Русский математик и педагог Магницкий родился 9 июня 1669 года в Осташковской слободе Тверской губернии. Самостоятельно изучив грамоту, способный юноша воспитывался в ИосифоВолоколамском монастыре, чей настоятель, оценив его незаурядный талант и тягу к знаниям, определил отрока на учение в Московскую славяно-греко-латинскую академию. Изучив там в совершенстве латинский и греческий, а вне академии, по собственной инициативе также немецкий, голландский и итальянский языки, Леонтий Магницкий, самостоятельно овладел математическими науками в объеме, далеко превосходящем уровень элементарных арифметических землемерных и астрономических познаний. После встречи и беседы с русским самородком Петр I, также не раздумывая, назначил его преподавателем арифметики, геометрии и тригонометрии школы математических и навигацких наук. В 1715 году Магницкий стал ее непосредственным руководителем и заведующим учебной частью. Все годы жизни талантливого русского педагога и ученого отданы трудам в Навигацкой школе.
Государь всегда доброжелательно и особенно милостиво относился к Магницкому, почитая его глубокие познания и всестороннюю образованность. По отзыву одного из современников, профессор Навигацкой школы слыл «сущим христианином, добросовестным человеком, в нем же лести не было». Царь пожаловал Магницкого деревнями, приказал выстроить ему в Москве дом и даже благословил образом. За энциклопедические знания и природный талант император называл Леонтия Филипповича «магнитом» и впредь приказал ему писаться Магницким. Однако, высоко оценивая ум и талант русского профессора, Петр I установил ему жалованье значительно меньшего размера, чем иноземным преподавателям.
Леонтий Магницкий является автором первых отечественных учебных пособий, математических и мореходных таблиц. Всемирно известный труд ученого «Арифметика», изданный в Москве в 1703 году, огромным для того времени тиражом (2400 экземпляров), содержал пространное изложение «числительной науки», важнейшие для практического приложения разделы элементарной алгебры, арифметики и алгебры к геометрии, понятия о вычислении тригонометрических таблиц и о тригонометрических вычислениях. Книга содержала необходимые морякам начальные сведения по астрономии, геодезии и навигации. «Арифметика» Магницкого вызвала интерес к математическим наукам у будущего академика М.В. Ломоносова, писавшего впоследствии о книге талантливого отечественного педагога: «Арифметика сия для меня явилась „вратами учености“». Среди воспитанников Леонтия Филипповича Магницкого известны такие выдающиеся питомцы Навигацкой школы, как Н.Ф. Головин – будущий президент Адмиралтейств-коллегии, И.К. Кириллов – обер-секретарь Сената, прославленные геодезисты И.М. Евреинов и Ф.Ф. Лужин, первыми выполнившие натурные съемки местности районов Камчатки и Курильских островов, С.Г. Малыгин, Д.Л. Овцын и С.И. Челюскин – участники 2-й Камчатской экспедиции, капитан-командор А.И. Чириков, астроном А.Д. Красильников, ученый-географ и картограф Ф.И. Соймонов и многие другие.
Классы Навигацкой школы во главе с ее руководителем Леонтием Магницким продолжали успешно работать и после того, когда в октябре 1717 года по велению Петра I в Петербурге организовали Морскую академию. Л.Ф. Магницкий умер на 71 году жизни в Москве. Погребен он в церкви Гребенской Богоматери, что за Никольскими воротами. На углу Лубянской площади и Мясницкой улицы и по сей день находится надгробный камень, на котором сыном этого выдающегося деятеля флота и отечественной науки высечена следующая надпись: «В вечную память Леонтию Филипповичу Магницкому, первому в России математики учителю, здесь погребенному мужу любви к ближнему нелицемерной, благодаря ревностного жития чистого, смирения глубочайшего, великодушия постоянного, нрава тишайшего, разума зрелого, обхождения честного, прямодушия любителя, подчиненным отцу любезному, обид от неприятелей терпеливейшему, по всем приятнейшему и всяких обид, страстей и злых дел силами чуждающемуся… Наукам изучился дивным и неудобовероятным способом… именованный прозванием Магницкий и учинил российскому благородному юношеству, учителем математики, в котором звании ревностно, верно, честно, всепрележно и беспорочно служа и пожив в мире 70 лет, 4 месяца и 10 дней 1739 года октября 19 дня, оставя добродетельным своим житьем пример оставшим по нем, благочестно скончался».