Академия была рассчитана на 300 учащихся из числа представителей привилегированных сословий. 20 декабря 1715 года император издал указ, предписывавший: «Которые есть в России знатных особ дети, тех всех от 10 лет и выше выслать в школу Санкт-Петербургскую, а в чужие края не посылать, и чтоб оные недоросли высланы были нынешнею зимою». «Школою Петербургскою», упомянутой в царском указе, являлась недавно открытая в новой столице Морская академия.
Разработанные и утвержденные царем проект и инструкция военно-морского учебного заведения, как уже упоминалось, во многом учитывали опыт работы французских морских кадетских училищ Марселя, Тулона и Бреста. Петру I учебные программы этих морских училищ понравились, прежде всего, за разумное сочетание в них утилитарных прикладных специальных наук с гуманитарными дисциплинами. Именно подобная система подготовки морских офицеров импонировала императору, и, естественно, ее принципы фигурировали в основе учебного процесса в классах Морской академии. Впервые система отечественного военно-морского образования предусматривала специальную программу подготовки офицеров флота и одновременно закладывала основы приобщения молодых людей к истокам национальной и мировой культуры.
Теперь кроме военного обязательного раздела, предусмотренного Адмиралтейским регламентом (изучение навигации, артиллерии, фортификации и пр.), учебная программа содержала общеобразовательные предметы. В Морской академии курсантам на выбор предлагалось изучить в совершенстве один из семи иностранных языков: английский, французский, немецкий, шведский, датский, итальянский или латинский. В новом морском учебном заведении в обязательном порядке преподавались также политика, геральдика, генеалогия, история, литература, юриспруденция, гражданские законы и архитектура. Особую группу учебных предметов в академии представляли «шляхетные искусства»: фехтование, верховая езда, танцы.
Создание в Петербурге Морской академии знаменовало собой существенный уровень европеизации отечественной специальной системы образования. Однако справедливости ради заметим, что пройдет еще немало лет, прежде чем военно-морское учебное заведение действительно станет очагом культурной жизни столицы и российского общества.
По сравнению с прошлыми годами комплектование академии прошло довольно быстро, «без особых принуждений» со стороны царя. Чиновник польского посольства и автор «Краткого описания Петербурга» X. В. Вебер утверждал, «что во всем пространстве Российского Государства не было ни одной знатной фамилии, которая бы не представляла в Морской академии сына или ближайшего родственника».
Размещалась Морская академия в непосредственной близости от Адмиралтейства, в доме бывшего единомышленника Петра I, кораблестроителя и государственного деятеля А.В. Кикина, необоснованно арестованного по делу царевича Алексея и казненного.
Здание находилось «на набережной линии» Невы, на месте нынешнего Зимнего дворца, на углу, обращенном к Адмиралтейству и Главному штабу. Дом был, по-видимому, небольшой (описания его не сохранилось), так что к нему пришлось срочно пристроить несколько мазанок. Неподалеку от него располагались хоромы командующего российским флотом, генерал-адмирала Ф.М. Апраксина.
Набережная Невы на участке от Адмиралтейства до «почтового дома» (впоследствии на его месте возвели Мраморный дворец) в то время усиленно укреплялась. В болотистую почву забивали бесконечное число свай, закидывали фашинник, землю, щебень. Участок обсаживали вывезенными из Гамбурга липами. Против Адмиралтейства специально отгородили часть заливного луга для выпаса коров и овец адмиралов Апраксина и Крюйса.
На первых порах работы Морской академии ощущалась едва ли не полная неподготовленность ее к началу занятий. В первую очередь существовали многочисленные проблемы с обживанием неприспособленного для учебных целей дома Кикина. Строение нуждалось в капитальной перепланировке и ремонте. Для этого требовалось не только время, но и значительные финансовые средства, постоянно отсутствовавшие у дирекции академии.
Не менее важной проблемой в тот период являлся недостаток необходимого числа опытных преподавателей для проведения полноценных занятий в объеме высочайше утвержденной учебной программы.
Из Москвы в Морскую академию перевели профессоров А.Д. Фархварсона и Стефана Гвина. Им на первых порах приходилось вести занятия по нескольким учебным дисциплинам. Правда, вскоре в помощь профессорам – англичанам из Школы математических и навигацких наук срочно откомандировали 8 навигаторов, успешно окончивших полный курс обучения в Москве. Позже по распоряжению Адмиралтейств-коллегии профессор Фархварсон подготовил из пяти бывших выпускников Навигацкой школы преподавателей навигации и астрономии, занявших соответствующие вакантные места в новом учебном заведении.