Педагоги-профессора, являвшиеся по своему положению руководителями отдельных предметных курсов Морской академии, стали официально именоваться «мастерами», а их помощники – выпускники Навигацкой школы – «подмастерьями». Следует особо отметить, что преподавателей, желавших занять вакансии в штате Морской академии, в начале XVIII века недоставало главным образом из-за довольно низкого жалованья и проблем с жильем. Тогда при приеме на работу преподавателей в Академию конкурсы или аттестации не устраивались. Обычно принимали всех, кто хотел работать. Неудивительно, что в первые годы существования Морской академии в Петербурге уровень подготовки воспитанников был не очень высоким.
Артиллерии в академии обучал капитан-поручик лейб-гвардии Преображенского полка Г.Г. Скорняков-Писарев, ас 1719 года этот предмет стал вести бомбардир-сержант Иван Невский, получавший за свой труд, кроме полковой дачи, 2 рубля в месяц. Искусство фехтования воспитанникам преподавал иностранец Гейман, чье жалованье составляло 550 рублей в год (более чем в 20 раз по сравнению с русским коллегой-бомбардиром).
Для обучения учащихся Морской академии «фронту» со дня основания учебного заведения к нему специально прикомандировали гвардии поручика Бестужева, гвардии прапорщика Ковтырева и двух сержантов лейб-гвардии Семеновского полка.
Изучение «корабельной архитектуры» для воспитанников организовали непосредственно в Адмиралтействе – на его стапелях, где строились сказочно красивые корабли того времени, с четкими, изящными линиями корпуса, множеством парусов, с богато украшенной резьбой кормой и декоративным ростром. Каждый чудо-красавец здесь же вооружался пушками различных калибров и конструкций. В классах размещенной в Адмиралтействе школы учащиеся приветствовали Филиппа Петровича Пальчикова – первого отечественного кораблестроителя, получившего в России законченное инженерное образование и по окончании Морской академии назначенного императором руководителем «модель-каморой», в которой хранились модели, чертежи и описания построенных судов. Но «модель-камора» являлась не только своеобразным хранилищем (архивом), но и местом, где создавались проекты и чертежи будущих военных судов. По существу, здесь тогда находилось первое отечественное конструкторское бюро судостроительной промышленности.
Петр I, принимавший экзамен у выпускника Морской академии, высоко оценил талант и знания Ф.П. Пальчикова и поручил ему готовить в Адмиралтействе стапели для закладки военных кораблей. Кроме того, император возложил на него все работы по ремонту судов Балтийского флота. Талантливый кораблестроитель разработал оригинальные методы ремонта судов в зимнее время, что позволило проводить работы круглогодично.
Личный состав Морской академии обязательно присутствовал в Адмиралтействе на торжественном построении по случаю спуска на воду каждого военного корабля. Строй воспитанников Морской академии располагался рядом с построениями Преображенского и Семеновского гвардейских полков. На Неве обычно выстраивались корабли Балтийского флота, расцвеченные флагами. На флагштоке Адмиралтейства в этот день поднимали три флага: государственный, адмиралтейский и императорский штандарт. Корабль торжественно сходил на воду под орудийный салют и ружейные залпы почетного караула. По принятому обычаю Петр I лично вручал строителю корабля на серебряном блюде по три «царских» рубля за каждую пушку, установленную на спускаемом военном судне.
Администрации и официальным государственным попечителям Морской академии не удалось сразу полностью укомплектовать ее «знатных особ детьми». Официальные сведения, относящиеся к работе учебного заведения за 1717 год, свидетельствуют, что некоторые его ученики были «наги и босы», «кормились вольною работой», а иногда даже «побирались, волочась между дворами». Безусловно, эта категория воспитанников академии не принадлежала к ученикам из богатых и знатных семей. Выпускник Навигацкой школы, а впоследствии обер-секретарь Сената Иван Кириллович Кириллов в своем трактате «Цветущее состояние Всероссийского государства…» приводит интересные официальные данные о социальном составе воспитанников Морской академии за 1727 год. Оказывается, в то время в ней еще продолжали числиться не только воспитанники «из шляхетства», но и из разночинцев. В столичном военно-морском учебном заведении тогда существовало несколько подразделений: арифметическое, геометрическое, меркаторское, астрономическое и геодезическое. Арифметике в 1727 году «обучалось 20 детей шляхетства и 17 разночинцев»; геометрии и тригонометрии – «39 шляхтичей»; плоской навигации – «55 знатных особ детей и 28 разночинцев»; астрономии – «4 шляхетных воспитанника»; геодезии – «24 шляхтича и 7 разночинцев» и т. д. Таким образом, общее число «шляхетных воспитанников» уже в первые годы существования Морской академии значительно превышало численность учеников-разночинцев.