Интриги Бестужева-Рюмина в вопросе о престолонаследии явились скорее поводом, чем причиной его падения, которое было предопределено резким изменением международной ситуации накануне Семилетней войны. Канцлер строил свою «политическую систему» на союзе с Австрией и Англией и противостоянии Пруссии и Франции. Но в январе 1756 года английский король Георг II заключил дружественный договор с Фридрихом II, после чего Австрия была вынуждена вступить в союз с Францией. Система Бестужева рухнула, но он со свойственным ему упрямством продолжал настаивать на получении Россией английских субсидий и противился ее сближению с Францией. До того времени Елизавета Петровна полностью доверяла опыту и способностям канцлера, считала его незаменимым и оберегала от нападок недоброжелателей. Она сходилась с ним во мнении о необходимости противостоять Пруссии. Но враждебное отношение Бестужева к Франции шло вразрез с симпатиями императрицы, которая следовала антифранцузскому курсу лишь в силу условий международной жизни. Теперь условия изменились, и канцлер стал помехой той политике, которую Елизавета Петровна не без основания считала разумной. Сторонники сближения с Францией во главе с Иваном Шуваловым и Михаилом Воронцовым ждали лишь повода для устранения Бестужева-Рюмина, и он по неосторожности сам его предоставил. Падение Бестужева открыло Воронцову путь к вершине карьеры: 23 октября 1758 года Елизавета произвела его в канцлеры.
Последние годы елизаветинского правления отмечены усилением должностных злоупотреблений, виновником которых современники называли Петра Шувалова. По словам М.М. Щербатова, «с возвышением его неправосудие чинилось с наглостью, законы стали презираться, и мздоимства стали явные. Ибо довольно было быть любиму и защищаему им, графом Шуваловым… чтобы, не страшася ничего, всякие неправосудия делать и народ взятками разорять. Самый Сенат, трепетав его власти, принужден был хотениям его повиноваться…». В других источниках виновниками усилившейся коррупции называются наряду с П.И. Шуваловым его друзья: генерал-прокурор Сената Н.Ю. Трубецкой и обер-прокурор А.И. Глебов. В купечестве рассуждали о том, что «челобитчики плачут на сенаторов, что праведного суда нет, все воры, а она (Елизавета. — В.Н.) только и говорит: «Что мне с Сенатом делать, что мне с Сенатом делать?» И.И. Шувалов призывал: «Всемилостивейшая государыня, воззрите на плачевное многих людей состояние, стенящих под игом неправосудия, нападков, грабежей и разорениев».
В середине 1760 года Елизавета Петровна предприняла ряд мер по устранению злоупотреблений и упорядочению кадров высших чиновников. Конференция получила распоряжение императрицы представить кандидатов на вакантные должности в государственном аппарате и подготовила соответствующий доклад. Елизавета Петровна не согласилась с рекомендациями конференц-министров в одиннадцати случаях из пятидесяти восьми. Например, она отказалась сделать членами Конференции своих фаворитов А.Г. Разумовского и И.И. Шувалова, а на должность вице-президента Мануфактур-коллегии вместо рекомендованного немца назначила по своему обыкновению русского. Елизавета сместила с прокурорских постов в Сенате Трубецкого и Глебова, назначив генерал-прокурором известного своей принципиальностью Я.П. Шаховского, который одновременно стал членом Конференции. Место обер-прокурора Сената получил ближайший друг И.И. Шувалова И.Г. Чернышев. Но снятые с должностей чиновники получили не менее почетные назначения в строгом соответствии с прежними рангами. Трубецкой занял вакантное место президента Военной коллегии и стал сенатором, а Глебов был назначен генерал-кригс-комиссаром (руководителем снабжения армии), кем до него являлся Шаховской. Сенат пополнился новыми членами, в числе которых были как личный враг П.И. Шувалова Р.И. Воронцов, так и А.И. Шувалов. В целом все эти тщательно продуманные назначения никому не дали повода для обиды, но в то же время уравновесили чрезмерное влияние Петра Шувалова и его друзей. Указ о кадровых перемещениях был подписан Елизаветой Петровной 16 августа 1760 года одновременно с указом «О употреблении Сенату всех способов к восстановлению везде надлежащего порядка и народного благосостояния». В этом императорском акте отмечалось, что «установленные многие законы для блаженства и благосостояния Государства своего исполнения не имеют от внутренних общих неприятелей, которые свою незаконную прибыль присяге и чести предпочитают… Несытая алчба корысти до того дошла, что некоторые места, учрежденные для правосудия, сделались торжищем, лихоимство и пристрастие — предводительством судей, а потворство и упущение — одобрение беззаконникам; в таком достойном сожаления состоянии находятся многие дела в Государстве и бедные утесненные неправосудием люди, о чем Мы чувствительно соболезнуем, как и о том, что Наша кротость и умеренность в наказании преступников такое Нам от неблагодарности приносит воздеяние». Сенату императрица повелевала принять меры «к пресечению общего вреда» и «все силы свои и старания употребить к восстановлению желанного народного благосостояния».
На другой день Конференция подала императрице доклад о повышении в чинах ряда лиц, в числе которых значились губернаторы А. Пушкин и П. Салтыков. Но Елизавета, напротив того, приказала расследовать деятельность их обоих, так как они «свои губернии разорили или разграбили».
Это были последние всплески государственной активности Елизаветы Петровны. Конец 1760-го и 1761 год прошли в мучительной борьбе стойкого организма императрицы с несколькими тяжелыми недугами, постепенно сводящими ее в могилу. Помимо астмы и, вероятно, диабета, Елизавета Петровна в последний год своей жизни ежемесячно страдала припадками эпилепсии, после которых по нескольку дней пребывала в бесчувственном состоянии. Двенадцатого декабря 1761 года «вдруг сделалась с нею прежестокая рвота с кашлем и кровохарканьем». Врачи прибегли к кровопусканию и увидели, что «во всей крови ее было уже великое воспаление». В последующие недели Елизавета Петровна испытывала ужасные мучения, которые переносила с твердостью и христианским смирением, говоря, что «страдания сии слишком легки в сравнении с ее грехами». Умирающая императрица иногда находила в себе силы для государственных дел, и одно из последних ее решений было продиктовано заботой о простом народе. Шестнадцатого декабря она объявила амнистию виновным в корчемной продаже соли и приказала Сенату изыскать средства для замены обременяющего народ соляного сбора. Почувствовав наступающую кончину, Елизавета Петровна исповедалась, причастилась, соборовалась и вечером 24 декабря приказала дважды прочесть себе отходную молитву, повторяя ее слова вслед за священником. Она умерла на следующий день в праздник Рождества.