Невыгодный мир с Пруссией был воспринят в Петербурге с возмущением. Его условия не одобрялись даже такими верными сторонниками императора, как Волков и Мельгунов, но противостоять воле Петра III было бесполезно. Мерси-Аржанто справедливо отмечал, что «пылкое своенравие русского императора не допускает никаких разумных советов, особенно же в политических делах (в вопросах внешней политики, — В.И.). Только в делах внутреннего правления он принимает их несколько благосклоннее».
Однако в позиции Петра III нет ничего противоестественного. До вступления на престол он активно протестовал против участия России в Семилетней войне и открыто выражал несогласие с курсом елизаветинской внешней политики. Ориентация на Пруссию не без оснований представлялась ему выгодной не только для голштейнских, но и для российских интересов (именно такой курс обеспечил впоследствии внешнеполитические успехи Екатерины II). Планируя союз с Пруссией, было бы глупо аннексировать ее земли или требовать с нее контрибуций. Петр III считал, что более важно заручиться поддержкой Фридриха II в двух намеченных им делах: передаче Курляндии Георгу Людвигу Голштейн-Готторпскому и отнятии у Дании Шлезвига.
В 1759 году Елизавета Петровна дала согласие на то, чтобы герцогом Курляндии стал сын польского короля и саксонского курфюрста Августа III Карл Саксонский. Петр Федорович возражал против этого решения и даже грозился вызвать ненавистного ему принца Карла на дуэль. В протестантской Курляндии новый герцог-католик тоже был принят без восторга. Формально правами на курляндский престол по-прежнему располагал находившийся в ссылке Бирон. По возвращении его в Петербург Петр III сказал ему: «Утешьтесь и будьте уверены, что вы будете мною довольны. Если вы и не останетесь Герцогом Курляндским, то все-таки будете хорошо пристроены». 16 апреля 1762 года Бирон отрекся от герцогства в пользу Георга Людвига. Факт существования Карла Саксонского Петр III попросту игнорировал, а на протесты сюзерена Курляндии Августа III не обратил никакого внимания. Обещание позаботиться о Бироне он выполнил, договорившись с Фридрихом II о передаче бывшему герцогу владения Вартемберг в Силезии с титулом княжества.
В отношении Дании император был настроен весьма решительно, заявив в присутствии датского посла: «Они (датчане. — В.Н.) довольно долго пользовались от моей Голштинии, теперь я хочу от них попользоваться». Датский король начал спешно готовиться к войне, поручив реорганизацию своей армии выдающемуся военному специалисту из Франции К.Л. Сен-Жермену, который в кратчайшие сроки добился больших успехов в формировании полевых полков и артиллерийского корпуса. Но известия об этом только повышали боевой дух Петра III, заявившего Н.И. Панину: «Господин де Сен-Жермен найдет себе достойного соперника. Он собирается показать мне войну на французский манер, а я покажу ему, как воюют пруссаки». Датского короля Петр грозился низложить и сослать в Малабар (область на юге Индии).
Необходимым условием войны на прусский манер Петр III считал введение в российских войсках прусской формы и муштры. Начал он с гвардии, пребывавшей до того времени в лени и распущенности. Вообще Петр не любил гвардейцев, называл их не без основания «янычарами» и говорил: «Они только блокируют резиденцию, не способны ни к какому труду, ни к военным экзерцициям и всегда опасны для Правительства». С начала его царствования гвардейские полки были подчинены строгой дисциплине и ежедневно «экзерцировали» под личным наблюдением императора, который нередко «учил» нерадивых солдат и офицеров тростью. Введенную Петром Великим гвардейскую форму его внук заменил на короткие и узкие кафтаны прусского образца. Упоминавшееся выше назначение гвардейскими полковниками Георга Людвига, Трубецкого, Разумовского и Шувалова было, по словам Екатерины II, воспринято полками как «громовой несносный удар»: ведь раньше во главе их стоял сам император. Двадцать первого марта Петр III ликвидировал Лейб-компанию — особо привилегированное гвардейское соединение, состоявшее из участников возведения Елизаветы Петровны на престол. Ходили слухи о намерении императора совсем упразднить гвардию и заменить ее голштейнским войском. По удачному выражению Рюльера, «негодование скоро овладело гвардейскими полками, истинными располагателями престола». Последней каплей в чаше их возмущения стало решение Петра III об отправке гвардии на войну с Данией.
Не меньшее недовольство император вызывал у православного духовенства, которое не желало примириться с потерей своих земель и крепостных. Кроме того, Петр III не выказывал должного уважения к традициям и обрядам русской Церкви и даже дал повод обвинить себя в намерении ввести в России протестантизм. Этот вопрос весьма запутан в литературе и источниках, которые содержат противоречивые мнения даже об отношении Петра к религии вообще. Если Екатерина II утверждала, что «никогда не знала атеиста более совершенного на деле, чем этот человек", и добавляла, что он при этом отличался суеверием, то, по словам Штелина, Петр III „не любил никаких шуток над Верою и словом Божиим“ и был „чужд всяких предрассудков и суеверий“. Миних писал: „Никому не ведомо, каковы были внутренние религиозные убеждения императора, но известно всем, что во время богослужения он был обыкновенно очень невнимателен и, ко всеобщему соблазну, подходил то к одной даме, то к другой, чтобы поговорить с ними“.
Наиболее вероятно, что личное отношение Петра III к религии было достаточно индифферентным, а его официальные взгляды отличались веротерпимостью, которая заметна даже в хронике повседневных занятий императора. В последний день 1761 года он обедал в обществе членов Святейшего Синода, архиереев и архимандритов (редкий случай для российских монархов), а через несколько дней «отправляется в католическую церковь Францисканцев… завтракает у пасторов и подписывает план их новой церкви». Только веротерпимостью можно объяснить появление трех указов о запрещении притеснять раскольников, в чем нельзя, естественно, усмотреть ни пренебрежения к православию, ни склонности к протестантизму. Эта черта политики Петра III перекликалась с его намерением пресечь злоупотребления Синода, который, как отмечалось в императорском указе, был похож «больше на опекуна знатного духовенства, нежели на строгого наблюдателя истины и защитника бедных и неповинных». Объективность, веротерпимость и гуманизм в религиозной политике раздражали православное духовенство, боявшееся потерять полновластие официальной Церкви, а от этого оставался только один шаг до обвинения императора в стремлении «переменить веру». Наиболее определенные сведения об этом содержатся в донесении Мерси-Аржанто канцлеру А. В. Кауницу от 17 мая 1762 года: «На днях царь призвал к себе архиепископа Новгородского Дмитрия Сеченова… и дал ему понять, что он, государь, смотрит на большое количество образов, находящихся во всех русских церквах, как на вкравшееся злоупотребление, и потому его воля такова, чтобы, за сохранением только двух образов: Спасителя и Божией матери, все остальные были уничтожены. Сюда же русский государь присоединил свое желание, чтобы русское духовенство бросило носить бороды и длинное платье и впредь одевалось вроде того, как одеваются протестантские пасторы». Это известие может показаться правдоподобным с учетом упомянутых в нем излюбленных идей Петра III о необходимости борьбы с излишествами и злоупотреблениями. Но он не был настолько глуп, чтобы не понимать невозможность выполнения таких указаний. Можно было бы предположить, что он впал в состояние невменяемости, как утверждает Екатерина II: «Петр III потерял ту малую долю рассудка, какую имел. Он во всем шел напролом… Он хотел переменить веру».