Таким образом, идея крестового похода с ее религиозной и эмоциональной подоплекой оказалась у Фердинанда и Изабеллы под рукой. Решительное возобновление войны против Гранадского эмирата, как ничто другое, способствовало бы тому, чтобы страна поддержала новых правителей и ассоциировала корону с героическим предприятием, благодаря которому имя Испании прозвучит на весь христианский мир.
Наступление началось в 1482 году с захвата кастильцами Альхамы и продолжилось серией методичных кампаний, призванных отрезать от мавританского эмирата одну часть за другой, пока у него не остался только один город Гранада. Характер войны, которая дала Гонсало де Кордова ценный опыт, использованный впоследствии в его итальянских кампаниях, определялся гористым рельефом местности, плохо приспособленным для кавалерийских операций. Это была преимущественно война осад, в которых решающую роль играли артиллерия и пехота. Пехота состояла частично из наемников и добровольцев, приехавших со всей Европы, частично из национальной королевской милиции, набранной в городах Кастилии и Андалусии. Кастильский солдат уже доказал свою выносливость в условиях сильной жары и холода, что сделало его грозной фигурой на полях сражений Европы и Нового Света, и война с Гранадой с ее внезапными атаками и непрерывными перестрелками хорошо подготовила его к ведению военных действий индивидуального типа, в которых ему вскоре предстояло так блестяще себя проявить.
Однако не меньший вклад в победу над Гранадой, чем постоянные военные усилия Кастилии, внесла дипломатия. Владения Нисридов были охвачены междоусобицами, которые Фердинанд использовал с присущим ему мастерством. Семейство престарелого эмира Гранады Муллы Хасана оказалось расколото изнутри, и в июле 1482 года сыновья Муллы Хасана от первого брака Боабдиль и Юсуф бежали в Кадис, где Боабдиль был провозглашен эмиром. Когда город Гранада стал подчиняться приказаниям из Кадиса, Мулле Хасану и его брату Эль Загалю («храброму») пришлось удалиться в Малагу, и между двумя половинами Гранадского эмирата вспыхнула война. Несмотря на внутренние неурядицы, в 1483 году Эль Загаль одержал большую победу над атаковавшей его христианской экспедицией, а его племянник Боабдиль, подражая своему дяде, вторгся на территорию христиан из своей половины эмирата. Однако Боабдиль был плохим воином, и его поход закончился поражением. 21 апреля в битве под Лусеной он попал в плен.
Пленение Боабдиля графом де Кабра стало поворотной точкой в гранадской кампании. Немедленным следствием этого в самой Гранаде стало воссоединение эмирата под властью Муллы Хасана, который позже был смещен, и трон эмира занял Эль Загаль. Но самый важный результат заключался в установлении тайных сношений между Фердинандом и Боабдилем, в ходе которых Боабдиль в обмен на свою свободу пообещал стать вассалом испанца, заключить перемирие на два года и пойти против своего отца войной, в ходе которой испанцы обещали оказывать ему помощь. На деле Боабдиль оказался колеблющимся и ненадежным союзником, но благодаря тому, что временами ему требовалась помощь Фердинанда против его могущественных родственников, он продолжал поддерживать связь с испанцами, и это позволило Фердинанду укрепить контакты с противниками Муллы Хасана и Эль Загаля в Гранаде.
После того как Боабдиль вернулся к себе, испанцы направили свои атаки на западную половину эмирата, где отец Боабдиля пользовался наибольшей поддержкой. К концу кампании 1485 года, несмотря на все старания Эль Загаля, большая территория на западе эмирата перешла в руки испанцев. Теперь Боабдиль на время примирился со своим дядей, но, когда в 1486 году при падении Лохи его снова схватили, он в очередной раз быстро перешел под покровительство Фердинанда и Изабеллы, чья помощь требовалась ему, чтобы сохранить трон. Пока в Гранаде шла гражданская война между двумя фракциями, испанцы завершили завоевание западной части эмирата и захватили Малагу. Падение Малаги означало, что рано или поздно сама Гранада станет беззащитной, и Боабдиль заявил, что желает сдать ее и сменить свой царский титул на положение кастильского магната и юрисдикцию над Кадисом, Басой и парой других городов, еще сохранявших верность Эль Загалю.