В апреле 1503 года Александр разрешил евреям вернуться в Великое княжество Литовское, возвратив им отчужденное имущество.
В лице великого князя и короля Жигимонта I Старого (1506-1548) белорусские евреи нашли деятельного защитника. Он укрепил правовое положение белорусского еврейства законодательными актами: освободил их от обязанности выставлять на войну тысячу всадников, уравнял в податном отношении с мещанами, предоставил свободу торговли и ремесла и защитил от произвола воевод и старост, судивших евреев, «яка сами хотят».
Нуждаясь в деньгах для войны с Москвой, Жигимонт задумал в фискальных интересах централизовать власть над евреями и в 1514 году назначил генеральным старшиной всех евреев Великого княжества Литовского таможенного откупщика Михеля Езефовича.
В первой четверти XVI века наиболее цветущие еврейские общины были в Бресте, Гродно и Пинске.
В 1551 году белорусские евреи получили право избрания раввинов. Интересно, что раввин Бреста Мендель Франк титуловался «королевским чиновником», а еврей Шлоймо Израилович был назначен депутатом при Виленском воеводстве. Наиболее знатные евреи в официальных документах обычно титуловались «панами». Подобно шляхтичам, они носили при себе сабли и в случае необходимости всегда готовы были действовать ими.
В то же время Статут 1529 года запрещал евреям иметь невольников, а Статут 1566 года определял одежду, которую обязаны носить евреи. В частности, они не должны были носить дорогие платья с золотыми цепями. «Пусть носят они желтые шляпы или шапки, а жены их - повойники из желтого полотна, чтобы всякий мог отличить еврея от христианина».
В период с 1569 по 1667 год возникли новые еврейские поселения: Пуховичи, Малеч, Могильно, Слуцк, Смоляны, Брагин, Высоко-Литовск, Копыль, Коссово, Лида, Несвиж, Раков, Радунь, Ружаны, Селец, Словатичи, Сморгонь, Тимковичи, Туров, Гомель, Горки, Копысь, Койданово, Логишин, Любеч, Мозырь, Ошмяны, Речица, Старо-Быхов, Чериков, Узда, Чаусы, Чечерск, Шилов, Зельва.
Высшим органом еврейского самоуправления являлись Ваады – съезды раввинов и кагальных представителей. Ваад коронных, или польских, евреев существовал с 1580 по 1764 год, еврейские общины Белоруссии объединялись в составе т. н. «Литовского Ваада», сотрудничавшего с существовавшим в Польше Ваадом Четырех Земель. В 1623 году в Брест-Литовске собрался первый Ваад белорусских и литовских общин, маршалком (председателем) которого до самой своей смерти состоял брестский раввин Меир Валь, сын легендарного польского «короля» Шауля (Саула) Валя.
В 1654 году началась война между Москвой и Речью Посполитой, принесшая белорусским евреям неисчислимые бедствия. Их снова грабили, убивали и изгоняли из городов, завоеванных русской армией. В 1648 году на Украине началось восстание казаков под командованием Зиновия-Богдана Хмельницкого. Десятки цветущих еврейских общин на Украине были разгромлены, тысячи беженцев хлынули в белорусские и литовские местечки. Однако вскоре восстание охватило часть Белоруссии и Литвы. От рук казаков погибло более 2 тыс. евреев Гомеля. «Огнем и мечом» казаки разорили пинскую еврейскую общину и весь Пинский округ.
В XVII в. белорусские евреи пострадали от погромов Богдана Хмельницкого и вторгшихся в 1655 г. русских войск. В ходе восстания Богдана Хмельницкого и последовавших за ним русско-польской и польско-шведской войн погибло около 86 тысяч евреев.
В результате разделов Польши в 1772, 1793 и 1795 гг. территория Белоруссии вместе с проживавшими там евреями отошла к Российской Империи.
После первого раздела Речи Посполитой в составе России оказалось около 55 тыс. белорусских евреев. Сенатским указом 1775 года было узаконено существование кагалов. По представлению генерал-губернатора Чернышева, евреи в Белоруссии были выделены в особую податную и сословную единицу. С 1780 года евреи получили право записываться в купечество и участвовать в сословно-городском самоуправлении.
Вскоре все евреи Белоруссии попали в «черту оседлости». По специальному указу Екатерины II, c 1791 года еврейское население удерживалось в границах его расселения. В 1794 году узаконена расширенная «черта оседлости». Евреям разрешалось «отправлять купеческие и мещанские промыслы» в губерниях: Минской, Изяславской (впоследствии Волынской), Брацлавской (Подольской), Полоцкой (Витебской), Могилевской, Киевской, Черниговской, Новгород-Северской, Екатеринославской и области Таврической. Днепр по двум его берегам сделали центральной рекой «еврейской территории».
Примерно в это же время в некоторых частях страны распространяется хасидизм.
Хотя евреев в то время еще не брали на действительную военную службу, немалое число белорусских евреев приняло активное участие в Отечественной войне 1812 года на стороне русской армии. Они были искусными разведчиками и умелыми снабженцами.
11 апреля 1823 года последовал высочайший указ, чтобы в белорусских губерниях, евреи прекратили винные промыслы и содержание аренд и почт, а к 1825 году переселились в города и местечки.
Первая для детей российских евреев школа 1-го разряда (низшая) была учреждена в 1847 году в Минске.
Согласно переписи 1897 г., в Беларуси проживало более 900 тысяч евреев – 21,1% еврейского населения черты оседлости Российской империи. При этом они являлись второй по значимости - после титульной этнической - группой на белорусских землях, опережая по количественным показателям и удельному весу даже традиционно многочисленную польскую диаспору.
В 1897 году в Витебске жило 34 440 евреев (52% населения города), в Бресте – 30 260 (65%), в Гродно – 22 684 (48%), в Минске – 47 652 (52%), в Пинске – 21 065 (74%), в Слуцке – 10 264 (77%), в Могилеве – 21 547 евреев (50%), в Гомеле – 20 385 (55%).
Представители различных еврейских социалистических групп в октябре 1897 года собрались в Вильно и основали «Всеобщий еврейский рабочий союз в Литве, Польше и России» (сокращенно на идиш - Бунд).
Первый (Минский) съезд РСДРП или колыбель большевизма.
1 марта 1898 года в Минске собрался первый учредительный съезд РСДРП (Российская социал-демократическая партия), который должен был объединить многочисленные социал-демократические группы в единую партию. В нём участвовали 9 делегатов: от «Союза за освобождение рабочего класса» 4 человека — Степан Радченко, Александр Ванновский, Павел Тучапский и Казимир Петрусевич, 3 человека от «Бунда» — Шмуэл Кац, А. Кремер и А. Мутник, и 2 человека от «Киевской Газеты» — Б. Эйдельман и Н. Вигдорчик. Съездом был принят «Манифест Российской социал-демократической рабочей партии», написанный Петром Струве. Однако вскоре практически все делегаты съезда во главе с избранным Центральным Комитетом (А. Кремер, С. Радченко и Б. Эйдельман) были арестованы полицией, и он не смог реально объединить разрозненные группы в партию.