Однако дружба Прадо и Ульоа прекратилась так же внезапно, как и возникла. Прадо словно вдруг вспомнил, зачем его послали в Перу, и стал рассматривать многочисленные свидетельства против своего бывшего друга. В результате инспектор выдвинул против Ульоа 216 обвинений.
Всплыло и дело о рудниках, когда сам инквизитор, его брат и один из друзей получили концессии на весьма льготных условиях, так как Ульоа запугивал должностных лиц. В свою очередь, инквизитор начал собирать материал на Прадо, обвиняя его в темных финансовых махинациях.
В итоге испанское правительство приказало Прадо немедленно вернуться в Испанию; в отношении Ульоа были признаны 118 из 216 обвинений, он был лишен должности на пять лет и должен был вернуться в Испанию на суд Великого инквизитора.
Прадо отослал в Мадрид проект некоторых реформ, и часть из них были признаны полезными, так что их автору разрешили остаться в Перу; однако прежде получения разрешения он уже отплыл в Испанию согласно прежнему приказу. Ульоа не спешил выполнить приказ вернуться. Однако 4 февраля 1594 г. в Перу прибыл лиценциат Ордоньес-и-Флорес, чтобы занять место инквизитора, и Ульоа отправился в долгое путешествие по стране, по пути выдавая себя по-прежнему за инквизитора и пугая людей.
О его поведении свидетельствует случай с сыном судьи Диего Ванегасом. Когда «инквизитор» жил в Куско в доме некоего де Лойясы, один из слуг в присутствии Ванегаса стал хвастаться, что у них живет Ульоа, самый могущественный человек в Перу. Ванегас заявил, что его и его друзей не интересуют все эти россказни. Тогда Ванегаса арестовали, и Ульоа, вызвав два десятка своих людей, велел убить Ванегаса за непочтительность в отношении инквизиции. Хозяйка, Марианна де Лойяса, стала умолять «инквизитора» пощадить молодого человека. Склонный прислушиваться к просьбам дам, Ульоа решил «помиловать» Ванегаса, заменив казнь пятью сотнями плетей, а затем, по новому ходатайству хозяйки, согласился сократить это число до двухсот.
Покинув Куско, «инквизитор» узнал, что Ванегас. намерен жаловаться на его действия в Мадрид. Тогда Ульоа послал своих людей, чтобы они арестовали несчастного и доставили в тюрьму, где он и провел четыре месяца. Ванегасу удалось бежать в Лиму, где он рассказал обо всем вице-королю и получил разрешение отправиться в Испанию с жалобой.
Сам же Ульоа не собирался в Испанию, где его ожидало наказание, и, сославшись на плохое здоровье, остался в Перу. Он умер в 1597 г. Года через четыре после признания обвинений против него обоснованными.
Хотя Ульоа был, пожалуй, самым скверным из перуанских инквизиторов, его преемники тоже не отличались достоинствами. Это и понятно, учитывая, что каждый из них чувствовал себя королем на этой земле.
Инквизицию в испанских колониях создали с целью предотвращения проникновения туда протестантства, но протестантов там было мало — лишь небольшое количество моряков, попавших в плен или ставших жертвами кораблекрушений. В 1581-м и 1587 гг. были арестованы фламандцы Ян Берналь и Мигель Пилар, протестанты. Оба они были сожжены. И жертвами первого аутодафе в 1573 г. стали также протестанты Джоан Батиста и Матео Салада. Однако с 1587-го по 1625 г. таких случаев больше не было.
Гораздо больше забот инквизиции доставляли иудеи. Многие из них устремлялись в колонии, чтобы сделать себе состояние, а также в надежде избавиться от преследований в Испании. Однако они становились жертвами инквизиции. В 1626 г. началось одно из самых известных дел по обвинению в иудаизме и продолжалось до 1639 г. Дело это касалось хирурга Франциско де Сильвы, выходца из Португалии. Он получил католическое воспитание, так как его отец некогда был пленником инквизиции и получил разрешение примириться с церковью, с условием воспитать всех детей истинными католиками. Когда Франциско было лет восемнадцать, он прочел духовную книгу, написанную бывшим раввином, обратившимся в католицизм под именем Пабло де Санта-Мария (впоследствии он стал епископом). Книга эта была предназначена для того, чтобы помочь иудеям стать католиками, но на Франциско она произвела обратное действие. Он поделился своими сомнениями с отцом, который посоветовал сыну читать Библию, и вместе с тем рассказал ему о законе Моисея.