Петр I верил, что Морская академия станет идеальной школой подготовки отечественных морских офицеров новой формации. Особенно часто царь посещал именно это военно-учебное заведение, находившееся неподалеку от Адмиралтейства, где ему нередко приходилось бывать.
На Адмиралтейском дворе продолжались еще строительные работы: возводили валы, прокладывали каналы, заменяли деревянные сооружения на каменные и переделывали «шпиц». С помощью Ивана Шпака, Ивана Сухого и других русских мастеровых голландский мастер Герман Ван Болес возвел башню, украшенную деревянными колоннами с резными капителями. Шпиль обили железом и на самом верху, на «яблоке», укрепили кораблик с парусами.
Слесарь Герасим Иванов и капрал Пимен Куликов установили на башне Адмиралтейства часы.
Француз Обри де ла Мотре, посетив в 1726 году Адмиралтейство, писал: «Это большой корпус или комплекс великолепных и регулярных зданий… В нем есть большой и хорошо вымощенный двор. Этот двор окружен рвами, очень глубокими и полными воды, а также прочным валом и защищен добрым бруствером. Все Адмиралтейство тоже окружено таким валом и рвом, и пройти в него можно только по подъемным мостам. В упомянутом дворе имеются два деревянных склада для хранения древесины, якорей и всего прочего, относящегося к строительству и оснащению кораблей; рядом расположен арсенал для оружия».
В здании Адмиралтейства проходили заседания Адмиралтейств-коллегии, ее президентом в те годы был сподвижник императора Федор Матвеевич Апраксин. Генерал-адмирал, государственный деятель, он стал первым, кто организовал и возглавил морскую Коллегию, решавшую ответственные и важные вопросы. На заседаниях Адмиралтейств-коллегии и в ее канцелярии Петр I появлялся обычно по утрам. Просматривал бумаги, отдавал распоряжения, выслушивал рапорты и проекты высочайших указов.
По дороге во дворец император обязательно заходил в Морскую академию и всякий раз, заметив неполадки, развал в работе, скудность и бедность академии, сердился, «учинял следствие», но, занятый войной, поглощавшей огромные средства, он не мог всюду поспеть и за всем уследить.
В 20-х годах XVIII века Морская академия, находившаяся тогда в ведении Адмиралтейств-коллегии, оказалась в крайне тяжелом положении. Из-за недостатка денег пришлось приостановить строительно-ремонтные работы в ее здании, задерживалась выплата жалованья преподавателям и воспитанникам.
10 июля 1724 года Петр I посетил Морскую академию и заметил среди ее воспитанников очень плохо одетых курсантов. На вопрос о причине подобного царь получил ответ, что жалованье курсантам выдается в неполном размере, да и то не деньгами, а товарами. Кроме бедно одетых учеников царь обратил внимание на то, что «в ученье учеников не весьма много». Выяснилось, что 85 воспитанников академии «за босотою и неимением дневного пропитания» не ходили на занятия по три, четыре и даже пять месяцев. Некоторые из учеников «за скудностию содержания» убегали и записывались в солдаты или же сообща отказывались от учения.
На нужды академии вначале отпускалась лишь половина суммы, ранее расходуемой на московскую Школу математических и навигацких наук. Но даже эти мизерные финансовые средства поступали в новое учебное заведение крайне неисправно. После личного вмешательства императора финансирование Морской академии несколько увеличилось и стало регулярным.
Учебное заведение всегда крайне нуждалось в деньгах, необходимых не только на жалованье преподавателям и содержание воспитанников, но и на приобретение учебного оборудования, учебников и методических пособий. Особенно значительные денежные средства расходовались на ремонтно-строительные работы по приспособлению бывшего жилого строения под учебное заведение. Верхний этаж дома Кикина не имел печей, их установку из-за отсутствия средств даже к зиме 1717 года так и не удалось завершить.