Нежелание Елизаветы Петровны создать учреждение наподобие Верховного тайного совета или Кабинета министров привело к тому, что Конференция не получила официально установленного организационного устройства. Н.И. Панин не без основания считал, что она — «монстер, ни на что не похожий», поскольку «не было в ней ничего учрежденного, следовательно, все безответное». Императрица не приняла никакого устава или регламента, определяющего функции, компетенцию, штат и структуру нового высшего органа, поэтому все детали его устройства были установлены самими конференц-министрами в ходе практической работы. Круг ведения Конференции определялся ею столь же произвольно и включал в себя дипломатические, военные, финансовые, административные и прочие дела, которые не всегда имели отношение к войне России с Пруссией. Кроме того, Елизавета Петровна использовала это учреждение для скорейшего проведения в жизнь «высочайших повелений» по самым разнообразным вопросам, попадавшим в поле ее зрения. «Изустные» именные указы объявляли на заседаниях конференц-министров преимущественно Петр и Александр Шуваловы и Бутурлин, являвшиеся, помимо всех своих должностей, генерал-адъютантами императрицы и посменно дежурившие у ее покоев на случай «самонужнейших ее величества поручений». Реже Елизавета передавала Конференции свои указы через Трубецкого, Воронцова или Ивана Шувалова, который в таких случаях являлся на «министерские заседания». Большинство текущих дел Конференция решала самостоятельно, но важнейшие вопросы докладывались императрице, и она выносила по ним свои резолюции.
Примерно один раз в три месяца Елизавета лично присутствовала на заседаниях конференц-министров, которые в таких случаях старались добиться от нее решения наиболее важных дел. В числе их был вопрос о секуляризации монастырских земель, возобновленный в связи с трудностями военного времени. Непосредственным поводом для этого послужили отказы монастырских властей принимать «для пропитания" отставных офицеров и солдат, как было принято еще с петровского времени. Восемнадцатого января 1757 года Елизавета строго указала определять отставных в монастыри, „не чиня ни малейшего в содержании их оскорбления под опасением… тяжкого гнева и штрафа“. Проявленное императрицей недовольство было использовано конференц-министрами, сумевшими увязать вопрос об оставленных без приюта ветеранах с необходимостью введения светского управления в монастырских вотчинах. Тридцатого сентября того же года на заседании Конференции Елизавета Петровна приняла решение об установлении контроля над доходами русской Церкви и отчислении из них средств на создание „инвалидных домов". Она распорядилась также передать монастырские имения под управление отставных офицеров, «дабы духовный чин не был отягощаем мирскими попечениями“. При Елизавете эти указания осуществить уже не удалось, но они стали юридической основой для решительных секуляризационных мер Петра III.
Императрица присутствовала в Конференции 30 сентября 1757 года, только что оправившись после сильного приступа болезни. Восьмого сентября в Царском Селе она упала в обморок и более двух часов оставалась в бесчувственном состоянии, а потом в течение нескольких дней с трудом владела языком. Болезнь Елизаветы, казавшаяся смертельной, заставляла многих сановников задумываться о будущем. Активнее других оказался А.П. Бестужев-Рюмин, который сделал ставку на Екатерину и разработал проект ее воцарения в обход Петра Федоровича, хотя сама она в то время больше рассчитывала стать соправительницей мужа. Друг канцлера Апраксин оттягивал решительные действия против Пруссии, предполагая изменения внешнеполитического курса страны в случае смерти Елизаветы Петровны. Бестужев в своих письмах главнокомандующему убеждал его не откладывать начало кампании и для большей убедительности попросил Екатерину письменно присоединиться к этим увещеваниям. Девятнадцатого августа 1757 года русская армия одержала победу над пруссаками у деревни Гросс-Егерсдорф, но затем Апраксин начал поспешное отступление, совпавшее по времени с обострением болезни Елизаветы. Однако она поправилась и 16 октября сместила Апраксина с поста главнокомандующего, а затем отдала приказ о его аресте по обвинению в измене. В ходе следствия у него были найдены письма Бестужева и Екатерины, что дало основание для ареста канцлера 14 февраля 1758 года. Письма Апраксину не содержали ничего предосудительного, а другие бумаги Бестужев успел сжечь. Но, несмотря на отсутствие улик, следственная комиссия в составе трех врагов канцлера — Бутурлина, Трубецкого и Александра Шувалова — больше года пыталась изобличить его в государственных преступлениях. В конце концов он был обвинен в «оскорблении Величества» все на том же основании, что давал советы главнокомандующему и просил подтверждения их у Екатерины. Это было представлено так, будто бы он «вводил соправителей и сам соправителем делался", осмелившись посылать рекомендации Апраксину, словно тому мало было императорских указов о немедленном начале военных действий. Таким образом, расчет врагов Бестужева был сделан на щепетильность Елизаветы в отношении своей самодержавной власти. Комиссия приговорила обвиняемого к смертной казни, которую императрица заменила ссылкой в деревню. Екатерину Елизавета Петровна дважды допрашивала лично и, по всей видимости, не поверила в ее невиновность, но не стала ничего против нее предпринимать. Что же касается Апраксина, то он не дождался окончания следствия и умер 6 августа 1758 года.