В сентябре 1943 г. состоялась встреча И. В. Сталина с главами Русской православной церкви, в ходе которой были приняты решения, ознаменовавшие новый этап в отношениях государства и религии. На практике это выразилось в смягчении налогового законодательства в отношении зарегистрированных служителей культа, освобождении их от призыва по мобилизации, предоставлении религиозным организациям ограниченных прав юридического лица и других действиях государства.
В 1943 г. в дополнение к действующему Центральному духовному управлению мусульман (с центром в г. Уфе) были образованы ещё три духовных управления мусульман — Северного Кавказа (Буйнакск), Закавказья (Баку) и Средней Азии и Казахстана (Ташкент). Это событие стало частью идеологической кампании, проводившейся советским руководством для воздействия на гражданские, патриотические чувства населения и для его мобилизации в военных условиях. Среди духовных управлений мусульман статус неформального лидера приобрело Среднеазиатское духовное управление, в ведении которого находилось единственное на территории СССР высшее мусульманское учебное заведение — медресе «Мир-Араб» (г. Бухара). Прочие духовные управления рассматривались властями как второстепенные, представляющие периферию «советского ислама».
В мае 1944 г. был учреждён Совет по делам религиозных культов при Совете народных комиссаров. Новый орган был призван осуществлять связь между правительством и религиозными объединениями. В его функции входило своевременное информирование партийных и государственных структур о состоянии и деятельности конфессиональных организаций, составление статистических сводок об уровне религиозной активности населения.
В 1948 г., впервые за 22 года, был созван меджлис Центрального духовного управления мусульман (переименованного на съезде в Духовное управление мусульман Европейской части СССР и Сибири — ДУМЕС). Однако принятые на съезде решения лишь подтвердили ограниченность прав верующих и духовенства в тот период. Из ведения Духовного управления были изъяты такие полномочия, как право организовывать конфессиональные школы и курсы для подготовки служителей культа и составлять метрические книги. В его компетенции оставались функции богословского характера, а также отныне ему предписывалось вести учёт мечетей и молитвенных домов.
Завершение краткосрочной разрешительной политики Советского государства в отношении религии совпало по времени с окончанием послевоенного периода. В 1948 г. Совет по делам религиозных культов разослал своим уполномоченным циркуляр, предписывавший прекратить вынесение положительных решений по ходатайствам о регистрации религиозных общин. В 1949 г. в СССР осталось всего 415 мечетей, в 1952 г. — 351, в 1965 г. — 305.
Ислам в СССР в 1950–1980-х годах. В середине 1950-х годов, в условиях общеполитической оттепели, верующие вправе были рассчитывать на более лояльную политику в отношении религии. Этому способствовал и выход постановления ЦК КПСС от 10 ноября 1954 г. «Об ошибках в проведении научно-атеистической пропаганды среди населения», вызвавший новый наплыв ходатайств о регистрации религиозных обществ.
Но в 1958 г. начался новый массированный натиск на религию. Провозгласив развёрнутое строительство коммунизма, Н. С. Хрущёв поставил задачу «преодоления религии как пережитка капитализма в сознании людей». В этих условиях главным направлением работы стала борьба против незарегистрированных общин и групп верующих, а также служителей культа, поскольку заметного отдаления верующих от мечети и спада активности духовенства, особенно на селе, не наблюдалось.
Для изменения ситуации в 1961 г. в областях и республиках СССР были образованы группы содействия исполкомам районных и городских Советов депутатов трудящихся по соблюдению законодательства о религиозных культах. По результатам единовременного учёта религиозных объединений и духовенства только в центральной части СССР было выявлено более двух тысяч неофициально действовавших мусульманских религиозных объединений, а также более 2500 нелегально работавших мулл (против 395 зарегистрированных).
Сохранению мусульманских традиций на бытовом уровне способствовали правила исполнения мусульманских обрядов, которые можно было отправлять в домах и квартирах. Едва ли не самым важным обстоятельством выживания ислама были традиции, связанные с бракосочетанием и рождением ребенка, похоронные и поминальные обряды, объединявшие мусульманские общества и облегчавшие приобщение молодёжи к исламу на примере старшего поколения.