Ему предъявили двадцать три пункта обвинения, на каждый из которых он давал мгновенные ответы. Он понимал, что его враги изучили всю его прошлую жизнь с того времени, когда он был еще мальчиком, стараясь обнаружить что-нибудь написанное или сказанное, что могло бы содержать ересь.
Прошел еще год, прежде чем дело было решено. Пий IV выразил беспокойство, заявив, что достоинству церкви нанесен удар, поскольку архиепископ Толедский так долго находится в заключении. Он спросил, не собираются ли прекратить дело в Испании и перевести его в Рим.
В разгар спора между Испанией и Римом Пий IV скончался, и в январе 1566 г. на папский престол был избран Пий V.
Пий V был сильной личностью. Сын итальянского крестьянина, он был из тех людей, которые, обладая недюжинными способностями, достигают высших церковных званий, начиная с нуля. Он проявлял огромную энергию в преследовании еретиков, но в то же время сожалел о разрушительных методах инквизиции. Он был обеспокоен тем, что суд над архиепископом Толедским затянулся на столь долгое время, и вскоре после вступления в должность потребовал сместить Вальдеса с поста Великого инквизитора и отправить Каррансу в Рим, чтобы провести там суд под председательством самого папы.
Вальдес, конечно, был взбешен, не только потому, что его врага хотели отправить к папе, но главным образом оттого, что его желали сместить. Он пытался убедить Филиппа стать против папы Пия V, как это было с Пием IV, но этот Пий был сильным человеком. Когда Филипп стал колебаться, папа пригрозил, что отлучит от церкви тех, кто попытается ослабить его авторитет. Филипп уступил. Вальдес был смещен со своего поста, и Каррансу забрали из зловонной комнаты, в которой он просидел семь лет, и отправили под стражей в Картахену.
Архиепископ, который до ареста был здоровым человеком, теперь не мог ходить, и его понесли на носилках.
Когда он добрался до Картахены, то оставался там в течение четырех месяцев, поскольку инквизиция отказалась получить бумаги, касавшиеся дела Каррансы, которые привез папский нунций. Но в конце концов Карранса покинул Картахену и в мае 1567 г. прибыл в Чивитавеккья. Он за несколько дней добрался до Рима, и там его посадили в тюрьму в соборе Сент Ангело.
Находясь в заключении, теперь он нашел, что условия отличаются от прежних. Здесь он мог проделывать упражнения и наслаждаться прекрасным видом из окон. Его здоровье стало понемногу улучшаться.
Но казалось, папа не слишком торопится облегчить судьбу многострадального арестанта, поскольку он решил перевести документы на итальянский язык, — эта задача заняла очень много времени.
Следующее промедление произошло из-за того, что испанская инквизиция отказалась принять бумаги. Затем они были обратно приняты и переведены. Труды Каррансы, которые подлежали обсуждению, были также переведены на итальянский язык. Прошел еще год.
Папа учредил комиссию из семнадцати консультантов, четверо из которых были испанцами, разбиравшими это дело в Испании. Эта комиссия во главе с папой прозаседала неделю.
Новый папа приготовил вердикт, Он признал обвинения Вальдеса недоказанными. Он приказал, чтобы книга, публикация которой явилась началом осложнений, была возвращена Каррансе, чтобы он мог перевести ее на латынь и имел возможность объяснить некоторые отрывки, из-за которых произошли недоразумения.
Пий полагал, что Филипп придет в восхищение от этого вердикта. Он неправильно понял истинные намерения Филиппа. Филипп пришел в холодную ярость. Он счел вердикт оскорблением, поскольку инквизиция была очень рассержена.
К несчастью для Каррансы, Пий V скончался (в мае 1572 г.). Только через несколько недель его посланник прибыл в Испанию с вердиктом, и Филипп вместе с инквизицией увидели в этой смерти руку Господа, которая, как они полагали, карала еретиков.
Враги Каррансы не скрывали радости. Смерть человека, готового скомпрометировать честь испанской инквизиции ради доминиканского монаха, не могла быть большой потерей для Святой церкви. С другой стороны, смерть такого папы была благом для инквизиции.
