманских регионах России. Переосмысление традиции открывало широкие перспективы перед мусульманской уммой, однако для достижения видимых результатов было недостаточно усилий лишь нескольких учёных. Должны были пройти годы для того, чтобы новое мировосприятие нашло поддержку у широких слоев мусульманского общества. Видимо, именно поэтому сам Марджани на практике внедрял свои реформаторские идеи с большой осторожностью.
Гатаулла Баязитов — учредитель первой татарской газеты. Видный мусульманский богослов, общественный деятель и просветитель Гатаулла Баязитов (1847–1911) родился в деревне Тюменсу Рязанской губернии в семье преподавателя медресе. Получив начальное образование в медресе своего отца, он поступил в медресе Баймурад в деревне Чутай (недалеко от г. Касимова). Позднее он продолжил религиозное образование в Татарии. Вернувшись в родной уезд, Баязитов некоторое время проработал в медресе Баймурад, а в 1871 г. ему доверили возглавить Второй мусульманский приход в Петербурге.
Переезд в столицу сыграл решающую роль в жизни провинциального имама. Он изучил русский язык, получил возможность общаться со столичной интеллигенцией. Благодаря своим глубоким и разносторонним познаниям, честности и другим достойным качествам он очень скоро завоевал уважение не только мусульман-прихожан, но и государственных чиновников. Позднее он был назначен на должность военного ахунда, состоял переводчиком при Министерстве иностранных дел, преподавал основы ислама и тюркские языки в разных учебных заведениях.
Известность Г. Баязитову принесли его исследования по исламу, опубликованные на русском языке, а впоследствии переведённые на турецкий и французский языки. В изданной в 1883 г. книге «Возражение на речь Эрнеста Ренана (Ислам и наука)» он убедительно доказывал, что ислам не противоречит логике здравого мышления и не боится ответов науки. Дальнейшее развитие эти идеи получили в работе «Отношение ислама к науке и иноверцам» (1887), в которой автор показал, что веротерпимость мусульман — один из основополагающих принципов их религии, а не приспособление к изменившимся условиям жизни.
В 1898 г. вышла его книга «Ислам и прогресс», в которой Г. Баязитов обобщил свои взгляды на место ислама в мировом пространстве. Он ещё раз убедительно показал, что ислам не является чужеродным телом в современной цивилизации и что подлинно исламское мировосприятие пробуждает в верующем интерес к знаниям, науке и стремление двигаться вперед.
Наблюдая большие перемены в общественной жизни России второй половины XIX века, Г. Баязитов стремился использовать их для укрепления позиций мусульманской интеллигенции и расширения просветительской деятельности среди простых мусульман. Осознавая потребность в духовном центре, способном сплотить мусульман столицы, в 1881 г. он обратился к властям за разрешением на строительство мечети. Но лишь через четверть века удалось получить позволение учредить особый комитет уполномоченных лиц по сбору средств на строительство мечети, и этот комитет возглавил Г. Баязитов.