Крестьяне нередко отказывались платить налоги в казну, вносить поборы своим господам. Многие бежали на окраины. Поднимались на восстания русские и татары, башкиры и мари, чуваши и удмурты. Власти посылали против них военные отряды, подавляли их протест. Во время Смоленской войны казаки и крестьяне громили помещичьи имения во многих уездах — западных, юго-западных и южных. К ним присоединялись солдаты, бежавшие из армии Шеина. Вступали они в сражения и с польско-литовскими войсками. Их представители — атаманы И. Чертопруд, И. Теслев и другие — приезжали в Москву для сдачи трофеев и пленных польских жолнеров. Но эта цель — официальная; тайно же они вели беседы со столичными холопами, бедными посадскими людьми, и те сотнями уходили в их лагерь — под Рославлем, потом под Козельском. Царь и бояре посылали туда своих представителей из дворян — для уговоров. Повстанцы, которых они призывали идти под Смоленск для борьбы с поляками, их не слушали. Но окончание войны, заключение мира означали и конец повстанческого движения.
По отношению к городам правительство Романовых проводило линию на поддержку ремесла, промышленного проводства, торговли. В правление Михаила Федоровича в России насчитывалось двести пятьдесят четыре города, численность городского населения выросла на шестьдесят процентов. Развивалась внутренняя торговля. Зажиточных купцов власти зачисляли в корпорации. Вскоре после воцарения Михаил Федорович особой жалованной грамотой освободил гостей и членов Гостиной сотни от посадского тягла (внесения налогов и пошлин, исполнения повинностей); судить их теперь стали только сам царь, его казначей, а не воеводы и приказные люди, как было до этого. Эти купцы могли иметь вотчины, ездить для торговли за рубеж. Права и привилегии они должны были оплачивать исполнением поручений казны: торговать казенными товарами, руководить работой кабаков, таможен, государственных предприятий и тем самым пополнять доходы казны.
С 20— 30-х годов в России появляются мануфактуры -сравнительно крупные заводы, фабрики с разделением труда работников по специальностям, с применением механизмов на водной энергии. В первую очередь строили новые мануфактуры или перестраивали старые для нужд дворца и армии. Эти перемены коснулись Пушечного двора (литье орудий, колоколов), Оружейной палаты (изготовление легкого оружия, огнестрельного и холодного), Хамовного двора, Царской и Царицыной мастерских палат (ткачество, пошив изделий). На мануфактурах, основанных купцами, иностранными и русскими, изготовляли канаты (канатные дворы в Архангельске, Холмогорах, Вологде) и стекло (Духанинский завод, основан Е. Койетом из Швеции), выплавляли железо и медь. Русский богатый гость Н.А. Светешников добывал соль на варницах в Костромском уезде, в Жигулях, у Соли Камской.
Бичом городской жизни при Михаиле стал бурный рост числа так называемых беломестцев, белых слобод. Влиятельные вельможи, крупные монастыри получали на посадах дворы («места") и целые слободы, заселяли их своими людьми, и они занимались ремеслом, торговлей. Выступали конкурентами посадских тяглецов из „черных“ сотен и слобод. Но если „чернослободцы“ платили подати, исполняли разные повинности, то „беломестцев“ от них освобождали („обеляли“). Тот же И.Н. Романов, царский дядя, к концу правления племянника имел триста двадцать таких дворов в восемнадцати городах. Они приносили ему немалый доход. Но не давали его в казну. Более того, ослабляли посадский мир. И „чернослободцы“ постоянно требовали ликвидации „беломестных“ слобод и дворов.
Вопрос удалось решить только после восстания в Москве 1648 года («соляной бунт») и принятия Соборного уложения в ходе «посадского строения" 1649-1652 годов.
Большей уступчивостью отличалась политика правительства Михаила Федоровича по отношению к русским крупным купцам, которые вели торговлю с заграницей. Власти не разрешали транзитную торговлю иностранных купцов через территорию России с Ираном, Китаем. Не пускали их в Сибирь. Но те нарушали ограничения на торговые операции в Европейской России. Только после кончины царя Михаила власти пошли на отмену беспошлинной торговли иностранцев (указ 1 июля 1646 года).
Итогом политики «великих государей», а также, что важнее, объективных процессов, сильно ускоренных Смутой, стало дальнейшее оттеснение знатного боярства, выдвижение новой, малопородной знати, близкой к царской семье, правящей верхушке. Эти «худые» люди теснили бояр в Думе, приказах и прочих важных местах. Они, не мудрствуя лукаво, исходили из простого принципа: всяк велик и мал живет государевым жалованьем. На авансцену все больше выдвигалось дворянство, которое, по В.О. Ключевскому, стало правящим классом именно в XVII столетии. Они играли все большую роль в центральном и местном управлении.
Монархия в России укреплялась. Она, правда, оставалась сословно-представительной — царю, помимо Боярской думы с ее функциями высшей законодательной и исполнительной власти, помогали в делах управления Земские соборы, роль которых в первое десятилетие после избрания Михаила сильно выросла. Голос их депутатов нередко был решающим. Но постепенно их значение уменьшалось; с 1622 года, три года спустя после возвращения Филарета из плена, их, при попустительстве патриарха, перестали созывать регулярно.
Интересы самодержавия, феодальной знати, возрастающее влияние приказной бюрократии стояли на первом месте. Важнейшие государственные дела решались в рамках Ближней думы из четырех бояр (И.Н. Романов, И.Б. Черкасский, Б.М. Лыков, М.Б. Шеин), а Большую думу отстраняли от их рассмотрения. Земские соборы и Боярская дума восстановили свое влияние после смерти Филарета.
По— прежнему росло значение приказов в центре и воевод на местах. Появились первые попытки упорядочения, централизация громоздкой приказной системы. Большое количество приказов, неразграниченность, переплетение их функций сильно осложняли управление государством. Поэтому пошли по пути простому: несколько приказов отдавали в руки одного «судьи», начальника. Таковы были бояре И.Б. Черкасский, племянник Филарета, и Ф.И. Шереметев, его же зять (он сам и отец Черкасского были женаты на сестрах Филарета). На местах появились так называемые разряды; воеводы, возглавлявшие их, управляли несколькими уездами каждый. Это была округа -предшественники петровских губерний. Служилые люди каждого такого округа составляли военный корпус.