Девятого января Петр III утвердил доклад Сената об упразднении в городах полицмейстерских должностей с поручением заведывания городскими полициями губернским, провинциальным и воеводским канцеляриям, а также о подчинении Главной полицмейстерской канцелярии Сенату. Но 22 марта был принят императорский указ о восстановлении полицмейстеров в провинциях и городах в ведении губернаторов и воевод, которые по полицейским делам были подведомственны Главной полиции. Как уже отмечалось, назначенный за день до этого «главным директором над всеми полициями» Н.А. Корф должен бы л подчиняться непосредственно императору. Таким образом, дела по управлению полицией изымались из ведения Сената, что, возможно, являлось частью запланированных мер по ограничению компетенции этого органа.
Вероятно, Петр III предполагал впоследствии заняться и другими учреждениями. Однажды он сказал Штелину: «Я очень хорошо знаю, что и в вашу Академию наук закралось много злоупотреблений и беспорядков. Ты видишь, что я занят теперь более важными делами, но, как только с ними управлюсь, уничтожу все беспорядки и поставлю ее на лучшую ногу».
Упоминания о «вкравшихся злоупотреблениях» и необходимости их пресечения часто встречаются в указах Петра III, который, по-видимому, всерьез собирался наводить порядок в стране. Но для успеха этой миссии нужно было лучше знать Россию и более систематично и целенаправленно заниматься государственными делами. Тем не менее некоторые шаги в этом направлении были императором сделаны. Например, 21 марта он учредил при дворе Особую комиссию «для производства исследования по жалобам из Новой Сербии» на генерал-поручика И. Хорвата. В состав комиссии вошли доверенные лица Петра III: генерал-поручик А.П. Мельгунов, генерал-фельдцейхмейстер А.Н. Вильбуа и генерал-адъютант императора А.Г. Чернышев.
Примечательны решения Петра III в области религиозной политики и связанные с ними меры по секуляризации церковных и монастырских имений. Двадцать девятого января 1762 года А.И. Глебов объявил Сенату повеление Петра III о запрещении притеснять раскольников: «чтобы им в отправлении своих обрядов по их обыкновению и старопечатным книгам ни от кого возбранения не было». В императорской резолюции подчеркивалось, что «внутри Всероссийской империи и иноверные, яко магометане и идолопоклонники, состоят, а те раскольники — христиане, точию в едином застарелом суеверии и упрямстве состоят, что отвращать должно не принуждением и огорчением их, от которого они, бегая за границу, в том же состоянии множественным числом проживают бесполезно". Вслед за тем Сенат издал указ „разведать, нет ли где раскольнических для сожжения своего сборищ“, и в случае их обнаружения „немедленно посылать туда достойных людей“ для удержания самосожженцев „от такого пагубного намерения“. При этом раскольникам следовало объяснять, что они не будут больше подвергаться притеснениям и преследованиям. Манифестом от 28 февраля старообрядцам и другим представителям социальных низов, бежавшим за границу, разрешалось возвращаться в Россию до 1 января 1763 года „без всякой боязни или страха“.
Не менее решительно Петр III и его советники разобрались с затянувшимся вопросом об имениях духовенства и предоставлении доходов с них государству. Постановление Елизаветы Петровны от 30 сентября 1757 года о передаче монастырских деревень под управление отставных офицеров встретило резкое сопротивление Синода, вступившего в пререкания с Конференцией при высочайшем дворе и Сенатом. Последний в течение трех лет провел с духовным ведомством ряд совещаний, окончившихся безрезультатно. Седьмого января 1762 года Сенат вновь постановил «иметь с Синодом общую конференцию" и настоять на том, чтобы половина денежного оброка монастырских крестьян шла в казну. Семнадцатого января Петр III одобрил идею Сената, но затем дело приняло другой оборот. Шестнадцатого февраля император подписал составленный Волковым указ о немедленном исполнении постановления Елизаветы Петровны от 30 сентября 1757 года. Инициатива тайного секретаря в данном случае не вызывает сомнений, поскольку именно он в свое время разработал текст этого решения для императрицы, оформленного в виде протокола Конференции при высочайшем дворе. Сам Волков писал по поводу указа от 16 февраля: „Дело казалось мне справедливое, и я рад был случаю воздать должную хвалу памяти покойной государыни императрицы“. Утвержденный Петром III указ Сенату действительно начинался с восхваления Елизаветы Петровны, которая, „соединяя благочестие с пользою отечества и премудро различая вкравшиеся злоупотребления и предубеждения от прямых догматов веры и истинных оснований… Церкви“, сочла необходимым „монашествующих… освободить от житейских и мирских попечений“. Далее Сенату и Синоду объявлялся выговор за напрасную трату времени в совещаниях по уже решенному делу. Сенату повелевалось осуществить „вышеписанное узаконение“ Елизаветы Петровны немедленно и „непременно навсегда“. Указом от 16 февраля подтверждался также законодательный акт Петра I „О непострижении в монастыри без особливых именных указов“. Возможно, это положение было внесено в подготовленный Волковым текст документа по личной инициативе Петра III.