С раннего возраста он погружен в гущу народной религиозной жизни с ее напряженным исканием правды и воспринимает видимый мир, как преддверие Царства Божия. В окружающем он всегда видит отражение высшего замысла Творца, пусть часто и искажаемого человеческими страстями и борениями. Молитва для него — органичный и важнейший элемент познания. Переживания его всегда глубоки и серьезны, заповеди Христа он воспринимает как откровение о единственно возможных путях прохождения через лабиринты земного мира. Он плакал во время проповедей и тут же резко обличал неправду, к которой был особенно непримирим.
Он много читал, стараясь быть в курсе актуальных проблем, будораживших церковную и светскую общественность. Его волновали личности Льва Толстого, священника Иоанна кронштадтского и Оригена, ставшего в начале XX столетия популярным в интеллектуальных кругах. Представителей народного православия всегда привлекали известные современники, производившие на них впечатление своим моральным обликом, учением или жесткой критикой господствующего в обществе положения вещей.
Иеромонах Спиридон, несмотря на огромный круг своего общения (простонародье, инородцы, инославные, каторжники, военные, собратья по духовному сословию) долго долго был духовно и интеллектуально одинок. Очень многое он понимал как бы на ощупь, интуитивно, порой путаясь в интеллектуальных формулах при оценках того или иного явления. Чуткий к фальши и несправедливости, он 20 июля 1914 года, после оглашении высочайшего Манифеста о вступлении России в войну, сказал в проповеди: «Пока христиане будут вести войны, до тех пор они… не вправе называть себя христианами». И при этом общее мнение среды, патриотические лозунги, ссылки церковного начальства на примеры из жизни святых (известное благословение святым Сергием Радонежским монахов-воинов Пересвета и Ослябя) заставили его попроситься на фронт.
После попадания под бомбы, сброшенные из немецкого аэроплана с крестом, в лесном уединении Спиридон внутренне осознал, что война, в которую Россия попала, как в капкан, есть погибель. Прежде всего, погибель для человека, которого та растаптывает в прах, унижая в нем образ Божий: война есть пагуба и для всего христианства. когда-то юношей он пошел на служение в церковную миссию, считая, что таким образом откликается на призывы Евангелия к преображению себя и мира. Но оказалось, что пастыри Христовы переиначили Его заповеди, подчинив их интересам государства (а затем и собственным частным интересам, часто материального порядка).
Причину подобного положения вещей он находил (и здесь не обошлось без книжных знаний, приобретенных самоучкой) в симфонии между империей и Церковью, которая еще при римском императоре Константине Великом (272–337 гг.) превратила религию в удобный инструмент для манипулирования людьми. В результате христианство оказалось в порабощении у синедриона новых фарисеев, то есть христианского духовенства. Так увиделось архимандриту Спиридону, и он испытывал от этого отчаяние, так как понимал, что сам долгие годы служил лишь интересам своего сословия и кесаря. Он так же, как и его собратья, низводил евангельское учение «на степень государственной политической жизни с ее враждебными интересами против моего возлюбленного Христа». Позже отец Спиридон определил себя как «христианского анархиста», а «государственных христиан» (так называл он тех прихожан, кто посещал храмы в силу традиции или из-за боязни перед властью) считал орудиями фарисеев и лицемеров. Несколько лет спустя он писал (далее курсив мой. — П.П.): «Пастыри Христовы не должны знать абсолютно никакой государственной власти и тем более жертвовать ей своих христиан, в качестве солдат; ибо Христос никакому царю, никаким земным властям не вручал Своих христиан… Пастыри Христовы должны быть абсолютно нищелюбивы и бескорыстны. Они, как таковые, ни в каком случае не должны продавать свое священническое пастырское служение и из религии Христа делать монетный двор».
С такими чувствами архимандрит приступил к написанию собственной «Исповеди». Будучи человеком действия, он намеревался отослать ее членам Синода, чтобы объяснить им на своем примере, в какой духовной опасности находятся и они, и все другие члены Церкви, которые, забыв о любви, заповеданной Христом, угождают лишь законам этого мира и земного государства.
О его намерении становится известно церковному начальству, начинаются неприятности. В начале 1916 года в руки любознательного отца Спиридона попадает номер журнала «Христианская мысль», только начавшего выходить в Киеве силами энтузиастов: церковных, но при этом независимых, писателей, не подчиненных «Ведомству церковного исповедания». Имя редактора, В. И. Экземплярского, ему уже было знакомо по его богословским книгам и публицистическим статьям.