Следующий папа, Григорий XIII, был не таким смелым человеком, как его предшественник. Он не желал противостоять монарху такого масштаба, как Филипп П. Филипп хотел, чтобы приговор Каррансе был на пользу Испании и инквизиции. Григорий XIII был готов применить для этого свою власть. Поэтому он предпринял действия против епископов и богословов, которые не обнаружили ереси в трудах Каррансы. Им угрожали, что их самих могут обвинить в ереси, если, конечно, они не найдут еретических мыслей в его произведениях.
В наше время частичной свободы слова, когда можно устно и письменно выражать свое мнение, легко осуждать этих людей, но следует помнить, что они знали не только об ужасных подвалах инквизиции, этих мрачных камерах пыток, но и о длительных мучениях архиепископа Каррансы и понимали, что если они не будут подчиняться инквизиции, то их ждет такая же судьба. Одним из таких людей был архиепископ Гранадский, который отличался большим благочестием, и его очень уважали. Но он был старым человеком и не мог спокойно ждать, когда инквизиция подвергнет его страданиям. Он был одним из тех, кто, чтобы спастись самому, отыскал ересь в трудах Каррансы.
В результате если раньше считалось, что в катехизисе Каррансы были подвергнуты осуждению шестьдесят восемь еретических пунктов, то теперь их было двести семьдесят три.
Прошло еще два года, и в апреле 1576 г. состоялось заседание суда в Зале Константина, на котором присутствовали папа, кардиналы, прелаты и советники, где Каррансе был вынесен приговор.
Перед судьями предстал несчастный старый человек, совершенно потерявший надежду после семнадцати лет заключения. Ему было пятьдесят шесть, когда на него обрушилось несчастье, а теперь ему было почти семьдесят три года. Он стоял перед папой с непокрытой головой, одряхлевший, трясущийся.
Папа объявил: Карранса подозревается в совершении некоторых ошибок, и ему предлагается отречься от них.
Он отстраняется от руководства церковью на пять лет, и следует ждать разрешения папы и Святой церкви, чтобы получить потерянные звания.
На это время он должен удалиться в монастырь, расположенный s Орвьето, и не должен покидать его без согласия папы и Святой церкви.
Папа предложил назначить главу Толедской епархии, и все богатства, накопленные со дня ареста архиепископа, передать в пользу церкви.
Тысяча крон из этого обширного богатства перечислялась каждый месяц для поддержания архиепископа.
Он должен был раскаяться.
Было запрещено иметь, читать или печатать его катехизис.
Так закончился суд, длившийся семнадцать лет.
Стража проводила Каррансу в доминиканский монастырь Санта Мария сопра Минерва. Первым актом раскаяния было посещение семи церквей в субботу на пасхальной неделе. Григорий, вынесший приговор, поблагодарил Филиппа и испанскую инквизицию за заботы об исправлении Каррансы. Он предложил Каррансе свои собственные носилки и лошадей, а также передал ему письмо, в котором выражал уважение к нему как к бывшему архиепископу и писал о его будущем. От обоих предложений Карранса отказался с большим достоинством. Он стал совершать искупление ереси, посетил семь церквей. Когда он совершал обход, народ следовал за ним от церкви к церкви и выказывал ему свою симпатию и сострадание. Люди отказывались считать его виновным, что было для него некоторым утешением за многолетние страдания.
Через несколько дней он тяжело заболел, и, услышав о его состояний, Григорий немедленно послал ему прощение и освобождение от дальнейшего покаяния.
Зная, что ему недолго осталось жить, Карранса послал секретаря, чтобы тот передал его торжественное заявление о том, что он никогда не отрекался от истинной веры.
Он скончался 2 мая 1576 г.
Его смерть казалась несколько загадочной, и поэтому было приказано его вскрыть. На его почках и мочевом пузыре были обнаружены небольшие язвы, но не было признаков смерти от яда. Все же его смерть вызывала некоторые подозрения. Может быть, это длинная рука инквизиции лишила его жизни. Его популярность во время посещения семи церквей, возможно, насторожила тех, кто мог почувствовать, что его возвращение в Толедо не столь невозможно.