Осужденные священники не появлялись публично на аутодафе, а выслушивали приговоры судов за закрытыми дверями. При этом в колониях священники чувствовали себя свободнее, чем в самой Испании. Здесь считалось грехом соблазнение испанки, но не индианки. Аборигены Мексики не подлежали юрисдикции инквизиции, поскольку считалось, что они недостаточно развиты для настоящего понимания религии. Их делами занимались только епископы. Известен случай Хуана де Салданьи, который произошел в 1583 г. Он пытался соблазнить индианку, когда же она отказала ему, он ее арестовал и подверг порке, угрожая, что будет повторять порку до тех пор, пока она не согласится. Салданья в тридцать три года уже был настоятелем одного из францисканских монастырей. Будучи на этой должности, он продолжал совершать такие же проступки, и во время исповедей соблазнил трех сестер по очереди. Этот человек имел, кроме того, обыкновение хвастаться своими «победами». Друзья предупреждали его, что за это он может предстать перед судом инквизиции, но Салданья отвечал, что его могут наказать разве что десятком ударов кнута или розог и лишением на год поста настоятеля. Инквизиция не могла закрывать глаза на подобную наглость, и виновник все же предстал перед трибуналом. Он тюкаялся в грехах, хотя и перед инквизиторами он был склонен похваляться своими проступками. Салданья признался, что соблазнил во время исповедей семь индианок и несколько испанок. Согласно приговору, он был наказан бичеванием, навсегда лишен права исповедовать, на шесть лет исключен из ордена, на два года осужден на заключение в монастыре и на шесть лет изгнан из Гвадалахары.
Этот случай, конечно, не был единичным. Таких примеров было немало не только в Мексике, но во всех испанских колониях и в самой Испании. И всегда наказания за это были удивительно легкими по сравнению с карами за другие преступления. В 1619 г.; мексиканская инквизиция отправила письмо правительству Испании с сообщением о том, что в их регионе соблазнение прихожанок во время исповедей случается настолько часто, что стало считаться уже чуть ли не обычным делом. Историк Ли считает, что наказания за это становились менее суровыми со временем, и ссылается на дело Франциско Диего де Зарате, францисканца и главы миссии Св. Марии в Рио-Бланка.
Он предстал перед судом инквизиции в 1721 г. по обвинению в соблазнении во время исповеди пятидесяти шести женщин. Все, могкет быть, и оставалось бы тайной, но однажды ему встретилась прихожанка, которая воспротивилась его домогательствам. Тогда Франциско объявил, что, если она не уступит ему, она со всей семьей будет выслана из Рио-Бланка. Женщина рассказала своим друзьям о поведении священника и об его угрозах. Начался скандал, который инквизиция не могла игнорировать. Франциско был арестован и отдан под суд. Рассказывают, будто он даже счел, что список соблазненных, составленный инквизиторами, был неполным, что задело его самолюбие, и он внес свои поправки. Франциско приговорили к бичеванию, навсегда лишили права исповедовать, лишили должности и исключили из ордена. Кроме того, он был приговорен к двухлетнему заточению в монастыре (первый год ему надлежало провести в монастырской тюрьме). На полгода его лишили права участвовать в мессах, и ему было предписано занимать последнее место на клиросе и в трапезной. Возможно, однако, что и такие приговоры не всегда исполнялись, так как еще в 1666 г. несколько приговоров по подобным делам были отменены.
Вильям Рул в «Истории инквизиции» сообщает, что располагает информацией, позволяющей утверждать, что инквизиция в Мексике применяла также казнь, именуемую замуровыванием заживо. (Этого историка сам автор именует наиболее тенденциозным в отношении католиков. См. выше. Пер.) Этот автор рассказывает, что, когда инквизиция уже перестала существовать, часть ее дворца перешла во владение преподобного доктора Батлера, миссионера методистской церкви. Зная, что это за здание, мистер Батлер решил его основательно осмотреть, имея в виду найти что-либо сохранившееся от времен инквизиции. В фундаменте длинной галереи, под каменными плитами, он обнаружил около двухсот скелетов. Тогда он полагал, что эти люди умерли естественной смертью; странным показалось лишь место захоронения.
Затем Батлер сделал новое открытие. Значительная часть главной стены здания была лишена окон и дверей. При ближайшем рассмотрении он обнаружил в стене проломы, за которыми оказались своего рода ниши, в которых человек среднего роста мог бы едва уместиться стоя. Начав разбирать стену, Батлер обнаружил четыре тела — три мужских и одно женское (последнее — в горизонтальном положении). Эти останки были доставлены в городской музей Мехико, где, как писал Рул в 1874 г., «они находятся и теперь». Он предполагает, что эти ниши в стене были сделаны еще при строительстве с целью замуровывания людей. В эти ниши извне не проникали ни свет, ни воздух. На всех четырех жертвах была одинаковая одежда, возможно полагавшаяся осужденным на эту казнь. Один из мужчин в момент начала казни сидел на камне в нише, возможно потому, что не мог стоять из-за тяжелого состояния, наступившего вследствие истязаний. Состояние тел позволяет, продолжает Рул, сделать вывод, что замуровали их за несколько лет до того, как была сделана эта находка. Он считает, что такая форма казни была избрана потому, что в XIX в. власть инквизиции ослабла и публичные сожжения еретиков вызывали все большее неприятие. Замуровывание же осужденных можно было производить тайно.