Победа при Гангуте показала превосходство русского военно-морского искусства и имела огромное военно-политическое значение. Инициатива боевых действий на Балтике полностью перешла к русскому флоту.
Вскоре после виктории, одержанной при Гангуте, российский император принял решение сконцентрировать подготовку морских офицеров и корабельных специалистов в новой столице – Санкт-Петербурге, у моря, где тогда располагалась основная военная база русского флота.
В конце 1714 – начале 1715 года последовали указы Петра I об учреждении в столице «на Адмиралтейском острову» Морской академии. Одновременно император утвердил официальные циркуляры, регламентирующие ее деятельность.
Для того времени это являлось серьезным нововведением для россиян. В начале Северной войны в Школе математических и навигацких наук давали лишь более или менее специальные знания, причем в очень сжатом виде, с тем чтобы уложиться в темп развития регулярного отечественного флота и хода боевых действий. Обстоятельства тогда требовали оперативной подготовки морских офицеров. При этом упор в основном делался на изучение сугубо прикладных наук, в то время как гуманитарным предметам практически не уделялось должного внимания.
Теперь же, в дни великих побед русского оружия, в преддверии победоносного завершения затянувшейся изнурительной Северной войны, царя Петра не устраивали вчерашние специалисты. В государственных интересах требовался иной уровень их подготовки. В 1714 году стало очевидным, что система военно-морского образования в стране нуждается в коренном усовершенствовании. Подробно изучив опыт работы военно-морских кадетских корпусов Франции, Англии и Дании, Петр I разработал детальный проект основания в столице военно-морского учебного заведения нового типа, которое, однако, по своей сути и задачам не являлось автоматическим повторением зарубежной практики. Прежде всего, император учел, во всех деталях, значительный опыт работы Навигацкой школы, специфические особенности и различия в динамике развития общества в России и в интересующих его приморских европейских государствах.
В завершающем периоде русско-шведской войны обстановка в Петербурге нормализовалась, и примерно с 1715 года в город начинают переводиться все военные училища. Столица быстро становится центром светского просвещения, подготовки моряков, артиллеристов, инженеров, архитекторов, медиков, учителей и служащих.
Заложенное в Санкт-Петербурге в 1704 году Адмиралтейство быстро разрасталось. Вокруг него строились управленческие конторы, мастерские, амбары и склады. Здесь же селились мастеровые и разночинный люд, причастный к морскому делу. На набережной Невы, неподалеку от Адмиралтейства и Главного штаба, возводились дома для крупных морских начальников: «великого адмиралтейца» генерал-адмирала графа Ф.М. Апраксина, адмирала К.И. Крюйса, соратника Петра I – кораблестроителя и видного политического деятеля А.В. Кикина и др.
Служебные строения и жилые дома Морского ведомства занимали в то время довольно значительную территорию, ограниченную Невой и Фонтанкой. В первой половине XVIII века район Петербурга, принадлежавший Морскому приказу, назывался Адмиралтейским островом.
Мысль об организации в новой столице Морской академии не могла не возникнуть как у царя, так и у его ближайших соратников, участвовавших в строительстве и укреплении отечественного регулярного флота. Недосягаемость Петербурга для шведов после Гангутской победы давала полную возможность реализовать эту важную государственную идею.
26 мая 1714 года царь Петр, находясь в плавании на корабле «Екатерина», лично написал капитан-поручику Григорию Григорьевичу Скорнякову-Писареву: «Господин капитан-поручик! Понеже господин адмирал граф Апраксин писал, дабы выслали в Питербург с Москвы из Навигацкой школы учеников, которые выучили геометрию, 20 человек, и когда оные в Питербург приедут, тогда прими и учи артиллерии, а заранее о том донеси князю Александру Даниловичу Меншикову, дабы он велел к приезду их сделать в Питербурге в удобном месте избы, где их учить». Распоряжение царя является официальным документом, свидетельствующим о переводе части воспитанников московской Школы математических и навигацких наук в новую столицу.
В 1715 году император собственноручно утвердил подробную «Инструкцию к Уставу Морской академии в Санкт-Петербурге», в деталях регламентировавший строгий распорядок учебы и жизни воспитанников на новом месте. «Низшее» Навигацкое училище еще некоторое время продолжало пребывать в Москве, а в новой столице торжественно открыли Морскую академию – военно-учебное заведение совершенно иного типа.