Большинство из 1105 пропавших затем без вести, в основном женщин и детей, были уведены восставшими в Китай. Многие из них, как лишняя обуза в трудном пути, в условиях рано наступивших снегопадов и морозов, были брошены в горах на погибель или убиты.
Русский консул в Синьцзяне потребовал от даотая (главы провинции) принять меры к освобождению русских пленных, но китайские власти пошли своеобразным путем. Разрешая киргизским беженцам перейти границу, китайские власти в свою очередь требовали, чтобы среди них не было русских. В ответ киргизы снова отделывались от пленных любым способом, вплоть до убийства.
Таким образом, не Боомское ущелье усыпано костями восставших киргизов, как лицемерно утверждалось в 2009 году при открытии памятника жертвам 1916 года, а дорога в Китай усыпана русскими костями на труднопроходимых горных перевалах Тянь—Шаня, покрытых уже в октябре глубоким снегом. Впрочем, киргизскими костями эта дорога тоже была усыпана, но на обратном пути, когда простые беженцы стали не нужны на границе своим манапам и тем более Китаю. Ведь положение 120 тысяч беженцев на границе с Китаем, потерявших при паническом бегстве почти все свое имущество оказалось отчаянным. Фактически, благополучно перейти границы Китая удалось только тем, кто мог заплатить пограничникам богатую мзду. В частности, Шабдановы заплатившие 35 тысяч рублей плюс взятку опием и другие манапы, беспрепятственно перешли границу со своими стадами.
И тогда, большинство, тех кто не чувствовал за собой вины, перессорившись с активными участниками восстания, вынуждены были возвращаться обратно. Обратный путь проходил в ужасных условиях. Пришлось возвращаться в условиях, когда перевалы были полностью закрыты. В пути беглецы потеряли оставшуюся часть скота, который погиб за отсутствием корма. Теперь, ограбленные на чужбине, киргизы умирали в горах и не только от холода, но и от голода. А в это время руководители мятежа безбедно устроились в Китае под покровительством властей.
Таким образом, главари мятежа во время бегства (чон уркун — большой исход), обрекли на массовую гибель не только русских пленных, в основном женщин и детей, но и свой народ. Однако, такая трактовка событий не выгодна нынешним авантюристам в Киргизии, поскольку тогда весь национал — шовинистический сыр — бор теряет смысл.
Царское правительство пыталось преследовать восставших в Китае. В Синьцзян посылается отряд во главе с Бычковым, чтобы выловить руководителей и активистов восстания. Но особых результатов достигнуто не было. Главные руководители восстания откупились от китайских властей, и оно их не выдало. Удалось вернуть всего 65 русских пленных и арестовать 12 восставших.
Подавление царским правительством мятежа 1916 года, спровоцированного в глубоком тылу российской империи недальновидной и властолюбивой киргизской элитой, не было направлено против киргизов как этнической группы, как это утверждают национал — шовинисты сегодня. Оно было направлено на спасение мирных русских жителей и против главарей и активных участников мятежа.
При этом, киргизские беспорядки, как уже было сказано, в основном ограничились Чуйской долиной и Прииссыккульем. Большинство остального населения оставалось лояльным и беспрекословно выполняло все требования администрации: выделяло лошадей, юрты и продовольствие для нужд армии.
В конце 1917 года член Туркестанского комитета Временного правительства О. А. Шкапский занимался урегулированием отношений русского, киргизского и дунганского населения в Пишпекском и Пржевальском уездах. По поручению Временного правительства он передал председателю Киргизского комитета Джайнакову 100 тысяч рублей для помощи голодающим беженцам–киргизам.
К 1 ноября был закончен предварительный подсчет количества жертв восстания по Туркестанскому краю: воинских чинов было убито 97, раненых 86, пропавших без вести 76, кроме того, убито 2 чиновника администрации, и 12 чиновников разных ведомств. Среди мирного русского населения убито 2325 человек, пропавших без вести 1384 человека, а раненых и изувеченных было столько, что их ни кто не считал. Большая часть жертв пришлась на Пржевальский уезд — погибло 2179 человек и 1300 пропали без вести. По приблизительным подсчетам, восставшие сожгли и разрушили более 2600 дворов, число пострадавших семей составило около 8000.