Основным соперником тайного секретаря был А.И. Глебов. Его официальные обязанности генерал-прокурора заключались главным образом в контроле над деятельностью Сената, но он сумел полностью подчинить себе это высшее правительственное учреждение благодаря безграничному доверию к нему монарха. Все царские резолюции на полях сенатских докладов написаны рукой Глебова и лишь утверждены подписью Петра III. Глебов лично приносил эти документы на утренние приемы императора и обсуждал с ним поставленные в них вопросы. Он же объявлял на заседаниях Сената волю монарха и составлял указы, которые потом подписывали сенаторы. Иногда Петр III поручал Глебову и подготовку актов за императорской подписью.
С именами Волкова и Глебова связано основное законодательство Петра III, однако далеко не во всех случаях их можно считать инициаторами написанных ими указов и манифестов. Личная роль императора в принятии важнейших государственных постановлений особенно заметна в первые месяцы его царствования. Седьмого февраля 1762 года на заседании Сената Петр III распорядился: «Канцелярию тайных розыскных дел уничтожить, и отныне оной не быть». Это ведомство политического сыска, именуемое современниками «гражданской инквизицией», вызывало ужас и ненависть всех слоев населения. Практика доносительства по «важным государственным делам», чрезвычайно распространившаяся со времен Анны Ивановны, открывала широкие возможности для сведения личных счетов и внесудебного произвола. Произнесение кем-либо страшного выражения «слово и дело» влекло за собой аресты и пытки, под которыми трудно было не признаться в любых «злоумышлениях». Необходимость ликвидации Тайной канцелярии отмечалась Петром Федоровичем еще в молодые годы под несомненным влиянием гуманиста Штелина, говорившего, что «чрез это введенное Петром I учреждение происходило много злых доносов на невинных людей и разные несчастия». Император имел также личные счеты с Тайной канцелярией, которая в 1745 году арестовала и сослала в Оренбург его любимого камердинера Г. Румберга. Вернувшись в Петербург по императорскому указу от 26 декабря 1761 года, он рассказывал Петру III «чудеса об уничтоженной им Тайной канцелярии».
Манифест об уничтожении Тайной канцелярии был написан Д.Б. Волковым и 16 февраля 1762 года утвержден подписью императора. В этом акте осуждалась практика работы политического сыска, которая «злым, подлым и бездельным людям подавала способ или ложными затеями протягивать вдаль заслуженные ими казни и наказания, или же злостнейшими клеветами обносить своих начальников и неприятелей". Далее объявлялось, что „Тайная розыскных дел канцелярия уничтожается отныне навсегда“, а „ненавистное изражение, а именно „слово и дело“, не долженствует отныне значить ничего“. Но если „кто имеет действительно и по самой правде донести о умысле по первому или второму пункту“ (покушение на жизнь и честь государя или бунт и измена против Отечества), тот должен немедленно подавать донос в ближайшее судебное учреждение или воинскому начальнику. Доносителей надлежало „увещевать, не напрасно ли на кого затеял“, упорствующих сажать на два дня под караул без еды и питья, а потом снова „спрашивать с увещанием, истинен ли донос“. Выдержавшие эти испытания должны были направляться „под крепким караулом“ в Сенат, Сенатскую контору или ближайшую губернскую канцелярию, где надлежало проводить следствие. Окончательные решения всем делам выносил Сенат. Ему же поручалась разработка мер, „к тому служащих, чтоб несправедливые доносы пресечь, невинных не допустить ни до малейшего претерпения, а преступников открывать и изобличать кратким и надежным образом без кровопролития“.
В манифесте объявлялось намерение Петра III лично рассматривать дела по политическим преступлениям в своей «резиденции». Император обещал «показать в том пример, как можно и надлежит кротостью исследования, а не кровопролитием прямую истину разделять от клеветы и коварства и смотреть, не найдутся ли способы самим милосердием злонравных привести в раскаяние и показать им путь к своему исправлению».
Сведений о выполнении Петром III своих благих намерений не имеется. Напротив, есть свидетельства о том, что он без всякого разбирательства подвергал наказаниям людей за «сообщения по важному делу», заявляя, что «ненавидит доносчиков». Но отдельные случаи крайних мер со стороны импульсивного монарха не уменьшают значения реформы политического сыска и в особенности провозглашения гуманных следственных методов.
В первый месяц своего царствования Петр III освободил из ссылки «государственных преступников» елизаветинского времени: Б.X. Миниха, И.Г. Лестока, Н.Ф. Лопухину и других. В марте 1762 года в Петербург был возвращен Э.И. Бирон. Амнистия не распространилась на А.П. Бестужева-Рюмина, которого император подозревал в «соумышленни" с Екатериной и ссылался при этом на предостережения Елизаветы Петровны.
Семнадцатого января 1762 года на заседании Сената Петр III объявил решение: «Дворянам службу продолжать по своей воле, сколько и где пожелают». На другой день Сенат по инициативе Глебова подал императору доклад: «…В знак от дворянства благодарности за оказанную к ним высокую милость… сделать его императорского величества золотую статую». Петр III отказался от этого предложения со словами: «Сенат может дать золоту лучшее назначение, а я своим Царствованием надеюсь воздвигнуть более долговечный памятник в сердцах моих подданных». Манифест о вольности Дворянства был опубликован лишь 18 февраля, следовательно, обсуждение этого документа длилось в течение месяца. Мерси-Аржанто в депеше, написанной не позднее 4 февраля, сообщает, что «государю были представлены два различные проекта… оба они отвергнуты государем, даже по той причине, что даруемая по ним свобода слишком велика". Действительно, в утвержденном тексте манифеста „вольность“ дворянства была ограничена определенными рамками.