Новшеством в практике богослужений стали проповеди, с которыми пастыри обращались к прихожанам. Нововведение пришлось по вкусу, и к наиболее красноречивым проповедникам народ шел с большой охотой. Церкви подчас не вмещали всех желающих.
Ревнители православной веры выступали за перемены в церковном обиходе, считая неприемлемым многогласие (когда священнослужители одновременно читали или пели разные тексты). Однако введение единогласия было сопряжено с чисто житейскими неудобствами, с которыми нельзя было не считаться: служба неизмеримо затягивалась, прихожане обрекались на многочасовое стояние в церкви. Ведь сидеть разрешалось лишь в католических костелах.
Роль С. Внифантьева не ограничивалась влиянием на правительственную политику в церковной сфере. Есть основания считать, что он воздействовал своим убежденным словом на разбушевавшуюся толпу в один из дней июньского восстания в Москве, тогда как усилия патриарха Иосифа и других церковников действия не возымели. Следует заметить, что с иерархами Православной Церкви духовник царя держал себя независимо, порой даже дерзко. Он выступил на Церковном соборе 1649 года с обличительной речью, направленной против высших религиозных деятелей. Конфликт имел далеко идущие последствия. Патриарх Иосиф и Освященный собор обратились к Алексею Михайловичу с челобитьем, в котором жаловались на Внифантьева, называвшего иерархов «волками», «губителями», а «не пастырями». Челобитчики требовали осудить протопопа Стефана как еретика на смертную казнь согласно Уложению1649 года (возведение «хульных словес» на соборную и апостольскую церковь). Однако царь оставил это дело без последствий.
«Боголюбцам» принадлежит заслуга распространения грамотности и учреждения училищ в России. Внифантьев стал попечителем Греко-латинской школы на государевом дворе. На собственные средства Ф. М. Ртищев открывает при Андреевском монастыре училище, где занимались люди из разных сословий. Здесь изучались языки славяно-русский, польский и латинский, а также другие науки. В Нижнем Новгороде, а позже в Москве Иван Неронов создал школы для посадской бедноты и пригородных крестьян, в которых осваивали грамоту. Обучение было бесплатным.
Кружок «боголюбцев» оказался, однако, недолговечным. Он распался в 1653 году. Причиной тому были не только возникшие серьезные разногласия с высшими церковными чинами. Слишком разных людей он объединял. После смерти патриарха Иосифа царь остановил свой выбор на Никоне, который тогда был новгородским митрополитом. Алексей Михайлович посылал Никону письма самого просительно-трогательного содержания, умоляя принять высокий сан. Никон (скорее из тактических побуждений) сначала не соглашался, царь вновь настаивал, суля ему всемерную поддержку. Следует заметить, что в недрах кружка «боголюбцев» уже вынашивалась идея проведения церковной реформы, и взгляды Никона на этот вопрос у Алексея Михайловича возражений не вызывали. Когда же Никон милостиво соблаговолил принять звание Патриарха всея Руси (1652 год) и стал «собинным другом» венценосца (по его собственным словам), дни кружка были сочтены. С. Внифантьев удалился от дел, И. Неронов и его ученик Аввакум не приняли решительной линии Никона, ведущей к всемерному укреплению власти патриарха. В дальнейшем мы видим Аввакума в стане самых ярых врагов никоновских реформ. Кроме того, назревали события, в значительной мере отвлекшие внимание и силы царя от религиозно-богословских проблем. С новой остротой встала задача решения украинского вопроса, с которой связан новый этап деятельности Алексея Михайловича.
Нам остается, говоря о первых годах царствования второго монарха династии Романовых, поведать о его семейных делах. Царь не долго находился в холостом положении. В начале 1647 года для выбора невесты в Москве собрали двести девиц, из которых шесть наиболее красивых предстали пред очами царя Алексея. Ему приглянулась дочь Рафа Всеволожского, ей он и отдал предпочтение. Но избранница вдруг упала в обморок, узнав о воле царя. Тотчас нашлись царедворцы, усмотревшие в этом признак падучей болезни невесты Алексея Михайловича отговорили жениться на несчастной девушке, которую немедля сослали.
Вторая попытка женитьбы оказалась удачной. На сей раз выбор пал на одну из дочерей Ильи Даниловича Милославского, небогатого дворянина. Шестнадцатого января 1648 года состоялось бракосочетание Алексея Михайловича и Марии Милославской. Из кругов, явно недоброжелательно настроенных к царице, иностранцы-современники проведали, что Мария в юности собирала грибы и торговала ими, а ее отец подавал вино заезжим иностранным купцам.
Свадьбу отпраздновали пышно и торжественно, сообразно особому церемониалу — «чину». Присутствовавших на, свадьбе крайне удивило распоряжение молодого царя — «быть без мест». Это значило, что докучливые тяжбы дворянских родов, их сутяжничество на почве «чести» по любому поводу отменялись, а нарушение царского указа могло повлечь наказание. Алексей Михайлович этим актом сделал серьезную заявку на будущее. Он начинал понимать, что «великая порода» человека не всегда определяет его деловую пригодность на государевой службе. Правда, вполне отказаться от давно заведенного порядка царь так и не смог. Но проблески иного подхода в «кадровом вопросе» были налицо.