Москва тем временем продолжала бурлить. Громили дворы богатых купцов, торговцев принуждали покинуть лавки и присоединиться к взбунтовавшимся москвичам. Один из обвиненных в листах, гость Василий Шорин, бежал из города. Известие об этом еще больше распалило поднявшийся народ, воспринявший этот факт как подтверждение известия об «измене». Сын Шорина пытался скрыться, переодевшись в крестьянское платье. Его привели и стали допрашивать. Прошел слух, что Шорин-старший бежал в Польшу. Перепуганный юноша лепетал что-то несуразное. Его поняли так, что слух имеет основания. Посадив на телегу молодого Шорина, разъяренная толпа ринулась в Коломенское. По дороге она встретила первую волну восставших, возвращавшихся в Москву. Часть последних присоединилась к шедшим в Коломенское. И вновь перед царским дворцом забушевала народная стихия, еще более грозная.
Однако правительство не дремало. На выручку царю спешили стрелецкие полки. Объявили тревогу в Немецкой слободе, где проживало много иностранных офицеров. Городские ворота закрыли, на заставах появились усиленные караулы.
Повстанцы вновь потребовали выхода к ним царя, чтобы он сам допросил юного Шорина. Тот повторил, что его отец якобы сбежал в Польшу с какими-то «листами». По приказу царя его арестовали. Но восставшие упорно добивались выдачи других «изменников". Царь пообещал приехать в Москву и во всем разобраться. Но на сей раз государю не поверили. Из толпы Алексею Михайловичу „учали говорить сердито и невежливо, з грозами“, предупреждая, что в случае неисполнения требований повстанцы бояр-изменников „у него учнут имать сами, по своему обычаю“. В эту критическую минуту царю дали знать о прибытии войск. Он сразу переменил тон, закричав на восставших, и приказал свите и стрельцам „тех людей бити и рубити до смерти и живых ловити“. Началась кровавая бойня безоружных людей. Многих загнали в Москву-реку, где они утонули. Натерпелось тогда и царское семейство: „А царица в то время, и царевичи, и царевны, запершися сидели в хоромах в великом страху“. Говорили, что царица Мария Ильинична после этих событий болела целый год.
Одержав «победу», царь приказал разослать по всей стране грамоты, в которых картина восстания излагалась в угодном властям духе. Расправа якобы была проведена по единодушному челобитью всего населения, начиная от бояр и кончая посадскими людьми московских черных сотен и слобод. Не соответствовало действительности и утверждение о том, что в восстании не участвовали «всяких чинов ратные и торговые и земские люди». Очевидец событий Г. Котошихин писал, что в рядах повстанцев находились «люди торговые, и их дети, и рейтары, и хлебники, и мясники, и пирожники, и деревенские, и гулящие, и боярские люди». Барон Мейерберг сообщал, что «заговорщики» принадлежали к «подонкам черни". Согласно современным известиям, верхи торгового мира не поддержали восстание, за что получили царскую похвалу.
Три следственные комиссии без устали вели дознание с пытками, пропустив через застенки сотни людей. У грамотных брали образцы почерков, чтобы установить авторов прокламаций, но тщетно. Четвертование, виселица, отсечение рук и ног, выжигание на лице буквы «Б» (бунтовщик), массовая ссылка — таков был итог Московского восстания 25 июля 1662 года. Тишайший в этой ситуации проявил другую ипостась своей натуры… Недаром его интересовала личность Ивана Грозного, по которому царь заказывал панихиды. Позже, когда шел спор между царем и бывшим патриархом Никоном, последний напомнил Алексею Михайловичу о бунте. Царь в ответ заявил, что приходили «земские люди" бить челом на обидчиков, а не против него.
Год 1662— й для правительства царя Алексея оказался особенно «урожайным» на восстания. Подавление мятежа в столице совпало с цепной реакцией выступлений местных народов на востоке страны. Поднялись башкиры на Урале, запылали русские селения, был стерт с лица земли город Кунгур. Волнения охватили обширные районы Сибири -от Березовского и Тобольского уездов в 1665-1666 годах они докатились до берегов Тихого океана. Активизировались в южносибирских степях потомки хана Кучума. С великим трудом удалось справиться властям с этой полосой вооруженных действий иноплеменных подданных России. От набегов страдали и мирные ясачные люди. Из пограничного Тарского уезда они писали царю, что нужны решительные военные меры против налетчиков, грабящих жителей и угоняющих людей в плен. Выясняется, что без царского указа нельзя было применять силу против иноземцев. Это поощряло нападавших. В челобитной говорилось: «Они, царевичи (Кучумовичи. — Л.П.) …ведаючи, что ваших государевых служилых людей на них посылать не велено без вашего государева указу», и совершают нападения, «не опасаясь… ратных служилых людей».
Разумеется, вряд ли возможно утверждать, что серия восстаний 1660-х годов на периферии была непосредственно связана с экономическими затруднениями, вызванными неудачной денежной реформой правительства царя Алексея. Были на то и свои причины. При всем том царь решился на отмену медных денег. Одиннадцатого июня 1663 года был издан указ: «На Москве и в Великом Новгороде и во Пскове денежного медного дела дворы отставить, и маточники и чеканы в тех городех, собрав все, прислать к Москве в Приказ Большие казны. А старой денежного дела двор на Москве завесть и серебряные деньги на нем денежным мастерам делать июня с 15 числа». Отныне все расчеты необходимо было вести на серебряные деньги. Казна принимала медные деньги в обмен на чисто символические суммы серебряных. Отвергнутую монету пускали в переплавку и на изготовление различных предметов, в том числе и для царского дворца. Постепенно в стране налаживалось денежное обращение и рынок обретал нормальные черты. Но рецидивы «указных», принудительных цен на съестные продукты кое-где давали себя знать и позже, проявляясь в основном на окраинах государства. Было официально признано, что приставленные к выпуску медных денег торговые люди «казну многую крали… и от того воровства обогатели большим богатством».
Изыскивая новые возможности для получения казенных доходов, центральная власть вводит в 1662 году государственную монополию на торговлю с иностранцами шестью «заповедными товарами» (пенька, поташ, сало и др.). Через два года вновь вернулись к свободной торговле ими, правда увеличив на время вдвое ставку таможенной пошлины, что мотивировалось необходимостью получения серебра. Расчет был на расширение торговых операций и соответственное увеличение пошлинных сборов. Царь в данном случае не обманул подданных: в 1667 году повышенную пошлину отменили.